云霄縣PRRS血清學(xué)調(diào)查及3株P(guān)RRSV GP5基因分析
發(fā)布時(shí)間:2020-03-30 12:10
【摘要】:豬繁殖與呼吸綜合征(PRRS)是對(duì)養(yǎng)豬業(yè)危害最大的疾病之一,每年給全世界帶來巨大的經(jīng)濟(jì)損失。PRRS可導(dǎo)致豬群出現(xiàn)精神倦怠,厭食發(fā)熱,早產(chǎn)、流產(chǎn)、死胎、木乃伊及弱仔等癥狀,并影響免疫調(diào)節(jié)功能。云霄縣是漳州市生豬重要基地之一,PRRS的流行也給云霄縣的養(yǎng)豬業(yè)帶來嚴(yán)峻的挑戰(zhàn)。本研究通過對(duì)豬群進(jìn)行PRRS抗體檢測(cè)和抗原檢測(cè),分析目前云霄縣PRRSV的流行及遺傳變異情況,為云霄縣對(duì)PRRS的防控提供理論基礎(chǔ)。本研究采集了云霄縣2013-2017年種豬場(chǎng)、商品代飼養(yǎng)場(chǎng)、散養(yǎng)場(chǎng)己免疫藍(lán)耳病疫苗的豬血清樣本共計(jì)3865份。對(duì)不同年份、季節(jié)的血清樣品進(jìn)行PRRS免疫陽(yáng)性率進(jìn)行調(diào)查。為進(jìn)一步了解云霄縣PRRSV的遺傳變異發(fā)生情況,本研究針對(duì)GP5基因設(shè)計(jì)一對(duì)特異性引物,對(duì)采集的臨床病料進(jìn)行RT-PCR檢測(cè)并進(jìn)行測(cè)序,從陽(yáng)性樣品中選取3株同源性較低的基因序列進(jìn)行分析。對(duì)測(cè)序序列進(jìn)行抗原位點(diǎn)、糖基化位點(diǎn)、磷酸化位點(diǎn)、跨膜結(jié)構(gòu)、二級(jí)結(jié)構(gòu)分析,并與NCBI里的參考毒株序列進(jìn)行比對(duì)分析。本研究取得如下結(jié)果:1.2013-2017年豬血清PRRS抗體陽(yáng)性率最高的是2013年(84.85%),最低的是2014年(82.90%);不同類型養(yǎng)殖場(chǎng)的抗體陽(yáng)性率存在差異,抗體陽(yáng)性率的大小排列順序?yàn)榉N豬場(chǎng)(87.73%)商品代飼養(yǎng)場(chǎng)(83.13%)散養(yǎng)戶(77.50%)。豬群夏秋兩季的抗體陽(yáng)性率明顯高于冬春兩季。2.經(jīng)測(cè)序分析表明,3株P(guān)RRSV與參考株的同源性在61.9%-99.5%之間。FJYX-1相對(duì)參考株,在第23、41位氨基酸出現(xiàn)了磷酸化位點(diǎn)變異,FJYX-2在第23位氨基酸出現(xiàn)了磷酸化位點(diǎn)變異;FJYX-3序列相對(duì)參考株未見明顯變異。3株P(guān)RRSV糖基化位點(diǎn)未見明顯變異。將3株P(guān)RRSV GP5蛋白氨基酸序列與參考株進(jìn)行比對(duì)分析表明,FJYX-1第15、23、41、196位氨基酸位點(diǎn)分別發(fā)生了脯氨酸、絲氨酸、絲氨酸、精氨酸變異,FJYX-2第23、151、196位氨基酸分別發(fā)生了絲氨酸、賴氨酸、精氨酸變異,FJYX-3第28、33、193、196位氨基酸分別發(fā)生了脯氨酸、谷氨酰酸、丙氨酸、組氨酸變異。對(duì)所測(cè)序列翻譯成氨基酸后進(jìn)行同源性分析(圖3-5)抗原肽段預(yù)測(cè)結(jié)果表明這3個(gè)毒株的GP5蛋白存在7-8個(gè)抗原位點(diǎn),其中FJYX-2毒株抗原位點(diǎn)多出了一個(gè)143-NFLLDTK-149抗原肽段。綜上所述,目前云霄縣的PRRS免疫陽(yáng)性率較好。從實(shí)驗(yàn)分析的3株P(guān)RRSV與參考毒株對(duì)比結(jié)果來看,糖基化位點(diǎn)未見明顯的變異,而磷酸化位點(diǎn)、氨基酸位點(diǎn)和抗原肽段都存在一定程度的變異,我們需要密切監(jiān)視PRRSV的變異情況,為云霄縣PRRSV的防控提供有效的理論依據(jù)。
【圖文】:
2結(jié)果逡逑2.1臨床病料PRRSV檢測(cè)逡逑根據(jù)所設(shè)計(jì)的PRRSV引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增,試驗(yàn)結(jié)果表明(圖3-1),陽(yáng)性逡逑樣品能夠擴(kuò)增出1條約603bp的條帶,與預(yù)期片段大小相符,而陰性對(duì)照并未出逡逑現(xiàn)特異性條帶。對(duì)云霄縣動(dòng)物疾病預(yù)防控制中心2013-2017保存臨床病料32份逡逑進(jìn)行RT-PCR,結(jié)果顯示,有12份的病料檢測(cè)為PRRSV陽(yáng)性,陽(yáng)性率為37.5%。