【摘要】：為研究綿羊(Ovis aries)酪氨酸蛋白激酶受體(tyrosine kinase A,Trk A)基因組織表達特征及其SNPs與產羔性狀的關聯(lián)性,本研究以Trk A基因為研究對象,利用q RT-PCR分析其在湖羊心、肝、脾、肺、腎、瘤胃、十二指腸、背最長肌、脂肪、下丘腦、垂體和卵巢等12種組織中的表達水平,同時采用DNA混合池測序和限制性長度片段多態(tài)性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)等技術檢測Trk A基因在963只有產羔記錄湖羊(n=526)和小尾寒羊(n=437)群體中的多態(tài)性,及其與產羔性狀的關聯(lián)性。結果表明,Trk A基因在卵巢、肺和肝臟中的表達水平最高,在心臟中次之,在背最長肌、瘤胃、脂肪、下丘腦、垂體、脾、腎和十二指腸間表達量較低。通過DNA池測序和RFLP分析,在Trk A基因的內含子9和14分別檢測到NC_019458.2:g.105281586CT和NC_019458.2:g.105284246GC兩個突變。在NC_019458.2:g.105281586CT位點,小尾寒羊和湖羊群體中均檢測到3種基因型,分別為CC、CT和TT型,其中CT為優(yōu)勢基因型,C為優(yōu)勢等位基因;在該位點,湖羊群體遺傳雜合度(heterozygosity,He)和遺傳純合度(homozygosity,Ho)均為0.50,有效等位基因數(effective allele numbers,Ne)為1.99;小尾寒羊He=0.51,Ho=0.49,Ne=1.95;多態(tài)信息含量(polymorphic information content,PIC)均為0.37,且在小尾寒羊群體中偏離了Hardy-Weinberg平衡狀態(tài)。在NC_019458.2:g.105284246GC位點上同樣檢測到GG、GC和CC三種基因型,其中GC為優(yōu)勢基因型,C為優(yōu)勢等位基因;該位點在湖羊群體He和Ho均為0.50,Ne=2.00;小尾寒羊He=0.49,Ho=0.51,Ne=1.96。PIC均為0.37;χ2適合性檢驗結果表明,湖羊群體在該位點顯著偏離于HardyWeinberg平衡狀態(tài)。多態(tài)位點與綿羊產羔數的關聯(lián)性分析表明,NC_019458.2:g.105281586CT與湖羊和小尾寒羊的產羔數顯著相關(P0.05),而NC_019458.2:g.105284246GC突變位點僅與湖羊的產羔性能顯著相關(P0.05)。本研究結果表明,Trk A基因可作為綿羊產羔性狀早期篩選的候選基因,其SNPs可為綿羊繁殖性狀分子標記輔助選擇提供依據。
[Abstract]:In order to study the expression characteristics of sheep (Ovis aries) tyrosine protein kinase receptor (tyrosine kinase (tyrosine kinase Trk A gene and the relationship between SNPs and lambing traits, the Q RT-PCR was used to analyze the expression of Trk A gene in the heart and liver of Hu sheep. The expression levels of spleen, lung, kidney, rumen, duodenum, longissimus dorsi muscle, fat, hypothalamus, pituitary and ovary were detected by DNA mixed pool sequencing and restriction fragment polymorphism (restriction fragment length polymorphism,). RFLP and other techniques were used to detect the polymorphism of Trk A gene in 963 lambing only recorded populations of Hu Sheep (nong526) and small tail Han Sheep (nb437), and their association with lambing traits. The results showed that the expression of, Trk A gene was the highest in ovary, lung and liver, followed by heart, and lower in longissimus dorsi, rumen, fat, hypothalamus, pituitary, spleen, kidney and duodenum. NC_019458.2:g.105281586CT and NC_019458.2:g.105284246GC mutations were detected in intron 9 and 14 of Trk A gene by DNA pool sequencing and RFLP analysis, respectively. At the NC_019458.2:g.105281586CT locus, three genotypes, CC,CT and TT, were detected in small tail Han sheep and Hu sheep, respectively, in which CT was the dominant genotype and C was the dominant allele. At this locus, the genetic heterozygosity (heterozygosity,He) and genetic homozygosity (homozygosity,Ho) of Hu sheep population were 0.50, and the effective allele number (effective allele numbers,Ne was 1.99.The small tail Han sheep was He=0.51,Ho=0.49,Ne=1.95;. The polymorphic information content (polymorphic information content,PIC) was 0.37, and deviated from the Hardy-Weinberg equilibrium state in the small tail Han sheep population. Three genotypes of GG,GC and CC were also detected at the NC_019458.2:g.105284246GC locus, in which GC was the dominant genotype and C was the dominant allele, and this locus was 0.50 Nefeng 2.00 in both He and Ho of Hu sheep population. The results of 蠂 2 fitness test showed that the population of Hu sheep deviated significantly from the equilibrium state of HardyWeinberg at this site. The correlation analysis between polymorphic loci and lambing size showed that NC_019458.2:g.105281586CT was significantly correlated with litter size of Hu sheep and small tail Han sheep (P0.05). However, the NC_019458.2:g.105284246GC mutation site was only significantly correlated with the lambing performance of Hu sheep (P0.05). The results showed that, Trk A gene could be used as a candidate gene for early screening of lamb traits and its SNPs could provide a basis for molecular marker-assisted selection of sheep reproductive traits.
【作者單位】： 甘肅農業(yè)大學動物科學技術學院;青海大學農牧學院;蘭州大學草地農業(yè)科技學院;甘肅省肉羊繁育生物技術工程實驗室;
【基金】：國家自然科學基金項目(No.31472072) 國家肉羊現(xiàn)代肉羊產業(yè)技術體系建設專項(No.CARS-39)
【分類號】：S826

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本文編號：2406535