基于MiSeq分析川中黑山羊瘤胃細菌的多樣性及群落結(jié)構(gòu)
本文選題:川中黑山羊 + 瘤胃細菌; 參考:《湖南農(nóng)業(yè)大學學報(自然科學版)》2017年03期
【摘要】:采用MiSeq高通量測序技術(shù)分析川中黑山羊瘤胃細菌的多樣性及菌群結(jié)構(gòu)。選用3只140日齡健康公羊,其平均體質(zhì)量為(15.53±0.21)kg,飼喂10 d后,于150日齡時采集瘤胃液(樣品A),40 d后再次采集瘤胃液(樣品F),提取瘤胃液細菌基因組DNA,對細菌16S rDNA序列V4區(qū)進行MiSeq測序。結(jié)果顯示:1)從樣品A與樣品F中共獲得高質(zhì)量序列338 830條,聚類后得3 400個運算分類單位(OTU);2)樣品A的α多樣性指數(shù)高于樣品F的,但其差異無統(tǒng)計學意義;3)門水平上,樣品A最高相對豐度為擬桿菌門的(占總序列數(shù)的40.87%),其次為厚壁菌門的(27.19%),樣品F最高相對豐度為擬桿菌門的(47.12%),其次為變形菌門的(19.99%),再次為厚壁菌門的(18.05%),樣品A厚壁菌門的相對豐度極顯著高于樣品F的(P0.01);4)在屬水平上,樣品A與樣品F的最高相對豐度均為普雷沃氏菌屬的(樣品A的為25.54%,樣品F的為27.67%),樣品A中月形單胞菌屬、丁酸弧菌屬、瘤胃球菌屬、琥珀酸弧菌屬、琥珀酸菌屬等的相對豐度顯著高于樣品F的(P0.05)。試驗結(jié)果表明,川中黑山羊瘤胃中相對豐度最高的菌門為擬桿菌門,相對豐度最高的菌屬為普雷沃氏菌屬,且兩瘤胃樣品中部分細菌相對豐度間的差異顯著。
[Abstract]:The results showed that the highest relative abundance of samples A and F was higher than that of sample F ( P 0.01 ) . The highest relative abundance of samples A and F was higher than that of sample F ( P 0.01 ) . The results showed that the highest relative abundance of samples A and F was higher than that of sample F ( P 0.01 ) .
【作者單位】: 四川農(nóng)業(yè)大學動物醫(yī)學院;動物疫病與人類健康四川省重點實驗室;環(huán)境公害與動物疾病四川省高校重點實驗室;
【基金】:“長江學者和創(chuàng)新團隊發(fā)展計劃”創(chuàng)新團隊項目(IRT0848) 四川農(nóng)業(yè)大學“雙支”計劃項目(03572070)
【分類號】:S827
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,本文編號:1963881
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