本文選題：近交系數(shù)　切入點：基因組純合度　出處：《遺傳》2017年01期

【摘要】：畜禽育種中傳統(tǒng)上利用系譜信息評估群體近交程度?近年來隨著高通量單核苷酸多態(tài)(single nucleotide polymorphism,SNP)檢測成本降低,使利用基因組信息分析真實的基因組近交程度成為可能?本研究利用牛54 K SNP芯片數(shù)據(jù)統(tǒng)計了北京地區(qū)2107頭荷斯坦牛基因組上的長純合片段(runs of homozygosity,ROH)的頻率和分布,計算了2種基因組近交系數(shù),即染色體上ROH的長度占基因組總長度的比例(Froh)及個體所有標(biāo)記基因型中純合子所占比例,即基因組純合度(Fhom),進(jìn)而分析了兩種基因組近交系數(shù)之間的相關(guān)性以及基因組近交與系譜近交系數(shù)之間的相關(guān)性?結(jié)果表明,共檢測到44 676個ROH片段,其長度主要分布在1~10 Mb之間?不同長度的ROH散布于個體基因組內(nèi),短ROH較長ROH更為常見?ROH在染色體上并非均勻分布,ROH頻率最高的區(qū)域為10號染色體中部?兩種基因組近交系數(shù)之間相關(guān)性很高(91%以上),但基因組近交與系譜近交之間的相關(guān)性較低(低于50%)?系譜完整性是影響基因組近交與系譜近交結(jié)果一致的重要因素,基因組近交系數(shù)能夠反映個體真實的近交,本研究為評估群體近交水平提供了有力工具?
[Abstract]:Traditionally, pedigree information is used to evaluate the inbreeding degree in livestock and poultry breeding. In recent years, with the reduction of the cost of single nucleotide polymorphisms (SNPs) detection, it is possible to use genomic information to analyze the true degree of genomic inbreeding. In this study, the frequency and distribution of long homozygosity runs of homozygosity roh on the genome of 2107 Holstein cattle in Beijing were calculated by using 54 K SNP chip data. That is, the ratio of ROH length to total genome length on chromosomes and the proportion of homozygotes in all marker genotypes. The correlation between the number of genome inbred lines and that between genome inbreeding and pedigree inbreeding was analyzed. The results showed that a total of 44 676 ROH fragments were detected, the length of which was mainly between 1mb and 10Mb. Different lengths of ROH are scattered in individual genomes, and short ROH is more common than long ROH. The highest frequency of ROH on chromosomes is in the middle of chromosome 10? The correlation between the number of genome inbred lines was very high (91%), but the correlation between genome inbreeding and pedigree inbreeding was lower (< 50%). Pedigree integrity is an important factor affecting the consistency between genomic inbreeding and pedigree inbreeding. The number of genomic inbreeding lines can reflect the true inbreeding of individuals. This study provides a powerful tool for evaluating the inbreeding level of population.
【作者單位】： 中國農(nóng)業(yè)大學(xué)動物科技學(xué)院;中國奶業(yè)協(xié)會奶牛數(shù)據(jù)中心;
【基金】：現(xiàn)代農(nóng)業(yè)(奶牛)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系建設(shè)專項資金項目(編號:CARS-37) 北京市奶牛產(chǎn)業(yè)創(chuàng)新團(tuán)隊項目(編號:BAIC06-2016) 教育部“分子育種技術(shù)”創(chuàng)新團(tuán)隊基金項目(編號:IRT1191) 國家科技支撐計劃項目(編號:2011BAD28B02)資助~~
【分類號】：S823

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本文編號：1662898