【摘要】：在肉牛飼養(yǎng)行業(yè)中,飼料投入占生產(chǎn)總成本的70%以上,是限制肉牛生產(chǎn)的主要因素。因此,從遺傳角度提高肉牛飼料利用效率,降低飼養(yǎng)成本是當(dāng)前育種熱點(diǎn)之一。剩余采食量(Residual feedintake,RFI)是衡量動(dòng)物飼料利用效率的指標(biāo),其平均日增重不相關(guān),屬于中等遺傳力,對(duì)低剩余采食量的肉牛個(gè)體進(jìn)行選育不僅節(jié)約養(yǎng)殖成本,也可加快飼料利用效率的遺傳進(jìn)展。為探究影響秦川牛飼料利用效率的分子遺傳機(jī)理,本研究進(jìn)行了三個(gè)試驗(yàn):1)高、低RFI秦川牛生長(zhǎng)性狀差異和相關(guān)性分析對(duì)于不易測(cè)量或測(cè)量成本較高的性狀,探求此類性狀與易測(cè)量性狀之間的相關(guān)關(guān)系均具有重要經(jīng)濟(jì)價(jià)值。本研究利用SAS 9.2中的TTEST過(guò)程對(duì)16頭高RFI和13頭低RFI秦川牛各生長(zhǎng)性狀進(jìn)行差異分析,利用R語(yǔ)言中CORR函數(shù)進(jìn)行相關(guān)性分析,以期解析不同RFI組生長(zhǎng)性狀差異和與RFI間的相關(guān)性。結(jié)果表明HRFI組腰角寬與采食量極顯著高于LRFI組(P0.01)、胸深顯著高于LRFI組(P0.05);HRFI組的RFI與FI存在極顯著正相關(guān)(r=0.61,P0.01);LRFI組的RFI與坐骨端寬存在顯著負(fù)相關(guān)(r=-0.66,P0.05),與 FI 存在極顯著正相關(guān)(r=0.90,P0.01)。2)基于RNA-seq挖掘秦川牛與剩余采食量相關(guān)關(guān)鍵基因 為了明確肉牛RFI性狀有關(guān)的主要調(diào)控分子,本研究以4頭高RFI和4頭低RFI的中國(guó)秦川牛十二指腸組織作為試驗(yàn)材料,進(jìn)行6G轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,得到43個(gè)差異表達(dá)基因(P0.05,FDRq0.05)。差異表達(dá)基因GO分析和通路分析結(jié)果顯示差異基因富集在脂肪酸代謝、氨基酸代謝、采食行為、炎癥反應(yīng)以及免疫應(yīng)答等生物學(xué)過(guò)程。通過(guò)整合分析,得到8個(gè)與RFI相關(guān)關(guān)鍵候選基因(TFF2、LOC509961、RARRES1、PRDX4、CCK、CCL5、ACOT2 和 HPD)。3)利用small RNA測(cè)序技術(shù)篩選RFI相關(guān)miRNAs miRNA在基因表達(dá)過(guò)程中具有重要的調(diào)控作用。利用試驗(yàn)2中同一批組織樣進(jìn)行small RNA測(cè)序,共篩選出34個(gè)差異表達(dá)miRNA(P,FDR,q0.05),其中3個(gè)miRNA在高RFI組中表達(dá)下調(diào),其余均表達(dá)上調(diào)。通過(guò)生物信息學(xué)分析,得到 8 個(gè)與 RFI 相關(guān)的候選 miRNAs:bta-miR-146b,bta-miR-148b,bta-miR-615,bta-miR-363,bta-miR-2890,bta-miR-2892,bta-miR-11972,bta-miR-11985,并預(yù)測(cè)到 bta-miR-11972 靶基因?yàn)?HPD,TH,ASCL1;miR-146 靶基因?yàn)?GRP,miR-615 的靶基因 HPD。肉牛RFI屬于復(fù)雜的數(shù)量性狀,差異RNA分子(基因與miRNAs)及其參與的主要生物學(xué)通路可能共同參與了肉牛采食量差異的表達(dá)調(diào)控。
【圖文】：

