發(fā)布時間：2020-06-22 07:22

【摘要】：繁殖性狀是豬生產中重要的性狀之一,與養(yǎng)殖場的經濟效益密切相關。雖然繁殖性狀容易測量,但其遺傳力小,采用傳統(tǒng)育種方法取得的遺傳進展慢。深縣豬的繁殖性能較好且變異系數大,但影響其繁殖性狀的變異機理還未被研究。隨著SNP芯片的不斷研發(fā)和基因組計劃的發(fā)展,高密度SNP芯片被越來越多地用于畜牧研究中。因此本研究采用Illumina Porcine 80K SNP芯片對河北省的唯一地方豬種深縣豬的總產仔數、產活仔數、初生重、初生窩重、斷奶重、斷奶窩重和乳頭數等繁殖性狀進行全基因組關聯分析,以期篩選到顯著影響深縣豬繁殖性狀的SNPs位點,豐富深縣豬的分子育種研究工作。選擇具有完整繁殖記錄的68頭純種深縣豬,采集血樣,利用Illumina Porcine 80K SNP芯片進行基因分型,將表型數據和基因型數據進行質控后,采用混合線性模型方法分析。為降低關聯結果的假陽性,需要對研究群體進行群體分層校正,然后采用Bonferroni方法校正關聯結果的P值,并對所有顯著SNPs位點進行單倍型分析。取得的結果如下:1、通過對深縣豬各繁殖性狀的描述性統(tǒng)計,得出總產仔數、產活仔數、初生重、初生窩重、斷奶重、斷奶窩重和總乳頭數的平均值分別為13.82頭、12.41頭、1.05kg、12.44kg、6.15kg、76.27kg和15.99個,變異系數分別為25.33%、26.99%、20%、30.95%、20%、28.96%和7.44%。2、通過對各繁殖性狀的表型相關分析,得出產活仔數和總產仔數均與初生窩重和斷奶窩重的表型相關均達到了極顯著水平。3、質控后共得到了61404個SNPs位點,分布于每條染色體上。4、Bonferroni校正后的基因組極顯著水平P值為1.629E-07;基因組顯著水平P值為8.143E-07;染色體顯著水平P值為1.629E-05。5、經過GWAS分析,共得到16個與深縣豬繁殖性狀顯著相關的SNP位點,只有5個位點達到基因組顯著水平。與產活仔數、初生重、初生窩重、斷奶重和斷奶窩重顯著關聯的SNP位點個數分別為4、8、1、3和1。經過單倍型和單倍型塊關聯分析發(fā)現WU_10.2_7_132006800、ASGA0083207、CADI0000162和ALGA0121558等SNP位點與繁殖性狀有關。6、通過Ensembl網站檢索,在這些位點附近發(fā)掘到了TSKU、LRRC32、B3GNT6和WNT等潛在候選基因,初步推斷這些基因是深縣豬繁殖性狀的候選基因。綜上所述,通過GWAS分析,定位到了與深縣豬繁殖性狀顯著相關的SNP位點及其潛在候選基因,為后續(xù)的分子功能驗證提供基礎。
【學位授予單位】：河北農業(yè)大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2018
【分類號】：S828

【參考文獻】

相關期刊論文 前10條

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本文編號：2725392