線粒體DNA(mtDNA)具有突變率高、非重組、母系遺傳等特點(diǎn),已廣泛應(yīng)用于動(dòng)物遺傳多樣性和起源進(jìn)化研究。中國(guó)黃牛品種十分豐富,具有明顯不同于國(guó)外牛品種的地理譜系結(jié)構(gòu)和種質(zhì)特征。與中國(guó)黃牛豐富的遺傳資源相比,以前的研究不足以表征所有中國(guó)黃牛的遺傳多樣性和母系起源情況。因此,本研究采集了14個(gè)中國(guó)地方黃牛品種/群體(蒙古牛、嶺南牛、大別山牛、夷陵牛、黃陂牛、三江牛、湘西牛、廣豐牛、吉安牛、錦江牛、威寧牛、滇中牛、文山牛和西藏牛)共計(jì)459個(gè)樣本,采用PCR擴(kuò)增、測(cè)序和生物信息學(xué)的方法,對(duì)其進(jìn)行遺傳多樣性與起源進(jìn)化分析;同時(shí),從GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)下載646條中國(guó)黃牛mtDNA D-loop序列,綜合分析中國(guó)黃牛57個(gè)品種/群體共計(jì)1105頭牛的mtDNA D-loop區(qū)的遺傳多樣性與母系起源,以期為中國(guó)黃牛的遺傳資源保護(hù)與利用提供科學(xué)依據(jù)。本研究得到以下主要結(jié)果:(1)中國(guó)黃牛mtDNA遺傳多樣性非常豐富,為普通牛和瘤牛起源,西藏牛主要為普通牛起源,伴有牦牛基因滲入。(2)牛的T1a支系主要集中分布在亞洲的東北地區(qū)(中國(guó)東北、韓國(guó)和日本);I2支系只分布在中國(guó)西南地區(qū)(云貴高原和西藏)和新疆地區(qū)。(3)在蒙古牛中發(fā)現(xiàn)了5種普通牛的單倍型組(T1a、T2、T3、T4和T5)和2種瘤牛的單倍型組(I1和I2)。本研究綜合分析了中國(guó)黃牛mtDNA的遺傳多樣性,對(duì)全面了解中國(guó)黃牛品種/群體的遺傳多樣性、遺傳結(jié)構(gòu)和母系起源提供了理論依據(jù)。
【學(xué)位單位】：西北農(nóng)林科技大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位年份】：2019
【中圖分類(lèi)】：S823.81
【部分圖文】：

是為什么mtDNA保留基因的一個(gè)假設(shè)（Bj rkholm共定位的另一個(gè)可能的原因是線粒體機(jī)制的局部控制的可各種 mtDNA 基因組的分析表明，這兩種特征都可能決定了ton & Williams 2016）。物 mtDNA 的基本結(jié)構(gòu)細(xì)胞生物中，mtDNA 是環(huán)狀、共價(jià)閉合、雙鏈 DNA。但蟲(chóng) Tetrahymena 或綠藻 Chlamydomonas reinhardtii）和極少例如某些刺胞動(dòng)物）中發(fā)現(xiàn) mtDNA 是線性的 DNA（Nosek每個(gè)雙鏈環(huán)狀 mtDNA 分子由 15000-17000 個(gè)堿基對(duì)組成（tDNA 兩條鏈的核苷酸含量是不同的，富含鳥(niǎo)嘌呤的鏈稱(chēng)為啶的鏈稱(chēng)為輕鏈（或 L 鏈）。重鏈編碼 28 個(gè)基因，而輕鏈則et al. 1981）。 在這 37 個(gè)基因中，13 個(gè)編碼蛋白質(zhì)（多肽碼核糖體 RNA（rRNA）的小亞基和大亞基。

1.2.3 mtDNA 控制區(qū)mtDNA 控制區(qū)，也稱(chēng)為 mtDNAD-loop 區(qū)，是線粒體基因組的非編碼 DNA 區(qū)域。該區(qū)域控制 RNA 和 DNA 合成。在人類(lèi) mtDNA 基因組中，它的多態(tài)性最高，且多態(tài)性多集中在高變區(qū)。這些區(qū)域的平均核苷酸多樣性為 1.7％（Aquadro Greenberg 1983）。盡管多態(tài)性很高，但來(lái)自該區(qū)域的 RNA 轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物在選擇壓力下仍具有保守的二級(jí)結(jié)構(gòu)（Pereira et al. 2008）。mtDNA 控制區(qū)包括一條鏈的復(fù)制起始位點(diǎn)和兩條鏈的轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)（Anderson et al. 1981），和一個(gè)被認(rèn)為可以編碼人類(lèi)的 7s 核糖體 RNA 開(kāi)放的閱讀框架（Ojala et al. 1981）。

過(guò)程中已將空白去除。利用 DnaSP 5.0 軟件（Librado & 度和核苷酸多樣度。利用 ARLEQUIN 3.01 軟件（Excoffie方差分析）分析群體結(jié)構(gòu)。利用 MEGA5.0 軟件（Tamur育樹(shù)（Neighbor-joining tree）。使用 Network 5.0 構(gòu)建 Mlt et al. 1999）。析DNA 檢測(cè)糖凝膠檢測(cè)提取的 DNA 質(zhì)量。檢測(cè)結(jié)果如圖 2-1 所示，可以用來(lái)進(jìn)行后續(xù) PCR 擴(kuò)增。

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本文編號(hào)：2813225