【摘要】：本文對6頭香豬的重測序數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,獲得8個(gè)結(jié)構(gòu)變異位點(diǎn),位于8號染色體上,與繁殖相關(guān)QTL相重疊。為了明確這些結(jié)構(gòu)變異是否具有品種特異性分布,和對基因功能的影響,本文采用PCR方法,研究香豬群體中SV的分布頻率,并與黔北黑豬、柯樂豬、江口蘿卜豬和大白豬進(jìn)行比較,獲得結(jié)果如下:1.PCR驗(yàn)證結(jié)果顯示此8個(gè)SV真實(shí)存在。2.結(jié)構(gòu)變異DKK2-I_1-sv91(91 bp)位于DKK2基因內(nèi)含子1中,處于的繁殖相關(guān)QTL為乳頭數(shù)和黃體數(shù)。在香豬高、低產(chǎn)群體中DKK2-I_1-sv91的分布沒有顯著差異,且香豬第2胎DI型比II型每胎多產(chǎn)仔0.86頭(P0.01),且雜合型DI卵巢總mRNA中檢測出2種轉(zhuǎn)錄本,顯示插入對DKK2基因的初始轉(zhuǎn)錄本無影響。5個(gè)豬種分型結(jié)果顯示大白豬中不存在DD型,且4個(gè)地方豬種的D等位基因均顯著高于大白豬(P0.01)。q-PCR結(jié)果顯示插入型的相對表達(dá)量高于缺失型,推測DKK2-I_1-sv91位點(diǎn)的插入可能會有利于基因的表達(dá)。3.結(jié)構(gòu)變異FSTL5-I_2-sv477(477 bp)位于FSTL5基因內(nèi)含子2中,分析發(fā)現(xiàn)位于乳頭數(shù)和子宮容量QTL中。香豬高產(chǎn)群體中II型比例顯著高于低產(chǎn)群體(P0.05),且第3胎中DI型比II型平均每胎多產(chǎn)0.97頭(P0.01)。5個(gè)豬種分型結(jié)果顯示黔北黑豬與大白豬以DD型為主,顯著高于另外3個(gè)豬種。3種基因型變異位點(diǎn)鄰近外顯子擴(kuò)增結(jié)果顯示無差異,但在外顯子3中發(fā)現(xiàn)存在3個(gè)堿基的插入。4.結(jié)構(gòu)變異LCORL-I_4-sv426(426 bp)位于LCORL基因內(nèi)含子4中,定位于黃體數(shù)性狀QTL上。LCORL-I_4-sv426在香豬高、低產(chǎn)群體中均存在3種基因型,且分布沒有顯著差異。香豬雜合型睪丸組織中,只檢測出缺失型的轉(zhuǎn)錄本,表明它的變異可能影響基因的轉(zhuǎn)錄。5個(gè)豬種中大白豬的I等位基因型最高,顯著高于4個(gè)地方豬種。q-PCR結(jié)果顯示DD型比II型的相對表達(dá)量低(P0.01),推測DKK2-I_1-sv91位點(diǎn)的缺失可能不有利于基因的表達(dá)。5.結(jié)構(gòu)變異STPG2-I_6-sv295和STPG2-I_6-sv274均位于STPG2基因內(nèi)含子6中,變異長度分別為295 bp和274 bp,2個(gè)位點(diǎn)都位于初情期日齡QTL中。STPG2-I_6-sv295在香豬高、低產(chǎn)群體中都檢測出3種基因型,且分布無差異。對香豬雜合型樣本進(jìn)行差異表達(dá)分析發(fā)現(xiàn),STPG2-I_6-sv295在睪丸組織中優(yōu)先轉(zhuǎn)錄缺失型等位基因,表明它的缺失可能有利于基因的轉(zhuǎn)錄。5個(gè)豬種分型結(jié)果顯示大白豬中不存在DD型,其I等位基因頻率顯著高于其余4個(gè)地方豬種(P0.01)。STPG2-I_6-sv274位點(diǎn)在香豬高產(chǎn)群體中沒有檢測出II型,高產(chǎn)群體的D等位基因頻率顯著高于低產(chǎn)群體(P0.05)。STPG2-I_6-sv274位點(diǎn)在5個(gè)豬種中分型結(jié)果顯示大白豬的I等位基因也顯著高于其余4個(gè)豬品種(P0.01)。6.結(jié)構(gòu)變異MAN2B2-I_3-sv100(100 bp)位于MAN2B2基因內(nèi)含子3中,處于每窩產(chǎn)仔數(shù)、黃體數(shù)和非功能性乳頭數(shù)等性狀的QTL區(qū)域。MAN2B2-I_3-sv100在香豬高、低產(chǎn)群體中檢測出3種基因型,相關(guān)性分析發(fā)現(xiàn)在第2胎中,MAN2B2-I_3-sv100的基因型與對應(yīng)產(chǎn)仔數(shù)之間存在極弱相關(guān)(0ρ0.2),并且缺失對DI型個(gè)體轉(zhuǎn)錄本選擇表達(dá)無影響。7.結(jié)構(gòu)變異NELFA-I_1-sv40(40 bp)位于NELFA基因內(nèi)含子1中,其區(qū)間中繁殖相關(guān)QTL為黃體數(shù)和產(chǎn)活仔數(shù)性狀。分型結(jié)果顯示在香豬高、低產(chǎn)中不存在顯著差異,在第3胎中發(fā)現(xiàn)DD型比II型每胎少0.95頭仔豬(P0.01),且發(fā)現(xiàn)在第3胎中,NELFA-I_1-sv40的基因型與對應(yīng)產(chǎn)仔數(shù)之間存在弱相關(guān)(0.2ρ0.5)。大白豬的I等位基因頻率顯著高于香豬的I等位基因頻率,推測I等位基因可能是豬產(chǎn)仔數(shù)性狀的優(yōu)勢等位基因。8.結(jié)構(gòu)變異NSUN7-I_1-sv283(283 bp)位于NSUN7基因內(nèi)含子1中,區(qū)間內(nèi)存在黃體數(shù)、乳頭數(shù)和初情期日齡等繁殖相關(guān)QTL。香豬高、低產(chǎn)群體中NSUN7-I_1-sv283位點(diǎn)3種基因型均存在且分布差異不顯著。大白豬和黔北黑豬的I等位基因均顯著高于香豬和柯樂豬(P0.01)。綜上所述,DKK2-I_1-sv91、LCORL-I_4-sv426、STPG2-I_6-sv295和STPG2-I_6-sv274均可作為鑒別大白豬和香豬等地方豬種的分子標(biāo)記位點(diǎn)。DKK2-I_1-sv91和LCORL-I_4-sv426位點(diǎn)的插入/缺失會影響到基因的表達(dá),因此可作為香豬分子選育的候選位點(diǎn)。MAN2B2-I_3-sv100和NELFA-I_1-sv40位點(diǎn)在香豬中的多態(tài)性與產(chǎn)仔數(shù)之間有相關(guān)性,可作為基因遺傳標(biāo)記位點(diǎn),為豬選育提供參考。
【圖文】：

