本文關(guān)鍵詞：復(fù)方陳皮粉對豬胃腸道菌群多樣性的影響，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：本研究以飼喂復(fù)方陳皮粉的試驗組和未飼喂復(fù)方陳皮粉的對照組的豬糞便樣品作為研究對象,通過宏基因組學(xué)方法和宏蛋白質(zhì)組學(xué)方法研究兩組試驗豬胃腸道中微生物的多樣性,并通過比較兩組微生物多樣性分析復(fù)方陳皮粉對豬胃腸道微生物的影響,從而進一步分析復(fù)方陳皮粉藥效的作用機制。將60頭試驗豬隨機分為2個組,每組3個重復(fù),每個重復(fù)10頭豬；對照組和試驗組分別飼喂基礎(chǔ)日糧和添加0.2%復(fù)方陳皮粉的基礎(chǔ)日糧,共計60 d；飼喂過程定期采集新鮮糞便,采用變性梯度凝膠電泳(DGGE)和末端限制性內(nèi)切酶片段長度多態(tài)性(T-RFLP)指紋圖譜技術(shù)研究兩組試驗豬胃腸道菌群多樣性；結(jié)合雙向電泳和質(zhì)譜鑒定方法分析差異蛋白質(zhì),并于NCBI蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫比對差異蛋白質(zhì)種類,進一步研究胃腸道菌群結(jié)構(gòu)；再結(jié)合內(nèi)毒素檢測技術(shù)分析胃腸道內(nèi)毒素含量,分析復(fù)方陳皮粉對胃腸道革蘭氏陰性菌及其釋放的內(nèi)毒素的影響。結(jié)果表明,試驗期間試驗組的豬基本不出現(xiàn)腹瀉,對照組有部分豬經(jīng)常出現(xiàn)腹瀉現(xiàn)象。DGGE圖譜顯示,豬胃腸道菌群物種豐富,兩組樣品之間存在明顯的條帶差異。選取11條DGGE共性條帶和特異條帶進行克隆測序,用BLAST工具與GenBank數(shù)據(jù)庫中已有序列進行比對,其中兩組的共性條帶對應(yīng)的數(shù)據(jù)庫中最相近菌種為大腸桿菌、厚壁菌門中的不可培養(yǎng)的一個菌種、桿菌門中的不可培養(yǎng)的一個新種和鏈球菌屬的新種。對照組特有條帶對應(yīng)的數(shù)據(jù)庫中最相近菌種為密螺旋體屬的新種、變形菌門中的不可培養(yǎng)的一個新種和產(chǎn)氣莢膜梭菌屬的新種。試驗組特有條帶對應(yīng)的數(shù)據(jù)庫中最相近菌種為鼠李糖乳桿菌、柔嫩梭菌屬的新種、類腸膜明串珠菌屬的新種和嗜酸乳桿菌屬的新種。T-RFLP指紋圖譜技術(shù)檢測結(jié)果通過RDP數(shù)據(jù)庫查詢比對,在兩組糞便樣品中,相同的T-RFs片段有27個,包括14個屬,分別為類芽孢桿菌屬、密螺旋體屬、微小桿菌屬、梭菌屬、乳桿菌屬、螺桿菌屬、優(yōu)桿菌屬、噬纖維菌屬、組織菌屬、丁酸弧菌屬、魏斯氏菌屬、片球菌屬、鏈球菌屬和硝化螺旋菌屬。其中大部分是機會致病菌和動物胃腸道中的正常菌群成員,僅有少部分為致病菌。對照組的特有片段中對應(yīng)的細菌種類為有益菌、致病菌和機會致病菌,其中大部分為有害菌和機會致病菌。試驗組特有的片段對應(yīng)的細菌種類雖然也有有益菌、致病菌和機會致病菌,但致病菌和機會致病菌的數(shù)量明顯少于對照組,有益菌占多數(shù)。通過比較蛋白組學(xué)在兩組樣品中獲得的多個差異蛋白點,選擇其中7個相對清晰的差異蛋白點通過數(shù)據(jù)庫對比得出其對應(yīng)的細菌種屬為腸炎沙門氏菌、密螺旋體、鼠李糖乳桿菌、產(chǎn)氣莢膜梭菌、蠟樣芽孢桿菌、小牛葡萄球菌、豬丹毒絲菌。所取的差異蛋白點1個來自試驗組中較清晰的蛋白點為鼠李糖乳桿菌,6個來自對照組中較清晰的蛋白點,這六種被鑒定的蛋白質(zhì)均為致病菌或機會致病菌。對照組與試驗組在飼喂復(fù)方陳皮粉初期胃腸道的游離內(nèi)毒素濃度相差不大,但是在中后期兩組的內(nèi)毒素濃度出現(xiàn)了比較大的差異。對照組的內(nèi)毒素濃度總體呈上升趨勢,而試驗組雖有略微差異,但幅度不大,呈平穩(wěn)趨勢。第20 d以后,試驗組與對照組之間內(nèi)毒素濃度差異顯著(P0.05)。綜合本實驗的各項研究結(jié)果,可以看出復(fù)方陳皮粉具有減輕或有效預(yù)防豬腹瀉等胃腸道疾病。復(fù)方陳皮粉的藥效作用改善了腸道微環(huán)境,維持或建立了新的動物腸道菌群平衡,使豬胃腸道菌群趨于更健康狀態(tài)。因此可認為復(fù)方陳皮粉的藥效作用可能是與改變、調(diào)節(jié)體內(nèi)的微生態(tài)系統(tǒng)以達到新的微生態(tài)平衡有關(guān)。
