【摘要】：近年來新發(fā)傳染病屢有發(fā)生,全球近75%的新發(fā)傳染病是動物源性的。嚙齒目動物作為全球種類最多、分布最廣的哺乳動物種群,它們與人類密切接觸,是各種新發(fā)病毒的自然儲庫,可傳播60多種已知的人畜共患傳染病。因此我們對我國嚙齒目動物攜帶的病毒組進行了大規(guī)模系統(tǒng)性的研究,該課題作為嚙齒目動物病毒組研究的一部分聚焦于指環(huán)病毒。由于缺乏有效的細胞系模型和合適的動物模型來支持病毒復(fù)制研究,指環(huán)病毒的致病性仍然存在爭議,但是目前其中的一些基因型被認為具有致病能力。近年來指環(huán)病毒已相繼從人類及其他哺乳動物中檢出。嚙齒類動物指環(huán)病毒之前已在英國報道過,然而目前國內(nèi)沒有關(guān)于嚙齒動物攜帶指環(huán)病毒的報道,因此對于了解不同地區(qū)的多種嚙齒目動物的指環(huán)病毒的存在情況是十分必要的。在本研究中,我們利用宏基因組學研究方法,對我國20個代表性省份的5個科的42種嚙齒目動物,共計2416份咽拭子和肛拭子樣品的指環(huán)病毒的存在情況進行檢測,結(jié)果顯示幾乎所有的嚙齒目動物都攜帶有指環(huán)病毒,擴充了嚙齒目動物攜帶指環(huán)病毒的宿主種類。根據(jù)高通量測序結(jié)果提示,結(jié)合巢式PCR方法對原始樣本中的指環(huán)病毒基因序列進行了進一步驗證,并根據(jù)序列相似性選擇具有代表性的序列進行全基因擴增,最終得到了 11個代表性的全基因組和2個部分基因組序列信息。我們獲得的嚙齒目動物指環(huán)病毒基因組長度約有2.3kb-2.6kb。根據(jù)序列拼接和基因注釋結(jié)果,本研究獲得的指環(huán)病毒基因組包含2-3個開放閱讀框,此外還包括一個495-868bp的非編碼區(qū)。通過進一步對13個指環(huán)病毒ORF1的進化分析,嚙齒類動物指環(huán)病毒形成了 4個譜系(1-4),根據(jù)序列同源性、系統(tǒng)進化及基因組結(jié)構(gòu)等分析結(jié)果,建議其與英國的嚙齒目動物指環(huán)病毒構(gòu)成3個新的病毒屬,這些新發(fā)現(xiàn)的指環(huán)病毒擴展了病毒學的分類。本研究表明鼠科的小家鼠攜帶嚙齒目動物指環(huán)病毒毒株RtMm-AneV/ZJ2016,這提示同一種屬的實驗室小鼠也可能被該毒株感染而用于研究指環(huán)病毒的復(fù)制周期和致病性。本研究中概述了嚙齒目動物指環(huán)病毒并鑒定出中國嚙齒目動物攜帶的13種新型指環(huán)病毒。這些數(shù)據(jù)可以為識別和追蹤嚙齒目動物攜帶潛在的指環(huán)病毒提供重要的科學依據(jù)。
【學位授予單位】：北京協(xié)和醫(yī)學院
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2018
【分類號】：S852.65
【圖文】：

具有很高的人畜共患風險。在城市郊區(qū)，嚙齒目動物作為連接人類和野生動物的媒逡逑介，在這些自然生態(tài)系統(tǒng)中，人類往往暴露于一些人畜共患病病原的自然疫源地中。逡逑嚙齒目動物傳播傳染病的途徑分成直接傳播和間接傳播兩種（圖１）。直接傳播途逡逑徑是嚙齒目動物通過多種方式直接將病毒傳播給人類，包括抓咬人、人食入被嚙齒逡逑目動物糞便污染的食物或水以及吸入其糞便、尿等污染物所形成的氣溶膠顆粒；間逡逑接傳播途徑是嚙齒目動物通過體外寄生的節(jié)肢動物如蜱、圣、螨等媒介動物間接將逡逑病毒傳播給人類。在這種傳播方式中，嚙齒目動物主要作為儲存宿主，通過媒介動逡逑６逡逑

