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基于轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析的賴氨酸調(diào)控肉雞生長發(fā)育的分子機(jī)制

發(fā)布時間:2020-06-03 15:52
【摘要】:賴氨酸是肉雞等家禽玉米-玉米蛋白型基礎(chǔ)日糧中的第一限制性氨基酸,對家禽生長具有重要作用。本試驗研究日糧不同賴氨酸水平對肉雞生長性能、血清生化指標(biāo)、主要組織器官發(fā)育的影響,并且利用轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)探討影響生長發(fā)育的分子機(jī)制。試驗一日糧賴氨酸水平對肉雞生長性能、主要組織器官發(fā)育和血清生化指標(biāo)的影響選取720只1日齡AA肉仔雞雛隨機(jī)分為6組,每組6個重復(fù),每個重復(fù)20只雞。6個組分別飼喂賴氨酸水平為0.60%、0.80%、1.00%、1.20%、1.30%、1.40%的飼糧。試驗期3周。結(jié)果表明:(1)飼喂賴氨酸水平為1.00%和1.20%日糧的肉雞的平均日增重、日采食量及料重比顯著優(yōu)于其它組(P0.05)。(2)賴氨酸水平為1.00%的肉仔雞的胸肌率極顯著地大于低賴氨酸組(P0.01),但與高賴氨酸組無顯著差異(P0.05),且1.00%組的胸腺、肝臟等器官重量極顯著大于其它組(P0.01)。(3)賴氨酸水平對肉仔雞血清中的白蛋白、尿素氮、總膽固醇具有顯著影響(P0.05)。本試驗分別以日增重、料重比、胸肌率和胸腺指數(shù)為目標(biāo)性狀,通過二次模型估測得到1-21日齡AA肉雞日糧賴氨酸的適宜水平分別為:1.160%、1.106%、1.181%、1.126%,平均為1.14%。試驗二日糧賴氨酸缺乏或過量對肉雞肌肉發(fā)育及蛋白質(zhì)代謝相關(guān)基因表達(dá)的影響選取360只1日齡肉雞隨機(jī)分成3個處理,每個處理6個重復(fù),每個重復(fù)20只雞。分別飼喂賴氨酸水平為0.60%(LL)、1.00%(ML)、1.40%(HL)的日糧,以ML為對照組,LL和HL均為試驗組。試驗期3周。結(jié)果表明:(1)LL組平均日增重、胸肌重、腿肌重和胸肌率均極顯著地低于ML組(P0.01),腿肌率與ML組差異不顯著(P0.05)。(2)HL組胸肌重顯著低于ML組(P0.05),而平均日增重、腿肌重、胸肌率和腿肌率與ML組的差異不顯著(P0.05)。(3)與ML組相比,LL組極顯著地上調(diào)了Atrogin1、m-calpain、CathepsinB、S6K1基因的mRNA相對表達(dá)量(P0.01),極顯著地下調(diào)了m-TOR基因的mRNA相對表達(dá)量(P0.01),但對Eif4E影響不顯著(P0.05)。(4)HL組極顯著地上調(diào)了Atrogin1、m-calpain和S6K1基因的mRNA相對表達(dá)量(P0.01),但對CathepsinB、m-TOR和Eif4E無顯著影響(P0.05)。試驗三基于轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析的賴氨酸調(diào)控肉雞胸肌蛋白質(zhì)代謝及生長發(fā)育的分子機(jī)制選取240只1日齡AA肉仔雞隨機(jī)分成2組,每組6個重復(fù),每個重復(fù)20只雞。2個組分別飼喂賴氨酸含量為0.60%(BLD)和1.20%(BLA)日糧。試驗期3周。結(jié)果表明:(1)與BLA相比,BLD組極顯著降低肉雞的平均日增重、胸肌率(P0.01),且極顯著增加了料重比(P0.01)。(2)BLA和BLD共有顯著差異表達(dá)基因662個,其中有153個上調(diào)、509個下調(diào)。差異表達(dá)極顯著的基因有528個,其中有121個上調(diào)、407個下調(diào)。(3)KEGG和GO富集分析結(jié)果表明:BLD和BLA之間差異表達(dá)的基因主要富集在108條通路、225個GO條目中。核糖體通路富集的差異基因最多,差異基因多數(shù)存在于細(xì)胞內(nèi),發(fā)揮蛋白質(zhì)結(jié)合作用,參與轉(zhuǎn)錄、翻譯、蛋白水解過程,從而調(diào)控蛋白質(zhì)代謝過程,影響蛋白質(zhì)沉積,從表觀水平表現(xiàn)出肉雞胸肌發(fā)育的變化。試驗四賴氨酸對肉雞肝臟LncRNA和轉(zhuǎn)錄組基因差異表達(dá)的聯(lián)合影響選取240只1日齡AA肉仔雞隨機(jī)分成2組,每組6個重復(fù),每個重復(fù)20只雞。2個組分別飼喂賴氨酸含量為0.60%(LD)和1.20%(LA)日糧。試驗期3周。結(jié)果表明:(1)LD與LA相比,LD極顯著降低了肉雞平均日增重和胸肌率(P0.01),且有降低其腿肌率和肝臟指數(shù)的趨勢。(2)LD轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)與LA相比有顯著差異,有6110個mRNA顯著差異表達(dá),其中上調(diào)的有3286個,下調(diào)的有2823個。76個差異表達(dá)基因(38個已知的和28個新預(yù)測的)參與鞘脂代謝、脂肪酸降解等脂質(zhì)代謝過程。(3)LA、LD中顯著差異表達(dá)lncRNA共計393個(250個已知的和143個新預(yù)測的lncRNA)。通過lncRNA和mRNA聯(lián)合分析得出9個與脂質(zhì)代謝相關(guān)的mRNA有對應(yīng)調(diào)控的lncRNA。試驗結(jié)論:(1)日糧賴氨酸水平顯著影響肉雞ADG、ADFI、F/G、胸肌率、胸腺指數(shù)、白蛋白、尿素氮和總膽固醇等指標(biāo)。綜合分析得出:1-21日齡肉雞日糧賴氨酸水平最佳為1.14%。(2)肉雞日糧賴氨酸缺乏或過量均上調(diào)了蛋白質(zhì)水解基因的表達(dá)水平,促進(jìn)了蛋白水解作用。蛋白質(zhì)降解加快導(dǎo)致肌肉組織蛋白沉積速率減慢,蛋白質(zhì)沉積減少,影響了肉雞肌肉發(fā)育。(3)肉雞日糧中賴氨酸缺乏時,通過調(diào)控和肌肉蛋白質(zhì)代謝相關(guān)基因的表達(dá)和骨骼肌發(fā)育進(jìn)程,從而影響肉雞的生長發(fā)育。(4)賴氨酸缺乏(LD)與賴氨酸足量(LA)組肉雞肝臟組織差異表達(dá)mRNA參與鞘脂代謝、脂肪酸降解等脂質(zhì)代謝過程,且LA與LD存在差異表達(dá)的lncRNA。部分lncRNA通過靶向調(diào)控mRNA間接調(diào)控肝臟脂質(zhì)代謝過程。
【圖文】:

