【摘要】：德州驢作為我國大型兼用品種,具有較好的肉用潛能,但缺乏相關(guān)分子遺傳育種基礎(chǔ)性研究。因此,選用與動物生長發(fā)育相關(guān)的NCAPG、DCAF16、FAM184B和TBX3作為候選基因挖掘與德州驢生長性狀相關(guān)的分子標(biāo)記,對于開展驢分子標(biāo)記輔助選擇育種研究具有重要的借鑒以及指導(dǎo)意義。本研究以227頭德州驢為研究對象,利用DNA混池測序檢測這4個基因的單核苷酸多態(tài)性;利用飛行時間質(zhì)譜分型技術(shù)對混池測序發(fā)現(xiàn)的SNPs進(jìn)行基因分型;通過分型統(tǒng)計(jì)結(jié)果檢測Hardy-Weinberg平衡(HWE)并計(jì)算群體遺傳指數(shù),利用Haploview 4.2軟件,根據(jù)SNP的位置和基因型信息進(jìn)行連鎖不平衡和單倍型分析;利用SPSS 24.0軟件一般線性模型分析基因多態(tài)性與德州驢初生、3月齡、6月齡生長性狀的關(guān)聯(lián)效應(yīng)。結(jié)果如下:(1)混池測序NCAPG基因第9內(nèi)含子上發(fā)生T→C的轉(zhuǎn)換(rs1),第11內(nèi)含子發(fā)生A→G的轉(zhuǎn)換(rs2),第19內(nèi)含子上發(fā)現(xiàn)一個C→G的突變(rs4),第8內(nèi)含子上存在C→G單堿基突變(rs5);DCAF16基因第2外顯子的一段重復(fù)序列存在A→G的突變(rs008);FAM184B基因第7內(nèi)含子上發(fā)現(xiàn)一個A→C單堿基突變(rs46),第18外顯子發(fā)現(xiàn)G→A的突變(rs031);在TBX3基因中,rs7位點(diǎn)位于基因上游的調(diào)控區(qū),發(fā)現(xiàn)一個G→A的突變,第二內(nèi)含子發(fā)現(xiàn)一個A→G突變(rs8)。(2)基因多態(tài)性與德州驢生長性狀關(guān)聯(lián)分析rs1位點(diǎn)基因型為CC的德州驢個體初生階段的平均尻長比CT基因型顯著提高了1.03 cm(P0.05);德州驢6月齡時TT基因型的個體與CC基因型相比,平均胸寬相差1.51 cm,達(dá)到了極顯著水平(P0.01),TT、CT基因型個體的平均管圍均顯著高于CC個體(P0.05)。rs4位點(diǎn)的關(guān)聯(lián)分析揭示了初生階段GG基因型個體的平均胸深顯著高于GC基因型(P0.05);6月齡階段CC基因型個體平均胸寬、管圍顯著高于GG基因型(P0.05)。rs008位點(diǎn)關(guān)聯(lián)分析結(jié)果表明:德州驢3月齡時,AA基因型個體的平均體重比GG基因型顯著提高了5.33 kg,體高顯著提高了2.46 cm,尻高差異同樣達(dá)到了顯著水平,相差1.99 cm(P0.05);德州驢rs008位點(diǎn)GA基因型的平均體重比GG基因型顯著提高了4.91 kg,體高和尻高顯著提高了2.1 cm、1.93 cm(P0.05);6月齡時,AA、GA基因型個體的平均體高和胸圍極顯著高于GG基因型個體(P0.01),GA基因型德州驢的胸深和尻高極顯著高于GG基因型個體(P0.01),另外德州驢GA基因型的平均尻寬顯著高于GG和AA基因型(P0.05)。連鎖不平衡分析表明rs1、rs2、rs4和rs5五個位點(diǎn)的組合基因型在德州驢群體中共有五種。關(guān)聯(lián)分析結(jié)果顯示:6月齡時,TTAACCCC組合基因型的個體平均胸寬顯著高于CCGGGGGG基因型個體(P0.05)。TBX3基因rs7位點(diǎn)關(guān)聯(lián)分析結(jié)果表明:德州驢3月齡AA基因型個體平均管圍顯著高于GG基因型(P0.05),GA基因型個體的尻寬顯著高于AA基因型(P0.05),6月齡GA和GG基因型個體的平均尻寬顯著高于AA基因型。
【圖文】：

州驢）、黃土丘陵溝壑型（佳米驢）、高原山地型（西南驢）和中部平原丘陵型等，2006）。按體型特征可分為大型驢、中型驢和小型驢三種類型（謝成俠，在 130 cm 以上，體重在 260 kg 左右，主要包括平原地區(qū)（山東、陜西、山西、關(guān)中驢、廣靈驢和晉南驢等；中型驢體高在 110~130 cm，體重 180 kg 左右區(qū)（陜西、甘肅、山西、河北）與平原（河南）地區(qū)的慶陽驢、淮陽驢、佳米型驢體高在 110 cm 以下，體重在 130 kg 左右，其分布范圍較廣，主要分布在夏、甘肅、陜西以及云南、四川、西藏等省、自治區(qū)，包括新疆驢、云南驢、。的存欄量7 年年末我國驢存欄量 267.8 萬頭，2016 年年末存欄量為 259.3 萬頭，為歷史最以看出從 1990 年以來，我國驢的存欄量連續(xù) 27 年整體呈下降趨勢，平均每年約業(yè)農(nóng)村部畜牧獸醫(yī)局等，2018）。目前，我國存欄量較大的省份主要包括甘肅寧和山東等。驢存欄量連續(xù)下滑的原因主要概括為以下三方面：役用功能被農(nóng)工具所取代；驢繁殖效率低和繁育速度慢的生物學(xué)特性（張莉等，2015）；對制品的需求旺盛導(dǎo)致大量的驢被屠宰。

中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院碩士學(xué)位論文 第三章 試驗(yàn)結(jié)果第三章 試驗(yàn)結(jié)果3.1 德州驢血液基因組 DNA 提取結(jié)果采用天根血液基因組 DNA 提取試劑盒從德州驢血樣中提取 DNA，使用 NanoDrop 20儀器進(jìn)行 OD 值檢測，，經(jīng)檢測 DNA 濃度均超過 20 ng L-1，OD 值在 1.7~1.9 之間；1.25瓊脂糖凝膠電泳檢測，DNA 有清晰主帶如圖 3.1 所示，DNA 質(zhì)檢合格，可用于后續(xù) PCR 增反應(yīng)。
【學(xué)位授予單位】：中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類號】：S822

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