本文選題：SLA-DQA　切入點：SLA-DRA　出處：《甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)》2015年碩士論文　論文類型：學(xué)位論文

【摘要】：豬白細胞抗原(Swine Lymphocyte Antigen,SLA)II類是豬基因組中掌管免疫反應(yīng)的主要基因家族,其主要表達基因為SLA-DQ和SLA-DR基因。本研究采用PCR-SSCP和克隆測序技術(shù)對290頭煙臺黑豬仔豬的SLA-DQA和DRA基因中的六個外顯子多態(tài)性進行檢測并構(gòu)建基因單倍型,闡述基因型、單倍型與仔豬腹瀉疾病的相關(guān)性,利用多種生物信息學(xué)軟件預(yù)測和分析該基因蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能,以期了解SLA-DQA和DRA基因的遺傳特性,預(yù)測該基因蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能,分析SLA-DQA和DRA基因作為豬的抗病育種候選基因的可能性,并為豬多基因復(fù)雜遺傳病的研究提供一定的理論依據(jù)。具體研究結(jié)果如下:1.煙臺黑豬SLA-DQA基因外顯子2包括4種等位基因和5種基因型(AA、BB、AB、AC和AD)、外顯子3包括6種等位基因(A、B、C、D、E和F)和8種基因型(AA、BB、AB、CC、BC、DD、EE和CF)、外顯子4檢測到4種等位基因(A、B、C和D)形成了7種基因型(AA、BB、AB、CC、BC、AD和BD);SLA-DRA基因外顯子1檢測到2種等位基因(A和B)和3種基因型(AA、BB和AB)、外顯子2包括3種等位基因(A、B和C)和4種基因型(AA、BB、AB和AC)、外顯子4檢測到5種等位基因(A、B、C、D和E),形成了8種基因型(AA、BB、AB、CC、AC、BC、DD和AE)。2.煙臺黑豬SLA-DQA基因外顯子2、3和4核苷酸序列上分別檢測出20、9和3個SNPs,導(dǎo)致10、7和1個氨基酸改變;SLA-DRA基因外顯子1、2和4上分別檢測出2、2和7個SNPs,導(dǎo)致1、1和5個氨基酸改變。檢測到發(fā)現(xiàn)四個新等位基因序列,GenBank序列登錄號為KM411978、KM411974、KM485557和KM485560。3.SLA-DQA基因外顯子2表現(xiàn)為中度多態(tài),外顯子3和4表現(xiàn)為高度多態(tài)性,遺傳多樣性豐富;SLA-DRA基因外顯子1遺傳變異程度最小,屬低度多態(tài),外顯子2和4分別屬于中度和高度多態(tài)。4.性別效應(yīng)對腹瀉影響不明顯(p0.05),基因型對腹瀉影響極顯著(p0.01)。在SLA-DQA基因中,外顯子2的基因型AB、AC和AD,外顯子3中基因型BC和DD,外顯子4中基因型BC的腹瀉影響極顯著高于其它基因型(p0.01);在SLA-DRA基因中,外顯子1對仔豬腹瀉影響不顯著(p0.05);外顯子2的基因型AC和外顯子4中基因型CC、DD和AE的腹瀉影響極顯著高于其他基因型(p0.01),這些基因型可能是腹瀉易感基因型。5.SLA-DQA和SLA-DRA基因分別構(gòu)建了20和14種單倍型,各單倍型之間頻率分布不均勻,單倍型顯著影響仔豬腹瀉評分(p0.05)。D’和r2檢驗顯示SLA-DQA和SLA-DRA基因均存在連鎖不平衡現(xiàn)象,在SLA-DQA中,Hap3、Hap18和Hap20的腹瀉評分極顯著高于其他單倍型(p0.01),Hap4和Hap15的腹瀉評分最低,為0;在SLA-DRA中,Hap3和Hap11的仔豬腹瀉評分極顯著高于其他單倍型(p0.01),Hap14的腹瀉評分最低。腹瀉評分較低的單倍型可能對腹瀉疾病具有一定的抗性。6.SLA-DQA和SLA-DRA基因蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)相似,其二級結(jié)構(gòu)均為親水性混合型蛋白質(zhì),包括α螺旋、β折疊、無規(guī)則卷曲和延伸鏈四種結(jié)構(gòu)。預(yù)測的SLA-DQA和SLA-DRA基因蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)均是由一條α鏈組成的單鏈分子,編碼α1抗原結(jié)合區(qū)。SLA-DQA和SLA-DRA蛋白質(zhì)在信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、受體、脅迫應(yīng)答、免疫應(yīng)答和生長因子的幾率均較高,說明兩種基因在個體的免疫功能和生長調(diào)控方面起重要作用。本研究結(jié)果說明煙臺黑豬SLA-DQA和SLA-DRA基因各外顯子具有不同程度的多態(tài)性,基因型和單倍型對仔豬腹瀉評分具有顯著影響,SLA-DQA和SLA-DRA蛋白是由一條α鏈組成的親水性不穩(wěn)定混合蛋白質(zhì),具有抗原結(jié)合位點,對豬的抗原結(jié)合、呈遞能力和生產(chǎn)性狀等方面起到較高的調(diào)節(jié)作用,本研究結(jié)果表明SLA-DQA和SLA-DRA基因可以作為豬抗病性候選基因,為豬的抗病機制及多基因復(fù)雜遺傳病的研究提供一定的理論基礎(chǔ)。
[Abstract]:Swine leukocyte antigen (Swine Lymphocyte Antigen, SLA II) is mainly in charge of the immune response in the swine genome gene family, the gene expression of SLA-DQ and SLA-DR gene. This study used PCR-SSCP cloning and sequencing of 290 Yantai black pigs piglets SLA-DQA and DRA gene in exon six polymorphism detect and construct the gene haplotype, this genotype, haplotype and correlation of piglet diarrhea disease, the structure and function of using a variety of bioinformatics software analysis and prediction of the protein gene, in order to understand the genetic characteristics of SLA-DQA and DRA genes, predict the structure and function of the protein gene, SLA-DQA gene and DRA gene as a possibility analysis the candidate genes for pig breeding, and provide a theoretical basis for the pig gene complex genetic disease research. The results are as follows: 1. Yantai black pig SLA-DQA gene 澶栨樉瀛，

本文編號：1618617