見(jiàn)第二章２．２．１．逡逑３．３．２邋ＲＮＡ提取與質(zhì)量控制逡逑在提取十二指腸總ＲＮＡ后，通過(guò)１％瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)ＲＮＡ的完整性，見(jiàn)圖３－２。隨后逡逑利用安捷倫２２００對(duì)樣品總ＲＮＡ進(jìn)行純度與濃度的檢測(cè)，結(jié)果見(jiàn)表２－２。在進(jìn)行轉(zhuǎn)錄測(cè)序時(shí)，對(duì)逡逑ＲＮＡ完整性及濃度要求如下：１％瓊脂糖凝膠電泳圖條帶清晰、無(wú)拖尾現(xiàn)象；濃度與純度檢測(cè)中逡逑ＲＩＮ值大于７。均完整性、純度及濃度檢測(cè)后，本研宄均滿足上述條件，可進(jìn)行后續(xù)ＲＮＡ－ｓｅｑ。逡逑對(duì)照（Ｌ）邐ＬＲＦＩ－１邐ＬＲＦＩ－２邐ＬＲＦＩ－３邐ＬＲＦＩ－４邐ＬＲＦＩ－５邐ＨＲＦＩ－１邐ＨＲＦＩ－２邐ＨＲＦＩ－３邐ＨＲＦＩ－４邐ＨＲＲ－５逡逑４０００邐＇邐；邐灥ＭＭＨＩ＊邋ｊＭＭ＊邐？媝＿�。煎义希怼�？逡逑激 邐？逡逑灥—＿逡逑２５邐ｍｍｍｍｒｎｍ邋ｍｍｍｍｍｍ邋ｍｍｍｍｓｍ＊邋ｍｍｍｍｍｍｍ邋ｍｍｍｍｍ＊邋ｍｅｍｍｍｍｍ＊邋ｍｍｍｍｍｍ邋ｍｍｍｍｍｍ邋ｍｍｍｍｍｍ邋ｍｔｍｍｍｍｍｍ逡逑ＲＩ．Ｔ邐ＲＩＮ＊邐ＲＩＮ＂邐ＲＩＮｆ邐ＲＩ＞Ｔ邐ＲＩＮ＊邐ＲＬＶ邐ＲＩＮ＇邐ＲＩＮｒ邐ＲＩＴ逡逑８．０邐７．７邐７．６邐８．０邐７．５邐７．８邐７．８邐７．８邐８．０邐８．４逡逑圖３－２十二指腸總ＲＮＡ邋１％瓊脂糖凝膠電泳圖逡逑３．３．３原始測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制逡逑分析結(jié)果的可靠性和準(zhǔn)確性，取決于對(duì)測(cè)序原始數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制（去除含有ａｄａｐｔｅｒ、逡逑ｐｏｌｙ－Ｎ以及質(zhì)量較低的ｒｅａｄｓ）。本研宄測(cè)序在ＨＲＦＩ組和ＬＲＦＩ組分別得到Ｒａｗ邋ｄａｔａ的逡逑ｒｅａｄｓ數(shù)分別為４６６５０４９５和４６４３６５０５條，此時(shí)ＧＣ堿基含量分別為４９．３８和４９．１３；通過(guò)逡逑去除質(zhì)量較差的ｒｅａｄｓ

ＨＲＨ－２邐７．８邐１．０邐２７９邐１００逡逑ＨＲＦＩ－３邐７．８邐１．４邐３９５邐１００逡逑ＨＲＦＩ－４邐８．０邐１．２邐３４０邐１００逡逑ＨＲＦＩ－５邐８．４邐１．３邐２３１邐１００逡逑表３－２原始數(shù)據(jù)過(guò)濾統(tǒng)計(jì)邐逡逑過(guò)濾前總邋過(guò)濾前總堿基過(guò)濾后總邋過(guò)濾后總堿基邋讀段過(guò)濾邋堿基過(guò)濾逡逑讀段數(shù)邐數(shù)邐讀段數(shù)邐數(shù)邐比（％）邋比（％）邐＾逡逑ＨＲＦＩ邐４６６５０４９５邐７０４３８２４４５５邐４２９３６５４８邐６４７１００６６８３邐０．９２邐０．９２邐４９．３８邐４９．３８逡逑ＬＲＦＩ邐４６４３６５０５邐７０１１５０３６７９邐４２７３７４４０邐６４４０９８２０５１邐０９２邐０９２邐４９．１３邐４９．１３逡逑３．３．４樣本重復(fù)相關(guān)性篩查逡逑根據(jù)ＲＦＩ值的大小將３０頭研宄對(duì)象分為高、低ＲＦＩ組，并選取組內(nèi)各５頭具有極端值的分逡逑為ＨＲＦＩ和ＬＲＦＩ組，為了驗(yàn)證ＲＦＩ表型分組結(jié)果的準(zhǔn)確性，本研宄在轉(zhuǎn)錄組測(cè)序表達(dá)量水平進(jìn)逡逑行了相分析。相關(guān)性分析表明（圖３－３），邋ＨＲＦＩ組中ＨＲＦＩ－５個(gè)體和其它四個(gè)研宄對(duì)象Ｐｅａｒｓｏｎ相逡逑關(guān)性較差，故剔除ＨＲＦＩ－５；在進(jìn)行組間樣本表達(dá)量主成分分析時(shí)，，發(fā)現(xiàn)ＬＲＦＩ－４（圖３－４中ＬＲＦＩＱ９邋）逡逑
【學(xué)位授予單位】：寧夏大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類號(hào)】：S823.5

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本文編號(hào)：2666924