【摘要】：豬作為一種經(jīng)濟動物,其產(chǎn)品深受廣大消費者喜愛。養(yǎng)豬業(yè)作為我國畜牧行業(yè)的重要領域,豬的育種工作顯得尤為重要。傳統(tǒng)育種方法的周期長且耗費巨大的人力和財力,而全基因組選擇具有提高育種值估計準確性、增加年遺傳進展、降低成本等優(yōu)勢。但由于目前基因組選擇的方法多,豬的性狀較為復雜,針對不同遺傳復雜度性狀,研究基于不同假設的統(tǒng)計方法比較基因組選擇的效果,選擇合適的模型,制定合理的選育策略,進而加快豬的遺傳改良。本研究以收集的大白豬乳頭數(shù)和達100kg背膘厚與長白豬乳頭數(shù)和達100kg日齡的數(shù)據(jù)為分析對象,首先對性狀進行遺傳力估計,然后對群體進行全基因組關聯(lián)分析,最后對不同遺傳復雜度性狀開展基因組選擇。研究結果如下:(1)收集并整理了9412頭大白和8215頭長白豬的表型數(shù)據(jù),其中大白豬乳頭數(shù)、大白豬達100kg背膘厚、長白豬乳頭數(shù)、長白豬達100kg日齡的平均值±標準差分別為14.09±0.49、10.67±2.44、14.30±0.73、157.30±11.99。(2)利用系譜信息估計大白乳頭數(shù)和達100kg背膘厚與長白乳頭數(shù)和達100kg日齡的遺傳力分別為0.150、0.312、0.210和0.409。利用全基因組信息估計大白乳頭數(shù)和達100kg背膘厚與長白乳頭數(shù)和達100kg日齡的遺傳力分別為0.076、0.237、0.125和0.126。利用綜合系譜及全基因組信息估計大白乳頭數(shù)和達100kg背膘厚與長白乳頭數(shù)和達100kg日齡的遺傳力分別為0.081、0.249、0.133和0.136。利用系譜信息估計的遺傳力高于綜合系譜及基因組信息估計的遺傳力,利用綜合信息估計的遺傳力高于利用全基因組信息估計的遺傳力。(3)針對豬的不同遺傳復雜度性狀為分析對象,結合50K SNP芯片分型數(shù)據(jù),進行全基因組關聯(lián)分析,以加性模型為基礎,利用5倍和10倍交叉驗證比較GBLUP、ssGBLUP、BayesA、BayesB、BayesC、Bayesian LASSO、BSLMM和BayesR方法的基因組選擇準確性和無偏性。針對大白豬乳頭數(shù)、長白豬乳頭數(shù)和達100kg日齡性狀使用ssGBLUP方法進行基因組選擇效果最佳,針對大白豬達100kg背膘厚使用BayesC方法進行基因組選擇效果最佳。針對豬的不同遺傳復雜度性狀進行基因組選擇時,使用ssGBLUP方法的效果優(yōu)于GBLUP。(4)性狀的遺傳復雜程度對基因組選擇的效果有重要的影響。8種方法的預測準確性大致表現(xiàn)出與性狀遺傳力估計成正相關。通過實際的群體數(shù)據(jù)探究全基因組選擇的模型,確定不同遺傳復雜度性狀選擇方法的效果并提高預測的穩(wěn)定性,為國內(nèi)豬的基因組選育提供合理的參考。
【學位授予單位】：華中農(nóng)業(yè)大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2019
【分類號】：S828
【圖文】：

圖 1 本研究的技術路線Fig.1 The scheme of this study試驗材料 試驗群體實驗室于 2016-2018 年收集的商業(yè)群體數(shù)據(jù)，由 9412 頭大白和 8215 。原始數(shù)據(jù)來自豬場 2012-2018 年的育種記錄，體重測定從 30kg 到 100g 時進行活體背膘測定，系譜、測定批次、性別信息完整。利用 Excel 2數(shù)據(jù)進行預處理，剔除表型缺失值、重復數(shù)據(jù)，保留樣品含量足夠的性入分析的性狀包括達 100kg 日齡（AGE100）、達 100kg 背膘厚（BT100（TN）3 個性狀。 主要儀器設備

豬不同遺傳復雜度性狀全基因選擇準確性評估表型數(shù)據(jù)狀表型數(shù)據(jù)描述究的目標性狀分為大白群體的乳頭數(shù)（TN）、達 100kg 背膘厚（的乳頭數(shù)（TN）和達 100kg 日齡（AGE100）。表 3 列出了大白和AGE100 和 BT100 的描述性統(tǒng)計量，包括平均值、標準差、最大中使用 R 語言 MVP 程序包進行表型分布分析，分析結果如圖 4性狀的表型值的分布直方圖。從圖中可以看出，不同表型都大致用于基因組育種值估計的下一環(huán)節(jié)，進而開展基因組選擇研究。

圖 3 SNP 在長白群體染色體中的分布Fig.3 Distribution of SNPs in chromosomes of Landrace表 3 不同群體不同性狀的描述性統(tǒng)計量Table 3 Descriptive statistics of traits of different populations性狀Trait描述性統(tǒng)計量 Descriptive statistics個體數(shù)Number均值Mean最大值Maximum最小值Minimum標準差SDTN 9412 14.09 17.00 11.00 0.49 BT100 9412 10.67 19.37 5.46 2.44 TN 8215 14.30 18.00 10.00 0.73 AGE100 8215 157.30 210.00 106.80 11.99 乳頭數(shù)；BT100 表示達 100kg 背膘厚；AGE100 表示達 100kg 日齡 teat numbers; BT100 is backfat thickness at 100kg; AGE100 is age at 100kg

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本文編號：2778269