發(fā)布時(shí)間：2018-04-01 15:49

  本文選題：MEF2B　切入點(diǎn)：RIPK2　出處：《中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院》2016年碩士論文

【摘要】：前期全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)結(jié)果顯示,在全基因組水平上與斷奶后日增重顯著相關(guān)的SNP位點(diǎn)s58995.1位于MEF2B基因內(nèi),OAR9_91721507.1位點(diǎn)位于RIPK2基因內(nèi),OAR3_84073899.1位于CAMKMT基因內(nèi)。本研究在343只烏珠穆沁綿羊試驗(yàn)群體中,選取30個(gè)綿羊血液DNA樣本,以相同濃度組成混池DNA,設(shè)計(jì)引物對(duì)MEF2B、RIPK2、CAMKMT外顯子及其上下游1000bp的調(diào)控區(qū)進(jìn)行PCR擴(kuò)增,PCR產(chǎn)物檢測(cè)為目的條帶后測(cè)序。本研究通過(guò)使用DNAMAN和Chromas2軟件對(duì)測(cè)序峰圖進(jìn)行分析;采用飛行質(zhì)譜方法對(duì)檢測(cè)到的SNP位點(diǎn)及前期GWAS得到的SNP位點(diǎn)進(jìn)行基因型分型;使用Haploview軟件對(duì)多態(tài)位點(diǎn)進(jìn)行單倍型構(gòu)建及連鎖不平衡分析。使用SPSS(22.0)軟件進(jìn)行候選基因SNP位點(diǎn)與生長(zhǎng)性狀的關(guān)聯(lián)分析。主要獲得了以下結(jié)果:1.混池測(cè)序結(jié)果在MEF2B基因下游調(diào)控區(qū)發(fā)現(xiàn)一個(gè)SNP位點(diǎn)(rs417014745 AG),在RIPK2基因的第四外顯子上發(fā)現(xiàn)一個(gè)同義突變r(jià)s160673968AG,在第七外顯子上發(fā)現(xiàn)了一個(gè)錯(cuò)義突變r(jià)s417014745AG,在第十外顯子處發(fā)現(xiàn)一個(gè)同義突變r(jià)s419478383CT,在上游調(diào)控區(qū)發(fā)現(xiàn)一個(gè)SNP位點(diǎn)g.5182GC,在CAMKMT基因共發(fā)現(xiàn)5個(gè)SNPs位點(diǎn),其中,上游調(diào)控區(qū)發(fā)現(xiàn)突變r(jià)s405040355CA,在第五外顯子處發(fā)現(xiàn)一個(gè)錯(cuò)義突變r(jià)s411221065GA,在第八外顯子處發(fā)現(xiàn)一個(gè)錯(cuò)義突變r(jià)s162300069AG,在下游調(diào)控區(qū)發(fā)現(xiàn)兩個(gè)SNPs位點(diǎn)rs404399494GA和rs418513655CG。2.候選基因與烏珠穆沁綿羊生長(zhǎng)性狀的關(guān)聯(lián)分析MEF2B基因下游調(diào)控區(qū)G→A(rs417014745 AG)的突變位點(diǎn)與烏珠穆沁綿羊四月齡體重和胸圍極顯著相關(guān)(P0.01),與六月齡體重顯著相關(guān)(P0.05)與六月齡胸圍極顯著相關(guān)(P0.01)。RIPK2基因的rs160673968AG位點(diǎn)雜合子AG基因型個(gè)體在四月齡體重和胸圍上均顯著優(yōu)于其他兩種基因型個(gè)體(P0.05)。在rs162034551TC位點(diǎn)錯(cuò)義突變上,突變型CC基因型個(gè)體在四月齡體重、體高、體斜長(zhǎng)和胸圍上顯著優(yōu)于其他兩個(gè)基因型個(gè)體(P0.05)。g.5182GC突變位點(diǎn)GG基因型個(gè)體在四月齡體重和胸圍上均顯著高于其他兩個(gè)基因型的個(gè)體(P0.05)。g.4456CT位點(diǎn)是GWAS得到的SNP位點(diǎn),該位點(diǎn)CC基因型的個(gè)體在四月齡體重上與其他兩個(gè)基因型的個(gè)體差異顯著(P0.05)。CAMKMT基因的rs411221065GA位點(diǎn)GG和AA基因型個(gè)體與GA基因型的個(gè)體在六月齡胸圍上差異顯著(P0.05)。