編碼區(qū)組成，該編碼區(qū)含有至少三個開放閱讀框（ＯＲＦ）和約１．２ｋｂ（ＴＴＳｕＶ中０．８ｋｂ）逡逑的非翻譯區(qū)（ＵＴＲ），其富含ＧＣ區(qū)域［３７］。高度保守的ＵＴＲ區(qū)域含有ＴＡＴＡ盒和ｐｏｌｙＡ逡逑尾部序列，它被用作轉(zhuǎn)錄因子，依賴于不同的細胞系呈現(xiàn)出不同的轉(zhuǎn)錄活性（圖２）。逡逑含有ＴＴＶ完整基因組構(gòu)建體的質(zhì)粒在ＣＯＳ１細胞中轉(zhuǎn)錄成信使ＲＮＡ（ｍＲＮＡ），然后逡逑得到了三個不同長度的信使ＲＮＡ分別為３．０ｋｂ，１．２ｋｂ和ｌ．Ｏｋｂ。這三個轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物起逡逑始于ＴＡＴＡ框附近的同一個區(qū)域，也使用相同的編碼區(qū)末端的Ｐｏｌｙ（Ａ）信號。所有的逡逑轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物使用相同的剪切位點形成信使ＲＮＡ，只有３．０ｋｂ的ｍＲＮＡ具有完整的逡逑ＯＲＦ１，１．２ｋｂ和ｌ．Ｏｋｂ的ｉｎＲＮＡ發(fā)生了二次剪切，將ＯＲＦ２與同一個閱讀框內(nèi)的逡逑ＯＲＦ４連接到一起［２９］。０１１？１編碼的約７００－７７０個氨基酸的蛋白質(zhì)被認為是病毒衣殼逡逑蛋白［１６］。ＯＲＦ２編碼約２００個氨基酸的蛋白質(zhì)，在一些基因型中，它被分成更小的逡逑ＯＲＦ２ａ和ＯＲＦ２ｂ，后者含有類似于蛋白酪氨酸磷酸酶的ＣＡＶ－ｌｉｋｅ保守氨基酸基序，逡逑其可能參與自然感染期間細胞和／或病毒蛋白質(zhì)調(diào)控和處理［３８］。ＯＲＦ３的產(chǎn)物是２８５逡逑個氨基酸的蛋白質(zhì)

實為８９個不同地區(qū)不同鼠種的混合樣品）。混合后的樣本利用Ｈｉｓｅｑ２５００測序平臺逡逑進行測序，樣品經(jīng)“過濾－富集－核酸酶消化－病毒核酸提取”策略后，進行反轉(zhuǎn)錄及ＰＣＲ逡逑擴增構(gòu)建ｃＤＮＡ文庫，部分樣本的跑膠結(jié)果如圖３．２所示，我們切�。担埃埃保埃埃埃猓鸬腻义掀�，Ｑｕｂｉｔ邋定量大于邋２０ｎｇ／ｎｌ，ＮａｎｏＤｒｏｐ邋定量邋ＯＤ２６０／２８０邋為邋１．８－２．０，邋ＯＤ２６０／２３０逡逑為２．２－２．３，符合上機要求，產(chǎn)物很純，無蛋白、酚類等有機物的污染。然后用Ｂｉｏｍｐｔｏｒ逡逑進行片段化，設(shè)置頻率Ｈ，打３０ｓ，間隔ｌｍｉｎ，每隔１５ｍｉｎ換一次薄冰水，將打斷逡逑管中液體離心后再次進行打斷，共反復(fù)進行４次，即打斷１小時。為保證ｃＤＮＡ文逡逑庫已經(jīng)片段化且可以進行后續(xù)步驟，需進行２１００邋Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ分析，按標準操作流逡逑程，完成ｃＤＮＡ文庫末端修復(fù)、加Ａ、加接頭等步驟后需再一次進行２１００邋Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ逡逑分析。圖３．３－３．４為ｃＤＮＡ文庫進行的上機測序前２１００邋Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ定性定量部分結(jié)逡逑果。Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ邋Ｆｉｌｅ邋Ｒｕｎ邋Ｓｕｍｍａｒｙ為混合樣品電泳圖。下方為每個混合樣品的逡逑２１００分析結(jié)果，橫坐標為測序片段長度分布，縱坐標為測序片段峰度大小。逡逑Ｍ邋樣本１樣本２邋Ｎ逡逑２０００逡逑７５０邋Ｃ３逡逑２５０逡逑１００逡逑圖３．２邋ｃＤＮＡ產(chǎn)物電泳結(jié)果。Ｍ：邋Ｍａｒ

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3 魏稼黎;李李;劉鐳;;光纖引導直視下嚙齒目動物氣管插管的應(yīng)用[J];中國比較醫(yī)學雜志;2015年10期

4 蘇更林;;裸鼴鼠“三奇”[J];科學大眾(中學生);2014年Z1期

5 尤濤;董洲;張可可;;可溶性嚙齒目動物CD59功能多肽的制備及生物活性鑒定[J];安徽農(nóng)學通報;2014年13期

6 陳敬先;甘肅省嚙齒動物名錄[J];中國鼠類防制雜志;1987年04期

7 ;與貓等大的老鼠[J];大自然探索;2009年11期

8 李世榮;;牙仙女[J];初中生;2009年12期

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10 林劍聲;;略談嚙齒類的情感[J];大自然;2012年03期

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2 呂超超;某些嚙齒目動物腸道寄生蟲感染情況調(diào)查及隱孢子蟲遺傳特征分析[D];河南農(nóng)業(yè)大學;2009年

3 張?zhí)N斌;草原兔尾鼠卵透明帶3 cDNA的克隆、鑒定與分析的研究[D];新疆大學;2002年

4 張林;雌激素水平對嚙齒目動物暈動病易感性的影響[D];第二軍醫(yī)大學;2010年

本文編號：2749438