【摘要】：繁殖性狀是豬生產(chǎn)中重要的性狀之一,與養(yǎng)殖場的經(jīng)濟(jì)效益密切相關(guān)。雖然繁殖性狀容易測量,但其遺傳力小,采用傳統(tǒng)育種方法取得的遺傳進(jìn)展慢。深縣豬的繁殖性能較好且變異系數(shù)大,但影響其繁殖性狀的變異機(jī)理還未被研究。隨著SNP芯片的不斷研發(fā)和基因組計(jì)劃的發(fā)展,高密度SNP芯片被越來越多地用于畜牧研究中。因此本研究采用Illumina Porcine 80K SNP芯片對(duì)河北省的唯一地方豬種深縣豬的總產(chǎn)仔數(shù)、產(chǎn)活仔數(shù)、初生重、初生窩重、斷奶重、斷奶窩重和乳頭數(shù)等繁殖性狀進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析,以期篩選到顯著影響深縣豬繁殖性狀的SNPs位點(diǎn),豐富深縣豬的分子育種研究工作。選擇具有完整繁殖記錄的68頭純種深縣豬,采集血樣,利用Illumina Porcine 80K SNP芯片進(jìn)行基因分型,將表型數(shù)據(jù)和基因型數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控后,采用混合線性模型方法分析。為降低關(guān)聯(lián)結(jié)果的假陽性,需要對(duì)研究群體進(jìn)行群體分層校正,然后采用Bonferroni方法校正關(guān)聯(lián)結(jié)果的P值,并對(duì)所有顯著SNPs位點(diǎn)進(jìn)行單倍型分析。取得的結(jié)果如下:1、通過對(duì)深縣豬各繁殖性狀的描述性統(tǒng)計(jì),得出總產(chǎn)仔數(shù)、產(chǎn)活仔數(shù)、初生重、初生窩重、斷奶重、斷奶窩重和總?cè)轭^數(shù)的平均值分別為13.82頭、12.41頭、1.05kg、12.44kg、6.15kg、76.27kg和15.99個(gè),變異系數(shù)分別為25.33%、26.99%、20%、30.95%、20%、28.96%和7.44%。2、通過對(duì)各繁殖性狀的表型相關(guān)分析,得出產(chǎn)活仔數(shù)和總產(chǎn)仔數(shù)均與初生窩重和斷奶窩重的表型相關(guān)均達(dá)到了極顯著水平。3、質(zhì)控后共得到了61404個(gè)SNPs位點(diǎn),分布于每條染色體上。4、Bonferroni校正后的基因組極顯著水平P值為1.629E-07;基因組顯著水平P值為8.143E-07;染色體顯著水平P值為1.629E-05。5、經(jīng)過GWAS分析,共得到16個(gè)與深縣豬繁殖性狀顯著相關(guān)的SNP位點(diǎn),只有5個(gè)位點(diǎn)達(dá)到基因組顯著水平。與產(chǎn)活仔數(shù)、初生重、初生窩重、斷奶重和斷奶窩重顯著關(guān)聯(lián)的SNP位點(diǎn)個(gè)數(shù)分別為4、8、1、3和1。經(jīng)過單倍型和單倍型塊關(guān)聯(lián)分析發(fā)現(xiàn)WU_10.2_7_132006800、ASGA0083207、CADI0000162和ALGA0121558等SNP位點(diǎn)與繁殖性狀有關(guān)。6、通過Ensembl網(wǎng)站檢索,在這些位點(diǎn)附近發(fā)掘到了TSKU、LRRC32、B3GNT6和WNT等潛在候選基因,初步推斷這些基因是深縣豬繁殖性狀的候選基因。綜上所述,通過GWAS分析,定位到了與深縣豬繁殖性狀顯著相關(guān)的SNP位點(diǎn)及其潛在候選基因,為后續(xù)的分子功能驗(yàn)證提供基礎(chǔ)。
【學(xué)位授予單位】：河北農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2018
【分類號(hào)】：S828

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：2725392