三穗鴨Bmal1基因多態(tài)、表達(dá)差異與生物信息學(xué)分析
本文選題:三穗鴨 + Bmal基因; 參考:《中國家禽》2017年06期
【摘要】:通過研究貴州三穗鴨損傷表皮調(diào)節(jié)因子(Bmal1)基因的多態(tài)性,尋找其SNP多態(tài)位點(diǎn)及分析其在組織中的表達(dá)差異。利用PCR-SSCP技術(shù)與直接測(cè)序技術(shù)相結(jié)合和熒光定量表達(dá)的方法對(duì)Bmal1基因進(jìn)行SNPs位點(diǎn)篩選和遺傳特性分析,根據(jù)測(cè)序結(jié)果拼接獲得的序列對(duì)該基因mRNA相關(guān)生物信息學(xué)進(jìn)行分析。貴州三穗鴨Bmal1基因第一外顯子存在兩處SNP位點(diǎn),且在腦組織中的表達(dá)量最高,2~(-△△CT)值為1.4431。Bmal1基因突變前后的等位基因頻率估算有差異,但其mRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè),蛋白質(zhì)二、三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)分析均無差異。在心、肝、腎、胸肌、腿肌、腦、眼七個(gè)組織中表達(dá)存在差異,且各組間差異顯著。
[Abstract]:The polymorphism of Bmal1) gene was studied in Guizhou three-spike duck to find its SNP polymorphism and analyze the difference of its expression in tissues. The SNPs site of Bmal1 gene was screened and the genetic characteristics were analyzed by PCR-SSCP combined with direct sequencing and fluorescence quantitative expression. The bioinformatics related to mRNA of Bmal1 gene was analyzed according to the sequence of sequence splicing. There are two SNP loci in the first exon of Bmal1 gene of Guizhou three-spike duck, and the highest expression of 1.4431.Bmal1 gene in the brain is the estimation of allele frequency before and after 1.4431.Bmal1 gene mutation, but its mRNA secondary structure is predicted and protein 2. There was no difference in three-level structure prediction analysis. There were significant differences in expression among heart, liver, kidney, pectoral muscle, leg muscle, brain and eye.
【作者單位】: 貴州大學(xué)動(dòng)物科學(xué)學(xué)院;高原山地動(dòng)物遺傳育種與繁殖省部共建教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;貴州省動(dòng)物遺傳育種與繁殖重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【基金】:國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(31360566) 貴州省科技廳農(nóng)業(yè)重大專項(xiàng)(黔科合重大專項(xiàng)字[2012-6004]號(hào));貴州省科技廳農(nóng)業(yè)攻關(guān)項(xiàng)目(黔科合NY字[2015]3006-2號(hào)) 貴州省教育廳產(chǎn)學(xué)研基地項(xiàng)目(黔教合KY字[2013-120]號(hào))
【分類號(hào)】:S834.2
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,本文編號(hào):1859790
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