【關(guān)鍵詞】：復(fù)方陳皮粉 DGGE技術(shù) T-RFLP指紋圖譜技術(shù) 比較蛋白組學(xué) 腸道菌群平衡
【學(xué)位授予單位】：福建農(nóng)林大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：S828.5
【目錄】：

• 摘要7-9
• Abstract9-12
• 1 引言12-26
• 1.1 復(fù)方陳皮粉的研究進展12-14
• 1.1.1 陳皮12-13
• 1.1.2 石榴13
• 1.1.3 黃柏13-14
• 1.1.4 白頭翁14
• 1.2 動物胃腸道菌群研究進展14-17
• 1.2.1 動物胃腸道微生物正常菌群14-15
• 1.2.2 動物胃腸道微生物菌群的作用15-17
• 1.3 動物胃腸道菌群的分析方法研究進展17-25
• 1.3.1 基于宏基因組學(xué)方法17-21
• 1.3.2 基于宏蛋白質(zhì)組學(xué)方法21-23
• 1.3.3 基于細菌內(nèi)毒素的研究方法23-25
• 1.4 本項目研究目的和意義25-26
• 2 材料與方法26-40
• 2.1 材料26-28
• 2.1.1 藥材26
• 2.1.2 儀器26-27
• 2.1.3 試劑27
• 2.1.4 溶液的配制27-28
• 2.2 試驗方法28-40
• 2.2.1 試驗設(shè)計28-29
• 2.2.2 樣品采集29
• 2.2.3 腸道總DNA的提取29-30
• 2.2.4 DGGE分析方法的建立30-33
• 2.2.5 T-RFLP分析方法的建立33-35
• 2.2.6 蛋白質(zhì)提取35-36
• 2.2.7 蛋白質(zhì)組學(xué)研究方法的建立36-39
• 2.2.8 內(nèi)毒素含量檢測39-40
• 2.2.9 數(shù)據(jù)處理40
• 3 結(jié)果與分析40-55
• 3.1 復(fù)方陳皮粉對豬生長性能的影響40-41
• 3.2 細菌總DNA提取質(zhì)量41
• 3.3 細菌總DNA的16S rDNA V3區(qū)PCR檢測結(jié)果41-42
• 3.4 細菌總DNA的16S rDNA全長的PCR檢測結(jié)果42
• 3.5 DGGE指紋圖譜42-44
• 3.6 DGGE圖譜主要條帶的克隆測序44-46
• 3.7 Msp Ⅰ和HaeⅢ的T-RFLP圖譜46-47
• 3.8 細菌多樣性指數(shù)47
• 3.9 T-RFs片段比對結(jié)果47-51
• 3.10 蛋白質(zhì)濃度檢測結(jié)果51
• 3.11 SDS-PAGE電泳結(jié)果51-52
• 3.12 2-DE電泳結(jié)果52-53
• 3.13 質(zhì)譜檢測結(jié)果53
• 3.14 內(nèi)毒素濃度檢測結(jié)果53-55
• 4 討論55-63
• 4.1 試驗方法的討論55-59
• 4.1.1 糞便細菌DNA提取方法55-56
• 4.1.2 PCR-DGGE電泳方法56-57
• 4.1.3 T-RFLP方法57-58
• 4.1.4 蛋白質(zhì)樣品制備方法58
• 4.1.5 雙向電泳方法58
• 4.1.6 內(nèi)毒素檢測方法58-59
• 4.1.7 實驗設(shè)計方法59
• 4.2 試驗結(jié)果討論59-63
• 4.2.1 動物胃腸道菌群多樣性分析59-61
• 4.2.2 動物胃腸道中蛋白質(zhì)種類分析61
• 4.2.3 糞便中細菌內(nèi)毒素含量分析61-62
• 4.2.4 復(fù)方陳皮粉藥效分析62-63
• 5 結(jié)論63-65
• 參考文獻65-73
• 致謝73

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本文編號：273747