【摘要】：內(nèi)蒙古絨山羊是一種非常寶貴的種質(zhì)遺傳資源,具有極高的經(jīng)濟(jì)價(jià)值,而毛囊的生長(zhǎng)發(fā)育對(duì)絨毛的產(chǎn)量和品質(zhì)有重要影響。本研究采用Illumina Hiseq2000對(duì)絨山羊毛囊生長(zhǎng)周期中4個(gè)時(shí)期的皮膚樣品進(jìn)行RNA-Seq測(cè)序,得到大量可信的SNP數(shù)據(jù)。并挑選了與毛囊生長(zhǎng)發(fā)育相關(guān)基因的SNP位點(diǎn),對(duì)384只內(nèi)蒙古絨山羊進(jìn)行基因分型,將分型結(jié)果與個(gè)體絨毛性狀數(shù)據(jù)進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析,發(fā)掘與絨毛性狀相關(guān)的分子標(biāo)記。主要結(jié)果如下:(1)本研究采用illumina雙端測(cè)序,對(duì)4個(gè)時(shí)期絨山羊皮膚轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測(cè)序,共獲得19G數(shù)據(jù),平均每個(gè)樣品4.7G,SNP總數(shù)為56231,存在于10057個(gè)基因上,含有1個(gè)SNP的基因最多,含小于10個(gè)SNP的基因占全部表達(dá)基因的93.6%;讀數(shù)深度在10×到50×之間的SNP占SNP總數(shù)的57.2%;平均最小等位基因頻率為0.18;(2)對(duì)含有SNP的基因進(jìn)行生物信息學(xué)分析,結(jié)果顯示,9392個(gè)含有SNP的基因被GO term注釋,從生物過(guò)程(Biological Process),分子功能(Molecular Function)和細(xì)胞組分(Cellular Component)三個(gè)方面闡述了基因的表達(dá)特征;2381個(gè)基因注釋到304條KEGG信號(hào)/代謝通路上,其中包括已報(bào)道的和毛囊生長(zhǎng)發(fā)育相關(guān)的Wnt,TGF-beta和NF-κB信號(hào)通路,表達(dá)量較高的前200個(gè)基因主要在PI3K-Akt等10個(gè)信號(hào)通路中富集;(3)Sanger測(cè)序驗(yàn)證RNA-seq檢出SNP的準(zhǔn)確性達(dá)64%;(4)篩選46個(gè)含SNP的候選基因,設(shè)計(jì)引物,進(jìn)行目的片段擴(kuò)增,運(yùn)用MassARRAY Sequenom質(zhì)譜法檢測(cè)SNP,對(duì)384個(gè)有表型數(shù)據(jù)記錄的內(nèi)蒙古絨山羊個(gè)體進(jìn)行SNP分型,并將分型結(jié)果與個(gè)體表型數(shù)據(jù)進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析。結(jié)果表明,TGFβ-2在-19657723(T/C)堿基突變對(duì)毛長(zhǎng)度性狀有顯著影響,KRT4在-26375016(C/A)堿基突變對(duì)絨細(xì)度和絨長(zhǎng)度性狀有顯著影響。其他基因突變位點(diǎn)與毛長(zhǎng)、絨細(xì)、產(chǎn)絨量等性狀影響差異都不顯著。
【圖文】：

圖 1 皮膚總 RNA 瓊脂糖電泳檢測(cè)圖Detection of skin total RNA agarose electropho絨山羊皮膚共獲得 19G 數(shù)據(jù)，平均例在 77-89%。Clean reads 是剔除序列的有效長(zhǎng)度為 98nt。說(shuō)明低格。測(cè)序結(jié)果表明，77%-82%的 91%到 93%的單一比對(duì)序列包含果被列于表 5 中，相對(duì)應(yīng)測(cè)序時(shí)堿表 5 各月份樣品數(shù)據(jù)質(zhì)控結(jié)果ty control results and the high-quality clean read data Clean reads Total

圖 2 SNP 在基因中的分布o(jì)rphism occurrence over coding sequence, intron, and intergen1 公認(rèn)的單核苷酸多態(tài)性，35763 個(gè) SNP（63SNP（8.2％）存在于內(nèi)含子中。表 6 SNPs 分類Table.6 Classification of putative SNPsNum_putativ9,5432,90435,764,6113,41056,23 polymorphisms
【學(xué)位授予單位】：內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2018
【分類號(hào)】：S827

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：2692747