【摘要】：本課題組前期針對具有極端高低乳蛋白率、乳脂率的泌乳期荷斯坦牛乳腺上皮組織進行了轉(zhuǎn)錄組測序(RNA-Seq)研究,,鑒定到31個奶牛乳蛋白和乳脂性狀候選基因。本研究選擇其中4個功能基因(DDIT3、RPL23A、SESN2和NR4A1)作為研究對象,旨在分析其對中國荷斯坦牛產(chǎn)奶性狀的遺傳效應(yīng),并尋找潛在致因突變�；诒本┤G荷的中國荷斯坦母牛群體,選擇1093頭系譜完整、DHI記錄規(guī)范的母牛為試驗群體,首先利用40頭荷斯坦公牛(1093頭母牛的父親)的基因組DNA,采用基因組DNA混池測序方法對上述4個候選基因的全部編碼區(qū)及上、下游調(diào)控區(qū)各3000 bp進行分段PCR擴增和測序。根據(jù)混池DNA測序結(jié)果,共發(fā)現(xiàn)38個突變位點(35個SNPs、3個indels),包括DDIT3基因3個、RPL23A基因12個、SESN2基因16個、NR4A1基因7個,其中SESN2基因的2個突變g.125714860 AGCGGGGTGGGGG-和g.125714806 CCCCA為本研究新發(fā)現(xiàn)。進一步通過飛行時間質(zhì)譜技術(shù)對1093頭母牛進行個體基因型檢測,單標記關(guān)聯(lián)分析結(jié)果顯示:35個SNPs和3個indels均至少與一個產(chǎn)奶性狀關(guān)聯(lián)顯著(P≤0.0001～0.0493)。此外,通過連鎖不平衡分析,分別在DDIT3、SESN2和NR4A1基因中發(fā)現(xiàn)了 1、1、3和1個單倍型塊。關(guān)聯(lián)分析結(jié)果顯示:部分單倍型與產(chǎn)奶性狀關(guān)聯(lián)顯著(P≤0.0001～0.0461)。通過JASPAR在線軟件分別對DDIT3、RPL23A、SESN2和NR4A1基因的5'調(diào)控區(qū)突變位點進行轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點預(yù)測,結(jié)果表明11個SNPs和3個indels位點分別改變了一些特異性轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(TFBSs),提示這些突變位點可能影響了基因的轉(zhuǎn)錄活性和表達水平。綜上所述,本研究進一步驗證了課題組前期RNA-seq研究鑒定的4個候選功能基因的遺傳效應(yīng),首次確定了DDIT3、R L23A、SESN2和NR4A1基因與中國荷斯坦牛產(chǎn)奶量和乳成分性狀顯著關(guān)聯(lián);DDIT3基因的2個突變位點(g.56283814 CT和g.56284880 CT)、RPL23A基因的1個位點(g.20702122CG)、SESN2基因的4個突變位點(g.125714723 AG、g.125714806 CCCCA、g.125716120 CT 和 g.125716884 AG)和NR4A1基因的1個突變位點(g.27992897 CT)可能改變了轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點,下一步將深入驗證其調(diào)控功能。
【學(xué)位授予單位】：中國農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類號】：S823
【圖文】：

中國農(nóng)業(yè)大學(xué)博士學(xué)位論文邐第一章文獻綜述逡逑取核酸序列。其測序原理如圖１－１所示。逡逑Ｔ卜豪逡逑？ｆｆ？ｙ逡逑Ｉ邐｜逡逑Ｉ＿邐邐邐－邐Ｌ邐邐邐邐邐邐逡逑ＬＪｂｒａｒｖ邋Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ邐Ｊ｜｜邋ｃ？ｙ邐＾ｊＵｊｊ邋Ｓｅｑｗｅｎｃｍ＾逡逑，，，，１１１邋ｆｍａｇ＃邋Ａｃｑｕｉｓｉｔｉｏｎ邐＾｜｜｜邋Ｅａｓ＃邋Ｃａｌｌｉｎｇ逡逑圖１－１邋Ｉｌｌｕｍｉｎａ－Ｓｏｌｅｘａ測序原理圖逡逑Ｆｉｇｕｒｅ邋１－１邋ｔｈｅ邋ｆｌｏｗｃｈａｒｔ邋ｏｆ邋Ｉｌｌｕｍｉｎａ－Ｓｏｌｅｘａ邋ｐｌａｔｆｏｒｍ邋ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ逡逑具體操作過程如下：逡逑（１）

中國農(nóng)業(yè)大學(xué)博士學(xué)位論文邐第一章文獻綜述逡逑取核酸序列。其測序原理如圖１－１所示。逡逑Ｔ卜豪逡逑？ｆｆ？ｙ逡逑Ｉ邐｜逡逑Ｉ＿邐邐邐－邐Ｌ邐邐邐邐邐邐逡逑ＬＪｂｒａｒｖ邋Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ邐Ｊ｜｜邋ｃ？ｙ邐＾ｊＵｊｊ邋Ｓｅｑｗｅｎｃｍ＾逡逑，，，，１１１邋ｆｍａｇ＃邋Ａｃｑｕｉｓｉｔｉｏｎ邐＾｜｜｜邋Ｅａｓ＃邋Ｃａｌｌｉｎｇ逡逑圖１－１邋Ｉｌｌｕｍｉｎａ－Ｓｏｌｅｘａ測序原理圖逡逑Ｆｉｇｕｒｅ邋１－１邋ｔｈｅ邋ｆｌｏｗｃｈａｒｔ邋ｏｆ邋Ｉｌｌｕｍｉｎａ－Ｓｏｌｅｘａ邋ｐｌａｔｆｏｒｍ邋ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ逡逑具體操作過程如下：逡逑（１）

【參考文獻】

相關(guān)期刊論文 前1條

1 王杰;原清會;曾長軍;張明;賴松家;;中國荷斯坦奶牛OPN基因內(nèi)含子4多態(tài)性及其與產(chǎn)奶性狀的相關(guān)分析[J];中國畜牧雜志;2010年15期

本文編號：2716527