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一株賽鴿源基因Ⅵk亞型新城疫病毒的分離鑒定及其全基因組分析

發(fā)布時間:2020-05-26 05:01
【摘要】:新城疫是由新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)引起并導(dǎo)致禽類高死亡率的一種烈性傳染性疾病,該病毒可引起包括鴿子在內(nèi)的多種禽類或鳥類發(fā)病。鴿源新城疫病毒又被稱為鴿副黏病毒Ⅰ型,其基因組為單股負鏈、無節(jié)段RNA,共編碼6個結(jié)構(gòu)蛋白和2個非結(jié)構(gòu)蛋白,結(jié)構(gòu)基因在基因組中排列為3’-NP-P-M-F-HN-L-5’,病毒基因組長度遵循“六堿基原則”。根據(jù)對雞的致病性可以將新城疫病毒分為強毒力毒株、中等毒力毒株和弱毒力毒株3種,鴿源新城疫病毒通常對鴿子的致病性較強,主要引起鴿子出現(xiàn)典型的神經(jīng)癥狀。根據(jù)基因組大小和遺傳進化分析可以將新城疫病毒分為ClassⅠ和ClassⅡ兩大類,ClassⅠ分支包括基因1~9型,ClassⅡ分支包括基因Ⅰ~ⅩⅧ型,而鴿源新城疫病毒通常屬于ClassⅡ基因Ⅵ型。本研究采集陜西省西安市某賽鴿公棚疑似感染新城疫賽鴿的肝臟、脾臟、腎臟和腦等組織病料,使用9日齡SPF雞胚分離病毒,并運用HA、HI試驗驗證,確定分離病毒為新城疫病毒,并命名為NDV/pigeon/China/Shaanxi-06/2018。運用RT-PCR技術(shù)擴增NDV/pigeon/China/Shaanxi-06/2018分離株F基因,經(jīng)測序驗證后進行遺傳進化分析,結(jié)果顯示該分離株屬于ClassⅡ基因Ⅵk亞型NDV毒株。F基因同源性分析結(jié)果顯示NDV/pigeon/China/Shaanxi-06/2018分離株與上海株P(guān)igeon/Shanghai/215/2011、Pi/China/SH/2013/163和Pi/China/SH/2013/168核苷酸同源性最高,與山東株P(guān)igeon/China/SD069/2012、比利時株P(guān)PMV-1/Belgium/11-09620/2011氨基酸同源性最高。測定該分離株致病指數(shù)MDT(110 h)和ICPI(0.31),根據(jù)OIE規(guī)定的毒力判定標(biāo)準(zhǔn)顯示該毒株為弱毒力毒株。然而,該毒株F蛋白裂解位點的氨基酸序列為~(112)R-R-Q-K-R-F~(117),符合OIE規(guī)定的NDV強毒株的分子生物學(xué)判定標(biāo)準(zhǔn)。以Pigeon/Shanghai/215/2011株的全基因組核苷酸序列為參考,設(shè)計6對互有重疊并包含整個NDV全基因組的引物,運用RT-PCR、分子克隆、測序和序列拼接等方法,獲得NDV/pigeon/China/Shaanxi-06/2018分離株全基因組序列,全長為15192 nt。與32株NDV參考毒株進行基于全基因組水平的遺傳進化和同源性分析,結(jié)果顯示NDV/pigeon/China/Shaanxi-06/2018分離株與上海株P(guān)igeon/Shanghai/215/2011、山東株P(guān)igeon/China/SDLC/2011、云南株P(guān)igeon/Yunnan/1111/2013和安徽株P(guān)igeon/Anhui/2369/2012親緣關(guān)系較近,而與疫苗株、基因Ⅶ型毒株以及ClassⅠ毒株親緣關(guān)系較遠。各結(jié)構(gòu)基因的遺傳進化關(guān)系和同源性數(shù)據(jù)分析結(jié)果同全基因組分析結(jié)果相同。NDV/pigeon/China/Shaanxi-06/2018分離株全基因組序列的分析將為鴿源NDV的遺傳演化情況提供理論依據(jù),此外,基因Ⅵk亞型新城疫病毒流傳范圍的擴大提示有必要對鴿子進行密切關(guān)注并開展鴿新城疫流行病學(xué)調(diào)查。
【學(xué)位授予單位】:西北農(nóng)林科技大學(xué)
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2019
【分類號】:S852.65

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