線粒體DNA(mtDNA)具有突變率高、非重組、母系遺傳等特點,已廣泛應(yīng)用于動物遺傳多樣性和起源進(jìn)化研究。中國黃牛品種十分豐富,具有明顯不同于國外牛品種的地理譜系結(jié)構(gòu)和種質(zhì)特征。與中國黃牛豐富的遺傳資源相比,以前的研究不足以表征所有中國黃牛的遺傳多樣性和母系起源情況。因此,本研究采集了14個中國地方黃牛品種/群體(蒙古牛、嶺南牛、大別山牛、夷陵牛、黃陂牛、三江牛、湘西牛、廣豐牛、吉安牛、錦江牛、威寧牛、滇中牛、文山牛和西藏牛)共計459個樣本,采用PCR擴(kuò)增、測序和生物信息學(xué)的方法,對其進(jìn)行遺傳多樣性與起源進(jìn)化分析;同時,從GenBank數(shù)據(jù)庫下載646條中國黃牛mtDNA D-loop序列,綜合分析中國黃牛57個品種/群體共計1105頭牛的mtDNA D-loop區(qū)的遺傳多樣性與母系起源,以期為中國黃牛的遺傳資源保護(hù)與利用提供科學(xué)依據(jù)。本研究得到以下主要結(jié)果:(1)中國黃牛mtDNA遺傳多樣性非常豐富,為普通牛和瘤牛起源,西藏牛主要為普通牛起源,伴有牦�；驖B入。(2)牛的T1a支系主要集中分布在亞洲的東北地區(qū)(中國東北、韓國和日本);I2支系只分布在中國西南地區(qū)(云貴高原和西藏)和新疆地區(qū)。(3)在蒙古牛中發(fā)現(xiàn)了5種普通牛的單倍型組(T1a、T2、T3、T4和T5)和2種瘤牛的單倍型組(I1和I2)。本研究綜合分析了中國黃牛mtDNA的遺傳多樣性,對全面了解中國黃牛品種/群體的遺傳多樣性、遺傳結(jié)構(gòu)和母系起源提供了理論依據(jù)。
【學(xué)位單位】：西北農(nóng)林科技大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位年份】：2019
【中圖分類】：S823.81
【部分圖文】：

是為什么mtDNA保留基因的一個假設(shè)（Bj rkholm共定位的另一個可能的原因是線粒體機(jī)制的局部控制的可各種 mtDNA 基因組的分析表明，這兩種特征都可能決定了ton & Williams 2016）。物 mtDNA 的基本結(jié)構(gòu)細(xì)胞生物中，mtDNA 是環(huán)狀、共價閉合、雙鏈 DNA。但蟲 Tetrahymena 或綠藻 Chlamydomonas reinhardtii）和極少例如某些刺胞動物）中發(fā)現(xiàn) mtDNA 是線性的 DNA（Nosek每個雙鏈環(huán)狀 mtDNA 分子由 15000-17000 個堿基對組成（tDNA 兩條鏈的核苷酸含量是不同的，富含鳥嘌呤的鏈稱為啶的鏈稱為輕鏈（或 L 鏈）。重鏈編碼 28 個基因，而輕鏈則et al. 1981）。 在這 37 個基因中，13 個編碼蛋白質(zhì)（多肽碼核糖體 RNA（rRNA）的小亞基和大亞基。

1.2.3 mtDNA 控制區(qū)mtDNA 控制區(qū)，也稱為 mtDNAD-loop 區(qū)，是線粒體基因組的非編碼 DNA 區(qū)域。該區(qū)域控制 RNA 和 DNA 合成。在人類 mtDNA 基因組中，它的多態(tài)性最高，且多態(tài)性多集中在高變區(qū)。這些區(qū)域的平均核苷酸多樣性為 1.7％（Aquadro Greenberg 1983）。盡管多態(tài)性很高，但來自該區(qū)域的 RNA 轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物在選擇壓力下仍具有保守的二級結(jié)構(gòu)（Pereira et al. 2008）。mtDNA 控制區(qū)包括一條鏈的復(fù)制起始位點和兩條鏈的轉(zhuǎn)錄起始位點（Anderson et al. 1981），和一個被認(rèn)為可以編碼人類的 7s 核糖體 RNA 開放的閱讀框架（Ojala et al. 1981）。

過程中已將空白去除。利用 DnaSP 5.0 軟件（Librado & 度和核苷酸多樣度。利用 ARLEQUIN 3.01 軟件（Excoffie方差分析）分析群體結(jié)構(gòu)。利用 MEGA5.0 軟件（Tamur育樹（Neighbor-joining tree）。使用 Network 5.0 構(gòu)建 Mlt et al. 1999）。析DNA 檢測糖凝膠檢測提取的 DNA 質(zhì)量。檢測結(jié)果如圖 2-1 所示，可以用來進(jìn)行后續(xù) PCR 擴(kuò)增。

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本文編號：2813225