發(fā)布時(shí)間：2020-06-16 20:19

【摘要】：本課題組前期針對(duì)具有極端高低乳蛋白率、乳脂率的泌乳期荷斯坦牛乳腺上皮組織進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(RNA-Seq)研究,,鑒定到31個(gè)奶牛乳蛋白和乳脂性狀候選基因。本研究選擇其中4個(gè)功能基因(DDIT3、RPL23A、SESN2和NR4A1)作為研究對(duì)象,旨在分析其對(duì)中國(guó)荷斯坦牛產(chǎn)奶性狀的遺傳效應(yīng),并尋找潛在致因突變�；诒本┤G荷的中國(guó)荷斯坦母牛群體,選擇1093頭系譜完整、DHI記錄規(guī)范的母牛為試驗(yàn)群體,首先利用40頭荷斯坦公牛(1093頭母牛的父親)的基因組DNA,采用基因組DNA混池測(cè)序方法對(duì)上述4個(gè)候選基因的全部編碼區(qū)及上、下游調(diào)控區(qū)各3000 bp進(jìn)行分段PCR擴(kuò)增和測(cè)序。根據(jù)混池DNA測(cè)序結(jié)果,共發(fā)現(xiàn)38個(gè)突變位點(diǎn)(35個(gè)SNPs、3個(gè)indels),包括DDIT3基因3個(gè)、RPL23A基因12個(gè)、SESN2基因16個(gè)、NR4A1基因7個(gè),其中SESN2基因的2個(gè)突變g.125714860 AGCGGGGTGGGGG-和g.125714806 CCCCA為本研究新發(fā)現(xiàn)。進(jìn)一步通過(guò)飛行時(shí)間質(zhì)譜技術(shù)對(duì)1093頭母牛進(jìn)行個(gè)體基因型檢測(cè),單標(biāo)記關(guān)聯(lián)分析結(jié)果顯示:35個(gè)SNPs和3個(gè)indels均至少與一個(gè)產(chǎn)奶性狀關(guān)聯(lián)顯著(P≤0.0001～0.0493)。此外,通過(guò)連鎖不平衡分析,分別在DDIT3、SESN2和NR4A1基因中發(fā)現(xiàn)了 1、1、3和1個(gè)單倍型塊。關(guān)聯(lián)分析結(jié)果顯示:部分單倍型與產(chǎn)奶性狀關(guān)聯(lián)顯著(P≤0.0001～0.0461)。通過(guò)JASPAR在線軟件分別對(duì)DDIT3、RPL23A、SESN2和NR4A1基因的5'調(diào)控區(qū)突變位點(diǎn)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè),結(jié)果表明11個(gè)SNPs和3個(gè)indels位點(diǎn)分別改變了一些特異性轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(diǎn)(TFBSs),提示這些突變位點(diǎn)可能影響了基因的轉(zhuǎn)錄活性和表達(dá)水平。綜上所述,本研究進(jìn)一步驗(yàn)證了課題組前期RNA-seq研究鑒定的4個(gè)候選功能基因的遺傳效應(yīng),首次確定了DDIT3、R L23A、SESN2和NR4A1基因與中國(guó)荷斯坦牛產(chǎn)奶量和乳成分性狀顯著關(guān)聯(lián);DDIT3基因的2個(gè)突變位點(diǎn)(g.56283814 CT和g.56284880 CT)、RPL23A基因的1個(gè)位點(diǎn)(g.20702122CG)、SESN2基因的4個(gè)突變位點(diǎn)(g.125714723 AG、g.125714806 CCCCA、g.125716120 CT 和 g.125716884 AG)和NR4A1基因的1個(gè)突變位點(diǎn)(g.27992897 CT)可能改變了轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn),下一步將深入驗(yàn)證其調(diào)控功能。
【學(xué)位授予單位】：中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類號(hào)】：S823
【圖文】：

中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)博士學(xué)位論文邐第一章文獻(xiàn)綜述逡逑取核酸序列。其測(cè)序原理如圖１－１所示。逡逑Ｔ卜豪逡逑？ｆｆ？ｙ逡逑Ｉ邐｜逡逑Ｉ＿邐邐邐－邐Ｌ邐邐邐邐邐邐逡逑ＬＪｂｒａｒｖ邋Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ邐Ｊ｜｜邋ｃ？ｙ邐＾ｊＵｊｊ邋Ｓｅｑｗｅｎｃｍ＾逡逑，，，，１１１邋ｆｍａｇ＃邋Ａｃｑｕｉｓｉｔｉｏｎ邐＾｜｜｜邋Ｅａｓ＃邋Ｃａｌｌｉｎｇ逡逑圖１－１邋Ｉｌｌｕｍｉｎａ－Ｓｏｌｅｘａ測(cè)序原理圖逡逑Ｆｉｇｕｒｅ邋１－１邋ｔｈｅ邋ｆｌｏｗｃｈａｒｔ邋ｏｆ邋Ｉｌｌｕｍｉｎａ－Ｓｏｌｅｘａ邋ｐｌａｔｆｏｒｍ邋ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ逡逑具體操作過(guò)程如下：逡逑（１）

中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)博士學(xué)位論文邐第一章文獻(xiàn)綜述逡逑取核酸序列。其測(cè)序原理如圖１－１所示。逡逑Ｔ卜豪逡逑？ｆｆ？ｙ逡逑Ｉ邐｜逡逑Ｉ＿邐邐邐－邐Ｌ邐邐邐邐邐邐逡逑ＬＪｂｒａｒｖ邋Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ邐Ｊ｜｜邋ｃ？ｙ邐＾ｊＵｊｊ邋Ｓｅｑｗｅｎｃｍ＾逡逑，，，，１１１邋ｆｍａｇ＃邋Ａｃｑｕｉｓｉｔｉｏｎ邐＾｜｜｜邋Ｅａｓ＃邋Ｃａｌｌｉｎｇ逡逑圖１－１邋Ｉｌｌｕｍｉｎａ－Ｓｏｌｅｘａ測(cè)序原理圖逡逑Ｆｉｇｕｒｅ邋１－１邋ｔｈｅ邋ｆｌｏｗｃｈａｒｔ邋ｏｆ邋Ｉｌｌｕｍｉｎａ－Ｓｏｌｅｘａ邋ｐｌａｔｆｏｒｍ邋ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ逡逑具體操作過(guò)程如下：逡逑（１）

【參考文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前1條

1 王杰;原清會(huì);曾長(zhǎng)軍;張明;賴松家;;中國(guó)荷斯坦奶牛OPN基因內(nèi)含子4多態(tài)性及其與產(chǎn)奶性狀的相關(guān)分析[J];中國(guó)畜牧雜志;2010年15期

本文編號(hào)：2716527