發(fā)布時(shí)間：2020-08-04 15:36

【摘要】：現(xiàn)代家雞起源于原雞,但其馴化地、馴化時(shí)間及擴(kuò)散路線等馴化模式問(wèn)題已經(jīng)爭(zhēng)論了一個(gè)多世紀(jì),其爭(zhēng)論的主要焦點(diǎn)是做為現(xiàn)代家雞祖先的紅原雞的野生種目前的棲息地主要集中在亞洲南部地區(qū),而世界上最早的家雞遺骸卻出土于黃河中游地區(qū)。要解析家雞起源馴化模式,必須澄清黃河中游地區(qū)的古代遺骸的物種屬性及與現(xiàn)代家雞的遺傳關(guān)系。 通過(guò)環(huán)介導(dǎo)引物介導(dǎo)的PCR方法,我們對(duì)39個(gè)雞骨殘骸進(jìn)行了DNA分析。樣本分別來(lái)自黃河流域中下游距今約10000年的南莊頭遺址、距今約7500年的磁山遺址和距今約4500年的王因遺址,以及長(zhǎng)江中游距今約3000年的九連墩戰(zhàn)國(guó)楚墓遺址。我們還對(duì)南莊頭遺址、磁山遺址的骨骼樣品進(jìn)行了碳14年代測(cè)定。研究結(jié)果表明：(1)南莊頭遺址的古代樣本來(lái)自新石器時(shí)代早期文化堆積層距今約10500年；磁山遺址的古代樣本來(lái)自典型的新石器時(shí)代磁山文化堆積層距今約7900年；(2)獲得了來(lái)自以上4個(gè)遺址的13個(gè)樣品的線粒體COI基因159bp序列。通過(guò)與雞形目6個(gè)屬的196條COI基因同源序列的遺傳分析發(fā)現(xiàn)古代樣本均源于原雞屬群體；(3)獲得了來(lái)自以上4個(gè)遺址的8個(gè)樣品的線粒體DNA控制區(qū)326bp序列,通過(guò)與10條發(fā)表的古DNA序列和1001條來(lái)自4個(gè)原雞種的同源序列的聚類分析,發(fā)現(xiàn)現(xiàn)代家雞的祖先單倍型群類型在距今約一萬(wàn)年的新石器時(shí)代黃河流域中游地區(qū)的古代群體中就已經(jīng)存在,揭示出黃河流域的原始種群是現(xiàn)代家雞的祖先之一,并證明了中國(guó)北方地區(qū)曾經(jīng)存在早期家雞馴化事件；(4)全新世早期以來(lái)華北平原地區(qū)氣候和環(huán)境變化巨大,南莊頭遺址和磁山遺址出土的大量熱帶動(dòng)植物證明全新世早期中國(guó)北方的環(huán)境適合原雞生存。最早的粟類栽種及豬、狗馴化說(shuō)明當(dāng)時(shí)的生產(chǎn)力發(fā)展水平足以進(jìn)行家雞馴化。新石器時(shí)代早期家雞遺傳多樣性豐富反映其馴化的早期階段,揭示出華北地區(qū)從南莊頭遺址轉(zhuǎn)型農(nóng)業(yè)到磁山遺址成熟農(nóng)業(yè)的逐漸發(fā)展過(guò)程；(5)亞洲南部地區(qū)的原雞和現(xiàn)代家雞群體擁有獨(dú)特的單倍型,綜合農(nóng)業(yè)起源證據(jù),認(rèn)為家雞是多地區(qū)多物種起源,但亞洲南部的家雞馴化開(kāi)始時(shí)間還有待進(jìn)一步探尋。 本研究建立了適用于古代家雞考古樣本DNA研究的技術(shù)平臺(tái),首次報(bào)道了距今超過(guò)4500年的古代家雞樣本DNA序列,并獲得了世界上最古老的家雞樣本DNA序列,發(fā)現(xiàn)中國(guó)北方地區(qū)是除南亞?wèn)|南亞地區(qū)之外另一個(gè)重要的家雞起源地,其馴化時(shí)間從距今大約10000年的新石器時(shí)代早期就已經(jīng)開(kāi)始。
【學(xué)位授予單位】：中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：S831
【圖文】：

