本文選題：MEF2B　切入點：RIPK2　出處：《中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院》2016年碩士論文

【摘要】：前期全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)結(jié)果顯示,在全基因組水平上與斷奶后日增重顯著相關(guān)的SNP位點s58995.1位于MEF2B基因內(nèi),OAR9_91721507.1位點位于RIPK2基因內(nèi),OAR3_84073899.1位于CAMKMT基因內(nèi)。本研究在343只烏珠穆沁綿羊試驗群體中,選取30個綿羊血液DNA樣本,以相同濃度組成混池DNA,設(shè)計引物對MEF2B、RIPK2、CAMKMT外顯子及其上下游1000bp的調(diào)控區(qū)進行PCR擴增,PCR產(chǎn)物檢測為目的條帶后測序。本研究通過使用DNAMAN和Chromas2軟件對測序峰圖進行分析;采用飛行質(zhì)譜方法對檢測到的SNP位點及前期GWAS得到的SNP位點進行基因型分型;使用Haploview軟件對多態(tài)位點進行單倍型構(gòu)建及連鎖不平衡分析。使用SPSS(22.0)軟件進行候選基因SNP位點與生長性狀的關(guān)聯(lián)分析。主要獲得了以下結(jié)果:1.混池測序結(jié)果在MEF2B基因下游調(diào)控區(qū)發(fā)現(xiàn)一個SNP位點(rs417014745 AG),在RIPK2基因的第四外顯子上發(fā)現(xiàn)一個同義突變rs160673968AG,在第七外顯子上發(fā)現(xiàn)了一個錯義突變rs417014745AG,在第十外顯子處發(fā)現(xiàn)一個同義突變rs419478383CT,在上游調(diào)控區(qū)發(fā)現(xiàn)一個SNP位點g.5182GC,在CAMKMT基因共發(fā)現(xiàn)5個SNPs位點,其中,上游調(diào)控區(qū)發(fā)現(xiàn)突變rs405040355CA,在第五外顯子處發(fā)現(xiàn)一個錯義突變rs411221065GA,在第八外顯子處發(fā)現(xiàn)一個錯義突變rs162300069AG,在下游調(diào)控區(qū)發(fā)現(xiàn)兩個SNPs位點rs404399494GA和rs418513655CG。2.候選基因與烏珠穆沁綿羊生長性狀的關(guān)聯(lián)分析MEF2B基因下游調(diào)控區(qū)G→A(rs417014745 AG)的突變位點與烏珠穆沁綿羊四月齡體重和胸圍極顯著相關(guān)(P0.01),與六月齡體重顯著相關(guān)(P0.05)與六月齡胸圍極顯著相關(guān)(P0.01)。RIPK2基因的rs160673968AG位點雜合子AG基因型個體在四月齡體重和胸圍上均顯著優(yōu)于其他兩種基因型個體(P0.05)。在rs162034551TC位點錯義突變上,突變型CC基因型個體在四月齡體重、體高、體斜長和胸圍上顯著優(yōu)于其他兩個基因型個體(P0.05)。g.5182GC突變位點GG基因型個體在四月齡體重和胸圍上均顯著高于其他兩個基因型的個體(P0.05)。g.4456CT位點是GWAS得到的SNP位點,該位點CC基因型的個體在四月齡體重上與其他兩個基因型的個體差異顯著(P0.05)。CAMKMT基因的rs411221065GA位點GG和AA基因型個體與GA基因型的個體在六月齡胸圍上差異顯著(P0.05)。rs162300069AG位點與四月齡和六月齡的體重和胸圍顯著相關(guān)(P0.05)。rs404399494GA位點三個基因型個體在四月齡體重和胸圍上差異顯著(P0.05),在六月齡胸圍上有顯著差異(P0.05)。對于rs418513655CG位點,該位點三個基因型的個體在四月齡體重和胸圍上有顯著差異(P0.05),在六月齡體重、胸圍和胸寬上有顯著差異(P0.05)。對于rs420220919 AG位點,該位點AA基因型和AG、GG基因型的個體在四月齡體重上也有顯著差異(P0.05)。3.合并基因型與烏珠穆沁綿羊生長性狀的關(guān)聯(lián)分析連鎖不平衡分析結(jié)果顯示,RIPK2基因中rs160673968AG與rs162034551TC之間強連鎖,CAMKMT基因中rs162300069AG與rs420220919 AG之間強連鎖。根據(jù)連鎖不平衡分析結(jié)果,將rs160673968AG-rs162034551TC組合基因型與生長性狀之間進行關(guān)聯(lián)分析,結(jié)果發(fā)現(xiàn):rs160673968AG-rs162034551TC位點在本試驗中共有6種基因型組合,其中AATT基因型組合的個體數(shù)最多,GGCC基因型組合與AATT基因型組合的個體在四月齡體重和體高、六月齡體高和胸寬上差異顯著(P0.05)。GGCC組合基因型個體的四月齡體重、六月齡體高上優(yōu)于組合前GG基因型和CC基因型個體。CAMKMT基因的rs162300069AG-rs420220919 AG位點在群體中有7種基因型組合,其中GGAA基因型組合個體數(shù)最多,GGAA組合基因型個體在四月齡體重和胸圍上與AAAA基因型個體差異極顯著(P0.01)。在六月齡體重上,GGAA組合基因型個體與AAAA組合基因型個體之間差異達到顯著水平(P0.05),在六月齡胸圍上,差異達到極顯著水平(P0.01)。4.生物信息學(xué)分析對RIPK2基因rs162034551TC突變位點前后進行初步生物信息學(xué)分析,結(jié)果表明:突變前后,m RNA的二級結(jié)構(gòu)最小結(jié)構(gòu)自由能由-435.80kcal/mol變?yōu)?436.90kcal/mol,結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性增強。突變前后蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)比例并沒有發(fā)生變化,α-螺旋的比例為36.25%,延伸鏈的比例為14.87%,β-折疊的比例為8.74%,無規(guī)卷曲的比例為40.15%對CAMKMT基因rs162300069AG突變位點前后進行初步生物信息學(xué)分析,結(jié)果表明:突變前后,m RNA的二級結(jié)構(gòu)最小結(jié)構(gòu)自由能由-294.50 kcal/mol變?yōu)?289.4 kcal/mol,結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性降低。突變前后蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)比例并沒有發(fā)生變化,α-螺旋的比例為49.38%,β-折疊比例為9.69%,無規(guī)卷曲的比例為22.81%,延伸鏈的比例為18.12%。
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【學(xué)位授予單位】：中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：S826

【參考文獻】

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本文編號：1696206