發(fā)布時(shí)間：2020-11-02 18:36

　　 基于香豬基因組重測(cè)序數(shù)據(jù),運(yùn)用SoftSV、Pindel兩個(gè)軟件對(duì)基因組結(jié)構(gòu)變異進(jìn)行檢測(cè);以香豬和大白豬為實(shí)驗(yàn)材料,采用PCR方法檢測(cè)9個(gè)SV位點(diǎn)的群體基因型分布頻率,以RT-qPCR方法分析不同SV基因型對(duì)基因表達(dá)量的影響,得出的主要結(jié)果如下:1.對(duì)29頭香豬、18頭大白豬進(jìn)行肉質(zhì)測(cè)定,得出香豬的肉色、pH、肌內(nèi)脂肪含量顯著高于大白豬,香豬pH24、背膘厚、剪切力、滴水損失、眼肌面積等指標(biāo)顯著低于大白豬。經(jīng)spearman相關(guān)分析,得出香豬pH1、pH24和肉色存在極顯著相關(guān)性,滴水損失與肌內(nèi)脂肪顯著關(guān)聯(lián)。2.通過SoftSV、Pindel軟件對(duì)香豬、大白豬、長(zhǎng)白豬重測(cè)序數(shù)據(jù)分析結(jié)果進(jìn)行篩選,從香豬中發(fā)現(xiàn)29088個(gè)SV,影響6350個(gè)基因;大白豬和長(zhǎng)白豬中分別檢測(cè)到1987、10668個(gè)SV,影響705個(gè)、3048個(gè)基因。香豬特有SV有20349個(gè),包含5351個(gè)基因,富集到33條信號(hào)通路,從中篩選出香豬肉質(zhì)性狀相關(guān)的9個(gè)候選結(jié)構(gòu)變異,進(jìn)行群體分布研究。3.結(jié)構(gòu)變異CD9-I1-SV308SV位于CD9基因1號(hào)內(nèi)含子中,定位到平均背膘厚、肉色等肉質(zhì)性狀的QTL區(qū)間。大白豬和香豬群體之間相比,結(jié)構(gòu)變異CD9-I1-SV308的分布頻率沒有明顯差異;DD缺失型脂肪組織中CD9基因的表達(dá)量明顯低于II正常型。4.結(jié)構(gòu)變異HADH-I2-SV282在HADH基因2號(hào)內(nèi)含子中,定位于腹部脂肪重、胴體脂肪面積百分比等肉質(zhì)性狀相關(guān)QTL區(qū)間。HADH-I2-SV282位點(diǎn)在香豬和大白豬群體間等位基因頻率和基因型分布存在極顯著差異。對(duì)不同基因型在脂肪組織的表達(dá)量進(jìn)行檢測(cè),DD缺失型HADH基因的表達(dá)量顯著低于Ⅱ正常型。5.結(jié)構(gòu)變異ADH5-I2-SV296位于ADH5基因內(nèi)含子2內(nèi),變異區(qū)間QTL定位于肉質(zhì)、眼肌面積、第十肋背脂等相關(guān)性狀區(qū)域。兩個(gè)群體間等位基因分布頻率差異極顯著。對(duì)ADH5正常(II型)、缺失(DD型)基因型進(jìn)行脂肪組織表達(dá)量檢測(cè),DD型ADH5基因表達(dá)量顯著低于II型。6.結(jié)構(gòu)變異ACAA1-I3-SV312位點(diǎn)發(fā)現(xiàn)312 bp的缺失,位于ACAA1基因內(nèi)含子3中。群體多態(tài)性檢測(cè),ACAA1-I3-SV312位點(diǎn)在香豬和大白豬群體間等位基因和基因型分布差異極顯著。7.結(jié)構(gòu)變異ACAT1-I10-SV274位于ACAT1基因內(nèi)含子10中,大白群體II基因型所占比例最高,香豬群體中Ⅱ、ID型頻率較高。通過等位基因頻率分析,2個(gè)群體中基因型分布和等位基因頻率均差異極顯著。8.結(jié)構(gòu)變異ACACA-5flank-SV286處于ACACA基因上游,群體多態(tài)性檢測(cè),ACACA-5flank-SV286位點(diǎn)在香豬和大白豬群體間等位基因分布差異極顯著。9.結(jié)構(gòu)變異ACADSB-I1-SV278位于ACADSB基因內(nèi)含子1上,群體檢測(cè)顯示,大白豬中三種基因型均有檢測(cè),其中以Ⅱ正常型最為顯著,香豬以雜合型頻率最高。等位基因分布中,大白豬以Ⅰ等位基因?yàn)橹?香豬則以D等位基因?yàn)橹鳌?0.結(jié)構(gòu)變異RHEB-I2-SV293發(fā)生293 bp的缺失,位于RHEB基因2號(hào)內(nèi)含子中。群體檢測(cè),RHEB-I2-SV293位點(diǎn)在香豬和大白豬群體間等位基因分布差異極顯著。對(duì)RHEB不同基因型在脂肪組織表達(dá)量進(jìn)行檢測(cè),DD缺失型RHEB基因的表達(dá)量顯著低于Ⅱ正常型。11.結(jié)構(gòu)變異PIK3R5-I4-SV297位于PIK3R5基因內(nèi)含子4,測(cè)序比對(duì)發(fā)現(xiàn)297 bp的變異片段。群體多態(tài)性檢測(cè)顯示,大白豬和香豬等位基因和基因型分布均無(wú)顯著差異。綜上所述,香豬和大白豬肉質(zhì)指標(biāo)分析,香豬具有嫩度高、系水力強(qiáng)、肌內(nèi)脂肪含量高。8個(gè)結(jié)構(gòu)變異位點(diǎn)CD9-I1-SV308、HADH-I2-SV282、ADH5-I2-SV296、ACAA1-I3-SV312、ACAT1-I10-SV275、ACACA-5flank-SV286、ACADSB-I1-SV278和RHEB-I2-SV293在香豬和大白豬之間分布有顯著性差異,可作為分子標(biāo)記位點(diǎn)輔助鑒別香豬和大白豬。CD9-I1-SV308、CD9-I1-SV308、ADH5-I2-SV296、RHEB-I2-293SV四個(gè)位點(diǎn)的缺失基因型影響脂肪組織中基因的表達(dá)。
【學(xué)位單位】：貴州大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位年份】：2019
【中圖分類】：S828
【部分圖文】：

圖 3.1 三個(gè)豬品種特有和共有 SV 的 VEN 圖分析Figure 3.1 VEN diagram表 3.5 結(jié)構(gòu)變異預(yù)測(cè)位點(diǎn)信息Table 3.5 Structural Variation Prediction Site Information

II 型 DD 型 ID 型 ID 型 II 型 DD 型M:2000 DNAMarker圖 3.2 結(jié)構(gòu)變異 CD9-I1-SV308（a）和 HADH-I2-SV282（b）基因分型Figure 3.2 Genotyping of structural variation CD9-I1-SV308 (a) and HADH-I2-SV282 (b)

ID 型 DD 型 II 型 ID 型 DD 型 II 型M:2000 DNAMarker圖 3.3 結(jié)構(gòu)變異 ADH5-I2-SV296（a）和 ACAA1-I3-SV312 （b）基因分型Figure 3.3 Genotyping of structural variationADH5-I2-SV296 (a) andACAA1-I3-SV312 (b)
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本文編號(hào)：2867416