雞是人類較早馴養(yǎng)的動(dòng)物之一，由原雞馴化而來(lái)。在分類學(xué)上，家雞屬鳥(niǎo)綱（Aves)、雞形目（Galliformes)、雉科（Phasianidae)、原雞屬（Gallus)。原雞屬包括4個(gè)原雞種（圖1-2),分別是分布于印度次大陸北部、東北部及東部，中國(guó)南部，東南亞，蘇門(mén)答臘及爪哇的紅色原雞(Gallus gallus, G. gallus)^分布于印度尼西亞爪唾的綠領(lǐng)原雞(^Gallus varius, G. varius)、產(chǎn)于印度西部和南部的灰色原雞(^Gallus sonneratii, G. sonneratiD及分布于斯里蘭卡的黑尾原雞、Galluslafayetii, G. lafayetii).其中紅色原雞包括5個(gè)亞種（圖1-1),它們分別是主要分布于印度支那半島、泰國(guó)、蘇門(mén)答臘的Gallus gallus gallus (G. g. gallus)亞種；分布于印度尼西亞爪哇島的Gallusgallus bankiva (G. g. bankiva)亞種；分布于越南北部、中國(guó)云南東南部，廣西西南部，廣東雷周半島的徐聞、海南島的Ga/?s (G. g. jabouilleO亞種；分布于克什米爾至阿薩姆和印度中部地區(qū)的Ga//MS ga//MS WMrg/n' (G. g. znMr妙《?)亞種和分布于中國(guó)云南西部和西南部、印度支那半島、緬甸和馬來(lái)西亞北部的GW/ms spafiZceMs (G. g. spadiceus)亞種[8]。G. gallus G. van us G. someraiii G. lafayetiiW▲.哪G. g, gallus G. g. bankiva G. g. jabouiilei G. g. nmrghi G. g. spadiceus圖1-2原雞（改自A丨:Nasser[9]Figure 1-2 Gallus species (from Al-Nasser[9])1.1.1家雞起源馴化問(wèn)題的提出與爭(zhēng)議雞的起源、馴化幾乎是動(dòng)物馴化和動(dòng)物考古研究領(lǐng)域目前爭(zhēng)議最大的科學(xué)問(wèn)題。在雞的起源、馴化時(shí)間及馴化地的問(wèn)題上

圖I-4古代薈因組

將環(huán)介導(dǎo)引物擴(kuò)增產(chǎn)物作為二次PCR反應(yīng)的模板，使用特異PCR引物擴(kuò)增獲得可用于直接測(cè)序的線性古代DNA序列拷貝（圖2-1)，我們將這種擴(kuò)增方法稱為環(huán)介導(dǎo)PCR(Loop-mediated PCR, L-PCR)。A F3 Flc+F2{FIP)F3 F2 F1 F Blc B2c B3c3' 】 LZXZ>CI>" 5'5' ■■二‘^ W ■ —— _ 3'F3c F2c Flc R B1 B2 B3?■■■■?■(BIP) B2+B1C B3‘ 一環(huán)介導(dǎo)引物 特好PCR引物 -擴(kuò)增 擴(kuò)增 -模板DNA 蓮環(huán)狀一次產(chǎn)物 線件0標(biāo)序列圖2-1環(huán)介導(dǎo)PCR擴(kuò)增方法原理圖示圖A所示為環(huán)介導(dǎo)擴(kuò)增方法的引物位置,引物設(shè)計(jì)包括目標(biāo)序列外圍的F3和B3及nP(Flc+F2)和BIP(B2+Blc)以及特異PCR引物。如圖B所示，環(huán)介導(dǎo)擴(kuò)增方法實(shí)際上是一個(gè)兩步擴(kuò)增方法，包括以高效地豐富模板序列為目的的環(huán)介導(dǎo)引物擴(kuò)增和以獲得線性目標(biāo)序列為目的的特異PCR引物擴(kuò)增。Figure 2-1 Schematic illumination of L-PCR assayPrimers of L-PCR assay contains a loop-primer set of 4 conserved primers which recognize 6 target DNA regions and a26

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：2780745