2018 貴州大學(xué)碩士畢業(yè)論文第三章 結(jié)果與分析 DNA 和 RNA 提取檢測提取 5 個(gè)豬品種的血液/組織樣本 DNA，0.7%的瓊脂糖電泳檢測（顯示，提取的基因組基本保持完整，可用于后續(xù)試驗(yàn)。提取睪丸RNA，將 RNA 進(jìn)行變性膠電泳檢測（圖 3.2）。結(jié)果顯示，提取的18 S rRNA 條帶清晰，5 S rRNA 條帶不明顯，RNA 質(zhì)量較為完整，cDNA 用于后續(xù)試驗(yàn)。

2018 貴州大學(xué)碩士畢業(yè)論文第三章 結(jié)果與分析 DNA 和 RNA 提取檢測提取 5 個(gè)豬品種的血液/組織樣本 DNA，0.7%的瓊脂糖電泳檢測（顯示，提取的基因組基本保持完整，可用于后續(xù)試驗(yàn)。提取睪丸RNA，將 RNA 進(jìn)行變性膠電泳檢測（圖 3.2）。結(jié)果顯示，，提取的18 S rRNA 條帶清晰，5 S rRNA 條帶不明顯，RNA 質(zhì)量較為完整，cDNA 用于后續(xù)試驗(yàn)。
【學(xué)位授予單位】：貴州大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2018
【分類號】：S828

【參考文獻(xiàn)】

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1 黃俐曄;;中國養(yǎng)豬業(yè)現(xiàn)狀、問題與趨勢[J];廣東農(nóng)業(yè)科學(xué);2015年16期

2 王文亮;楊茂林;楊昌平;劉若余;;江口蘿卜豬的保護(hù)和開發(fā)利用[J];當(dāng)代畜牧;2015年18期

3 冉隆權(quán);吳高奇;毛同輝;李華磊;孟華;戴友權(quán);;江口蘿卜豬的發(fā)展對策[J];養(yǎng)殖與飼料;2015年06期

4 向程舉;張玉龍;王幫榮;劉若余;楊永強(qiáng);吳恒;;可樂豬繁殖性能及影響因素研究[J];湖北農(nóng)業(yè)科學(xué);2015年09期

5 楊茂林;王文亮;楊昌平;;江口蘿卜豬繁殖特性研究[J];中國豬業(yè);2014年11期

6 李慶崗;王志秀;張博;劉林清;張浩;陶立;;FSHβ、ESR和PRLR基因多態(tài)性與淮豬新品系產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)性分析[J];養(yǎng)豬;2014年01期

7 陳卓;張杰;楊光;陳曉虹;;短散在元件的篩選方法及其在鯨類和爬行類系統(tǒng)發(fā)育與進(jìn)化研究中的應(yīng)用[J];四川動物;2014年01期

8 張曉可;羅治華;劉鏡;焦仁剛;;黔北黑豬的遺傳資源特點(diǎn)及開發(fā)利用[J];黑龍江動物繁殖;2013年06期

9 楊茂林;孟華;;江口蘿卜豬的擴(kuò)繁與飼養(yǎng)[J];當(dāng)代畜牧;2013年26期

10 王振華;;中國從養(yǎng)豬大國走向養(yǎng)豬強(qiáng)國的探索之路[J];養(yǎng)殖與飼料;2013年07期

本文編號：2693900