逡逑M邋1邐2逡逑750逡逑500邋'IHwM'逡逑圖3-1邋PRRSV陽(yáng)性病料PCR檢測(cè)結(jié)果逡逑Fig.邋3-1邋PCR邋results邋of邋PRRSv邋positive邋venereal邋diseases逡逑M:質(zhì)量分析DL2000邋1.陰性對(duì)照2.陽(yáng)性樣品逡逑M:DL2000邋marker邋1.邋Negative邋control邋2.邋Positive邋sample逡逑2.2邋3株PRRSV毒株測(cè)序及分析逡逑PCR產(chǎn)物送生物公司測(cè)序,,選。保矖l測(cè)序結(jié)果中3條同源性相對(duì)較低的逡逑序列見附錄A。對(duì)測(cè)得的序列進(jìn)行遺傳進(jìn)化分析(圖3-2)。結(jié)果顯示,FJYX-1、逡逑FJYX-2、FJYX-3都與HuN、TJ和JXA1等藍(lán)耳病毒株同屬一個(gè)分支,而與MN184、逡逑LV、NADC-30等毒株遺傳距離相對(duì)較遠(yuǎn)。對(duì)所測(cè)序列進(jìn)行同源性分析(圖3-3),逡逑結(jié)果顯示,3株序列同源性在92.9%-96.7%之間,FJYX-1和FJYX-3,同源性最逡逑24逡逑
1邐桯悘it邐工逡逑Foisrx-3.邋-C3C.-C邐2.00逡逑Coiiserssus邐jjg-tciwiarskf邋dwa'vetf'vif邋pvltfai'vsygalti'Csi'af邋Idltvgl邋tvstag逡逑ATCC_VR2332邋.邋txt邋:SV邐3.50逡逑CH—2.a.邋C-xr.邐F邋2邐5.50逡逑CH-3.R.邋tier.邐Flif邐^gc邐150逡逑-i^.-cx-c邐Yy邐|邐150逡逑uXAl邋.邋txt:邐YY邐^gS邋^gX邐2.50逡逑I-IM2.2邋4A.邋rxr邐YC邐j邐gl:邐J.50逡逑HA3DC-30邋.邋CxC邐YY邐Kl:邐1.50逡逑R9S邋-邋nx-c邐Fv邐i邐^^ES邋K:^邐 ̄so逡逑Tvj.邋C.XC邐Y邋2邐j邐^gl;邐250逡逑F"jryx—3.邋.邋nxT.邐W邐3.30逡逑F0 ̄hTX-2邋.邋txr邐YY邐i邋霞邋1■榅2.so逡逑Consenstis邐i’yhg:ryvILssJ_yaiVc;ai3邋3lic;f邋■vizrialtr^csiEswi'y邋se'CX'ytnf邋lldtkg逡逑ATCC_VR2332邋.邋txr.邐2.99逡逑CH-la.-cxr;邐p'勞':R藎保沖澹沖義希茫齲常遙澹潁沐危皺危В保瑰澹瑰義希齲簦幔攏剩澹簦簦哄危鰣危常常瑰義希剩兀粒插澹澹茫兀裕哄危蓿鰣澹皺危保梗瑰義希停蹋鄭澹簦沐危懾澹遙垮危蓿紓歟;_b鄭靛危埃梗瑰義希停灣宥澹插澹矗粒澹礤危桑懾澹櫻危掊危渝澹鈴偽福潁皺
本文編號(hào):2607527
【圖文】:
2結(jié)果逡逑2.1臨床病料PRRSV檢測(cè)逡逑根據(jù)所設(shè)計(jì)的PRRSV引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增,試驗(yàn)結(jié)果表明(圖3-1),陽(yáng)性逡逑樣品能夠擴(kuò)增出1條約603bp的條帶,與預(yù)期片段大小相符,而陰性對(duì)照并未出逡逑現(xiàn)特異性條帶。對(duì)云霄縣動(dòng)物疾病預(yù)防控制中心2013-2017保存臨床病料32份逡逑進(jìn)行RT-PCR,結(jié)果顯示,有12份的病料檢測(cè)為PRRSV陽(yáng)性,陽(yáng)性率為37.5%。逡逑M邋1邐2逡逑750逡逑500邋'IHwM'逡逑圖3-1邋PRRSV陽(yáng)性病料PCR檢測(cè)結(jié)果逡逑Fig.邋3-1邋PCR邋results邋of邋PRRSv邋positive邋venereal邋diseases逡逑M:質(zhì)量分析DL2000邋1.陰性對(duì)照2.陽(yáng)性樣品逡逑M:DL2000邋marker邋1.邋Negative邋control邋2.邋Positive邋sample逡逑2.2邋3株PRRSV毒株測(cè)序及分析逡逑PCR產(chǎn)物送生物公司測(cè)序,,選。保矖l測(cè)序結(jié)果中3條同源性相對(duì)較低的逡逑序列見附錄A。對(duì)測(cè)得的序列進(jìn)行遺傳進(jìn)化分析(圖3-2)。結(jié)果顯示,FJYX-1、逡逑FJYX-2、FJYX-3都與HuN、TJ和JXA1等藍(lán)耳病毒株同屬一個(gè)分支,而與MN184、逡逑LV、NADC-30等毒株遺傳距離相對(duì)較遠(yuǎn)。對(duì)所測(cè)序列進(jìn)行同源性分析(圖3-3),逡逑結(jié)果顯示,3株序列同源性在92.9%-96.7%之間,FJYX-1和FJYX-3,同源性最逡逑24逡逑
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