綿羊是最重要的肉用家養(yǎng)動(dòng)物之一,不同品種的綿羊在產(chǎn)肉能力上存在差異,而這一差異可能與消化能力的高低有關(guān)。為了闡明綿羊腸道消化吸收能力與產(chǎn)肉性狀在分子遺傳調(diào)控機(jī)制上的聯(lián)系,本研究以肉用培育綿羊品種杜泊羊和裘肉兼用地方綿羊品種小尾寒羊?yàn)樵囼?yàn)材料,對(duì)其腸道組織（包括十二指腸、盲腸和結(jié)腸）進(jìn)行mRNA表達(dá)譜特征分析,以及mRNA-miRNA-lncRNA聯(lián)合分析,篩選出在綿羊消化系統(tǒng)的十二指腸、盲腸和結(jié)腸中發(fā)揮關(guān)鍵調(diào)控作用的基因、miRNA與lncRNA,并與骨骼肌轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行初步的對(duì)話分析。本研究取得的主要結(jié)果如下:1、在十二指腸、盲腸和結(jié)腸中,分別發(fā)現(xiàn)品種間差異表達(dá)基因2913、3000和3317個(gè)。杜泊羊上調(diào)基因主要富集到與細(xì)胞周期調(diào)控、脂類和糖類代謝相關(guān)的生物學(xué)過(guò)程與通路中,小尾寒羊上調(diào)基因主要富集到與免疫反應(yīng)、嘌呤代謝、嘧啶代謝、甘油磷脂代謝等生物學(xué)過(guò)程與通路�；蚧プ骶W(wǎng)絡(luò)分析揭示出三段腸道中6個(gè)關(guān)鍵基因與5個(gè)關(guān)鍵調(diào)控模塊,并發(fā)現(xiàn)基因PIK3CA在三段腸道同時(shí)被鑒定為關(guān)鍵基因,可能是杜泊羊與小尾寒羊品種間差異的關(guān)鍵調(diào)控因子。2、在腸段間差異分析中,十二指腸與大腸（盲腸與結(jié)腸）間檢測(cè)到2... 

【文章來(lái)源】：山東農(nóng)業(yè)大學(xué)山東省

【文章頁(yè)數(shù)】：163 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
符號(hào)說(shuō)明
中文摘要
英文摘要
1 引言
    1.1 綿羊消化系統(tǒng)與產(chǎn)肉能力的關(guān)系
        1.1.1 營(yíng)養(yǎng)水平與綿羊產(chǎn)肉能力和肉質(zhì)的關(guān)系
        1.1.2 綿羊品種間消化能力差異研究
        1.1.3 綿羊產(chǎn)肉性狀相關(guān)分子遺傳研究
    1.2 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序在綿羊的應(yīng)用研究
        1.2.1 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)概述
        1.2.2 綿羊相關(guān)轉(zhuǎn)錄組研究概述
        1.2.3 綿羊消化系統(tǒng)相關(guān)轉(zhuǎn)錄組研究
        1.2.4 綿羊產(chǎn)肉相關(guān)轉(zhuǎn)錄組研究
        1.2.5 綿羊miRNA與lncRNA研究
    1.3 動(dòng)物mRNA-miRNA-lncRNA聯(lián)合分析研究進(jìn)展
    1.4 本研究的目的意義
2 材料與方法
    2.1 試驗(yàn)材料
        2.1.1 試驗(yàn)動(dòng)物與樣品采集
        2.1.2 試驗(yàn)儀器與設(shè)備
        2.1.3 試驗(yàn)試劑
    2.2 腸道轉(zhuǎn)錄組測(cè)序與分析
        2.2.1 RNA提取與檢測(cè)
        2.2.2 腸道轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)構(gòu)建與測(cè)序
        2.2.3 腸道轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)比對(duì)與差異表達(dá)分析
        2.2.4 差異表達(dá)基因功能分析
        2.2.5 網(wǎng)絡(luò)調(diào)控分析
        2.2.6 差異表達(dá)基因的qRT-PCR驗(yàn)證
    2.3 腸道聯(lián)合分析方法
        2.3.1 新miRNA重注釋
        2.3.2 靶基因預(yù)測(cè)
        2.3.3 腸道差異lncRNA分析
        2.3.4 聯(lián)合網(wǎng)絡(luò)分析方法
    2.4 骨骼肌轉(zhuǎn)錄組分析方法
        2.4.0 骨骼肌測(cè)序數(shù)據(jù)收集
        2.4.1 骨骼肌轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)比對(duì)與差異表達(dá)分析
        2.4.2 骨骼肌轉(zhuǎn)錄組差異基因功能分析
        2.4.3 骨骼肌轉(zhuǎn)錄組差異lncRNA功能分析
3 結(jié)果與分析
    3.1 腸段間轉(zhuǎn)錄組分析
        3.1.1 測(cè)序數(shù)據(jù)過(guò)濾
        3.1.2 測(cè)序數(shù)據(jù)比對(duì)
        3.1.3 差異表達(dá)分析
        3.1.4 功能富集分析
    3.2 腸段間轉(zhuǎn)錄組差異分析
        3.2.1 差異表達(dá)分析
        3.2.2 差異基因功能分析
        3.2.3 差異基因互作網(wǎng)絡(luò)分析
        3.2.4 差異表達(dá)基因試驗(yàn)驗(yàn)證
    3.3 綿羊腸道組織mRNA-lncRNA-miRNA聯(lián)合分析
        3.3.1 腸道m(xù)iRNA數(shù)據(jù)重注釋
        3.3.2 腸道lncRNA識(shí)別與分析
        3.3.3 mRNA-lncRNA-miRNA聯(lián)合網(wǎng)絡(luò)分析
    3.4 綿羊骨骼肌組織轉(zhuǎn)錄組分析
        3.4.1 骨骼肌轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)過(guò)濾
        3.4.2 骨骼肌轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)比對(duì)
        3.4.3 骨骼肌轉(zhuǎn)錄組差異分析
        3.4.4 骨骼肌轉(zhuǎn)錄組差異基因功能分析
        3.4.5 骨骼肌轉(zhuǎn)錄組差異lncRNA功能分析
        3.4.6 腸道與骨骼肌轉(zhuǎn)錄組比較
4 討論
    4.1 腸道轉(zhuǎn)錄組關(guān)鍵調(diào)控基因
    4.2 聯(lián)合分析表明非編碼RNA廣泛參與腸道轉(zhuǎn)錄后調(diào)控
    4.3 肌肉轉(zhuǎn)錄組中影響肌肉生長(zhǎng)和產(chǎn)肉性狀的lncRNA
    4.4 腸道與骨骼肌轉(zhuǎn)錄組關(guān)系有待進(jìn)一步研究
5 結(jié)論
6 創(chuàng)新點(diǎn)
7 參考文獻(xiàn)
8 致謝
9 攻讀學(xué)位期間發(fā)表論文情況


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]PacBio Sequencing and Its Applications[J]. Anthony Rhoads,Kin Fai Au.  Genomics,Proteomics & Bioinformatics. 2015(05)



本文編號(hào)：2941718