發(fā)布時間：2020-06-02 06:26

【摘要】：內(nèi)蒙古絨山羊是一種非常寶貴的種質(zhì)遺傳資源,具有極高的經(jīng)濟價值,而毛囊的生長發(fā)育對絨毛的產(chǎn)量和品質(zhì)有重要影響。本研究采用Illumina Hiseq2000對絨山羊毛囊生長周期中4個時期的皮膚樣品進行RNA-Seq測序,得到大量可信的SNP數(shù)據(jù)。并挑選了與毛囊生長發(fā)育相關(guān)基因的SNP位點,對384只內(nèi)蒙古絨山羊進行基因分型,將分型結(jié)果與個體絨毛性狀數(shù)據(jù)進行關(guān)聯(lián)分析,發(fā)掘與絨毛性狀相關(guān)的分子標記。主要結(jié)果如下:(1)本研究采用illumina雙端測序,對4個時期絨山羊皮膚轉(zhuǎn)錄組進行測序,共獲得19G數(shù)據(jù),平均每個樣品4.7G,SNP總數(shù)為56231,存在于10057個基因上,含有1個SNP的基因最多,含小于10個SNP的基因占全部表達基因的93.6%;讀數(shù)深度在10×到50×之間的SNP占SNP總數(shù)的57.2%;平均最小等位基因頻率為0.18;(2)對含有SNP的基因進行生物信息學分析,結(jié)果顯示,9392個含有SNP的基因被GO term注釋,從生物過程(Biological Process),分子功能(Molecular Function)和細胞組分(Cellular Component)三個方面闡述了基因的表達特征;2381個基因注釋到304條KEGG信號/代謝通路上,其中包括已報道的和毛囊生長發(fā)育相關(guān)的Wnt,TGF-beta和NF-κB信號通路,表達量較高的前200個基因主要在PI3K-Akt等10個信號通路中富集;(3)Sanger測序驗證RNA-seq檢出SNP的準確性達64%;(4)篩選46個含SNP的候選基因,設(shè)計引物,進行目的片段擴增,運用MassARRAY Sequenom質(zhì)譜法檢測SNP,對384個有表型數(shù)據(jù)記錄的內(nèi)蒙古絨山羊個體進行SNP分型,并將分型結(jié)果與個體表型數(shù)據(jù)進行關(guān)聯(lián)分析。結(jié)果表明,TGFβ-2在-19657723(T/C)堿基突變對毛長度性狀有顯著影響,KRT4在-26375016(C/A)堿基突變對絨細度和絨長度性狀有顯著影響。其他基因突變位點與毛長、絨細、產(chǎn)絨量等性狀影響差異都不顯著。
【圖文】：

圖 1 皮膚總 RNA 瓊脂糖電泳檢測圖Detection of skin total RNA agarose electropho絨山羊皮膚共獲得 19G 數(shù)據(jù)，平均例在 77-89%。Clean reads 是剔除序列的有效長度為 98nt。說明低格。測序結(jié)果表明，77%-82%的 91%到 93%的單一比對序列包含果被列于表 5 中，相對應(yīng)測序時堿表 5 各月份樣品數(shù)據(jù)質(zhì)控結(jié)果ty control results and the high-quality clean read data Clean reads Total

圖 2 SNP 在基因中的分布orphism occurrence over coding sequence, intron, and intergen1 公認的單核苷酸多態(tài)性，35763 個 SNP（63SNP（8.2％）存在于內(nèi)含子中。表 6 SNPs 分類Table.6 Classification of putative SNPsNum_putativ9,5432,90435,764,6113,41056,23 polymorphisms
【學位授予單位】：內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2018
【分類號】：S827

【參考文獻】

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本文編號：2692747