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一株賽鴿源基因Ⅵk亞型新城疫病毒的分離鑒定及其全基因組分析

發(fā)布時間:2020-05-26 05:01
【摘要】:新城疫是由新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)引起并導致禽類高死亡率的一種烈性傳染性疾病,該病毒可引起包括鴿子在內的多種禽類或鳥類發(fā)病。鴿源新城疫病毒又被稱為鴿副黏病毒Ⅰ型,其基因組為單股負鏈、無節(jié)段RNA,共編碼6個結構蛋白和2個非結構蛋白,結構基因在基因組中排列為3’-NP-P-M-F-HN-L-5’,病毒基因組長度遵循“六堿基原則”。根據對雞的致病性可以將新城疫病毒分為強毒力毒株、中等毒力毒株和弱毒力毒株3種,鴿源新城疫病毒通常對鴿子的致病性較強,主要引起鴿子出現典型的神經癥狀。根據基因組大小和遺傳進化分析可以將新城疫病毒分為ClassⅠ和ClassⅡ兩大類,ClassⅠ分支包括基因1~9型,ClassⅡ分支包括基因Ⅰ~ⅩⅧ型,而鴿源新城疫病毒通常屬于ClassⅡ基因Ⅵ型。本研究采集陜西省西安市某賽鴿公棚疑似感染新城疫賽鴿的肝臟、脾臟、腎臟和腦等組織病料,使用9日齡SPF雞胚分離病毒,并運用HA、HI試驗驗證,確定分離病毒為新城疫病毒,并命名為NDV/pigeon/China/Shaanxi-06/2018。運用RT-PCR技術擴增NDV/pigeon/China/Shaanxi-06/2018分離株F基因,經測序驗證后進行遺傳進化分析,結果顯示該分離株屬于ClassⅡ基因Ⅵk亞型NDV毒株。F基因同源性分析結果顯示NDV/pigeon/China/Shaanxi-06/2018分離株與上海株Pigeon/Shanghai/215/2011、Pi/China/SH/2013/163和Pi/China/SH/2013/168核苷酸同源性最高,與山東株Pigeon/China/SD069/2012、比利時株PPMV-1/Belgium/11-09620/2011氨基酸同源性最高。測定該分離株致病指數MDT(110 h)和ICPI(0.31),根據OIE規(guī)定的毒力判定標準顯示該毒株為弱毒力毒株。然而,該毒株F蛋白裂解位點的氨基酸序列為~(112)R-R-Q-K-R-F~(117),符合OIE規(guī)定的NDV強毒株的分子生物學判定標準。以Pigeon/Shanghai/215/2011株的全基因組核苷酸序列為參考,設計6對互有重疊并包含整個NDV全基因組的引物,運用RT-PCR、分子克隆、測序和序列拼接等方法,獲得NDV/pigeon/China/Shaanxi-06/2018分離株全基因組序列,全長為15192 nt。與32株NDV參考毒株進行基于全基因組水平的遺傳進化和同源性分析,結果顯示NDV/pigeon/China/Shaanxi-06/2018分離株與上海株Pigeon/Shanghai/215/2011、山東株Pigeon/China/SDLC/2011、云南株Pigeon/Yunnan/1111/2013和安徽株Pigeon/Anhui/2369/2012親緣關系較近,而與疫苗株、基因Ⅶ型毒株以及ClassⅠ毒株親緣關系較遠。各結構基因的遺傳進化關系和同源性數據分析結果同全基因組分析結果相同。NDV/pigeon/China/Shaanxi-06/2018分離株全基因組序列的分析將為鴿源NDV的遺傳演化情況提供理論依據,此外,基因Ⅵk亞型新城疫病毒流傳范圍的擴大提示有必要對鴿子進行密切關注并開展鴿新城疫流行病學調查。
【學位授予單位】:西北農林科技大學
【學位級別】:碩士
【學位授予年份】:2019
【分類號】:S852.65

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