rs162300069AG位點(diǎn)與四月齡和六月齡的體重和胸圍顯著相關(guān)(P0.05)。rs404399494GA位點(diǎn)三個(gè)基因型個(gè)體在四月齡體重和胸圍上差異顯著(P0.05),在六月齡胸圍上有顯著差異(P0.05)。對(duì)于rs418513655CG位點(diǎn),該位點(diǎn)三個(gè)基因型的個(gè)體在四月齡體重和胸圍上有顯著差異(P0.05),在六月齡體重、胸圍和胸寬上有顯著差異(P0.05)。對(duì)于rs420220919 AG位點(diǎn),該位點(diǎn)AA基因型和AG、GG基因型的個(gè)體在四月齡體重上也有顯著差異(P0.05)。3.合并基因型與烏珠穆沁綿羊生長(zhǎng)性狀的關(guān)聯(lián)分析連鎖不平衡分析結(jié)果顯示,RIPK2基因中rs160673968AG與rs162034551TC之間強(qiáng)連鎖,CAMKMT基因中rs162300069AG與rs420220919 AG之間強(qiáng)連鎖。根據(jù)連鎖不平衡分析結(jié)果,將rs160673968AG-rs162034551TC組合基因型與生長(zhǎng)性狀之間進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析,結(jié)果發(fā)現(xiàn):rs160673968AG-rs162034551TC位點(diǎn)在本試驗(yàn)中共有6種基因型組合,其中AATT基因型組合的個(gè)體數(shù)最多,GGCC基因型組合與AATT基因型組合的個(gè)體在四月齡體重和體高、六月齡體高和胸寬上差異顯著(P0.05)。GGCC組合基因型個(gè)體的四月齡體重、六月齡體高上優(yōu)于組合前GG基因型和CC基因型個(gè)體。CAMKMT基因的rs162300069AG-rs420220919 AG位點(diǎn)在群體中有7種基因型組合,其中GGAA基因型組合個(gè)體數(shù)最多,GGAA組合基因型個(gè)體在四月齡體重和胸圍上與AAAA基因型個(gè)體差異極顯著(P0.01)。在六月齡體重上,GGAA組合基因型個(gè)體與AAAA組合基因型個(gè)體之間差異達(dá)到顯著水平(P0.05),在六月齡胸圍上,差異達(dá)到極顯著水平(P0.01)。4.生物信息學(xué)分析對(duì)RIPK2基因rs162034551TC突變位點(diǎn)前后進(jìn)行初步生物信息學(xué)分析,結(jié)果表明:突變前后,m RNA的二級(jí)結(jié)構(gòu)最小結(jié)構(gòu)自由能由-435.80kcal/mol變?yōu)?436.90kcal/mol,結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性增強(qiáng)。突變前后蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)比例并沒(méi)有發(fā)生變化,α-螺旋的比例為36.25%,延伸鏈的比例為14.87%,β-折疊的比例為8.74%,無(wú)規(guī)卷曲的比例為40.15%對(duì)CAMKMT基因rs162300069AG突變位點(diǎn)前后進(jìn)行初步生物信息學(xué)分析,結(jié)果表明:突變前后,m RNA的二級(jí)結(jié)構(gòu)最小結(jié)構(gòu)自由能由-294.50 kcal/mol變?yōu)?289.4 kcal/mol,結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性降低。突變前后蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)比例并沒(méi)有發(fā)生變化,α-螺旋的比例為49.38%,β-折疊比例為9.69%,無(wú)規(guī)卷曲的比例為22.81%,延伸鏈的比例為18.12%。
[Abstract]:......
【學(xué)位授予單位】：中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：S826

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：1696206