賴氨酸,蛋白質(zhì)代謝,肉雞,胸肌


LL ML G 8.57±0.409** 23.31±1.710 20 5.68±1.184** 11.99±1.333 11 10.99±0.963 11.55±1.370 12L 相比,*與**分別表示差異顯著(P<0.05)和差異極顯著(P<0.0with control group ML,* and ** represent significant difference(P<0.ence(P<0.01)respectively.酸水平對肉雞肌肉組織蛋白質(zhì)代謝相關(guān)基因表達(dá)的影響 所示,與賴氨酸適量(ML)組相比,賴氨酸缺乏(LL)組m-calpain(CAPN2)、CathepsinB(CTSB)、S6K1 基因的1),極顯著地下調(diào)了 m-TOR 基因的 mRNA 相對表達(dá)量(量影響不顯著(P>0.05);高水平賴氨酸(HL)組極顯著地上6K1 基因的 mRNA 相對表達(dá)量(P<0.01),但對 Catheps顯著影響(P>0.05)。**

熱圖,差異表達(dá)基因,基因表達(dá)水平,顏色表


圖 4-1 BLA、BLD 差異基因表達(dá)熱圖ig.4-1 Differential gene expression heat map of between BLA and B,縱坐標(biāo)為基因,不同的顏色表示不同的基因表達(dá)水平,顏色log10(FPKM))從低到高。紅色表示高表達(dá)基因,,深藍(lán)色表示a is samples and the ordinate is genes. Different colors indicate diffe red, the color indicates the amount of expression (log10 (FPKM)) fhly expressed gene and dark blue indicates a low expressed gene.基因的 qPCR 驗證R 對差異表達(dá)基因 GATM,PHGDH,CHAC1,GNA12,ASPA 相比,GNA12、ASPA、HPD、MME 表達(dá)量上調(diào),CH調(diào)。圖 4-2 為驗證基因的定量結(jié)果,驗證結(jié)果與測序結(jié)。
【學(xué)位授予單位】:西北農(nóng)林科技大學(xué)
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2018
【分類號】:S831.5

【引證文獻(xiàn)】

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1 劉飛;粉棒束孢的主要生物學(xué)特性及其響應(yīng)海拔高度變化的組學(xué)分析[D];中國農(nóng)業(yè)大學(xué);2018年



本文編號:2695052

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