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基于皮膚組織轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)研究水牛與黃牛溫度適應(yīng)性的差異

發(fā)布時(shí)間:2018-05-12 04:12

  本文選題:轉(zhuǎn)錄組 + 信號(hào)通路; 參考:《中國(guó)畜牧獸醫(yī)》2017年07期


【摘要】:為了找到與水牛和黃牛溫度適應(yīng)性差異相關(guān)的信號(hào)通路,本研究對(duì)3頭成年水牛和3頭成年黃牛的皮膚組織進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組測(cè)序和生物信息學(xué)分析。結(jié)果顯示,測(cè)序后水牛和黃牛皮膚組織分別得到59 369 167和69 837 009條reads,與參考基因組的唯一比對(duì)率分別為70.76%和75.55%。水牛和黃牛皮膚組織共有1 611個(gè)差異表達(dá)基因,其中801個(gè)在水牛皮膚中上調(diào),810個(gè)在水牛皮膚中下調(diào)。GO分析結(jié)果顯示,注釋到細(xì)胞組分、分子功能、生物學(xué)過(guò)程的差異表達(dá)基因分別為316、263和278個(gè)。KEGG分析結(jié)果顯示,差異表達(dá)基因共富集在33條信號(hào)通路上,其中神經(jīng)活性配體—受體相互作用、氧化磷酸化、膽堿能突觸、5-羥色胺能神經(jīng)突觸、GABA能突觸、鈣信號(hào)通路等信號(hào)通路可能與水牛和黃牛在溫度適應(yīng)性上的差異相關(guān)。綜上所述,突觸與氧化磷酸化可能與水牛和黃牛之間的溫度適應(yīng)性差異有關(guān),本研究為進(jìn)一步了解水牛和黃牛對(duì)溫度適應(yīng)性差異的分子機(jī)制和分子育種奠定基礎(chǔ)。
[Abstract]:In order to find the signal pathway related to the temperature adaptation of buffalo and yellow cattle, the transcriptome sequencing and bioinformatics analysis of skin tissue of 3 adult buffalo and 3 adult cattle were carried out in this study. The results showed that 59,369,167 and 69,837,009 readswere obtained from the skin tissue of buffalo and yellow cattle, respectively, and the unique alignment rates with reference genome were 70.76% and 75.55%, respectively. There were 1 611 differentially expressed genes in buffalo and yellow cattle skin tissues, of which 801 were up-regulated in buffalo skin and 810 were down-regulated in buffalo skin. The results of down-regulation of .go in buffalo skin showed that the cell components and molecular functions were annotated. The differentially expressed genes in biological process were 316263 and 278.KEGG, respectively. The results showed that the differentially expressed genes were co-enriched in 33 signal pathways, in which neuroactive ligand-receptor interaction and oxidative phosphorylation were observed. Cholinergic synapse 5-hydroxytryptaminergic synapse GABA synapse and calcium signaling pathway may be related to the differences in temperature adaptation between buffalo and yellow cattle. In conclusion, synaptic and oxidative phosphorylation may be related to the difference of temperature adaptability between buffalo and yellow cattle. This study lays a foundation for further understanding the molecular mechanism and molecular breeding of temperature adaptation difference between buffalo and yellow cattle.
【作者單位】: 內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院;中華人民共和國(guó)二連浩特出入境檢驗(yàn)檢疫局;
【基金】:內(nèi)蒙古自然科學(xué)基金(2016MS0349) 內(nèi)蒙古高等學(xué)?茖W(xué)研究項(xiàng)目(NJZY16067)
【分類號(hào)】:S823

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本文編號(hào):1877050

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