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利用RNA-seq技術(shù)篩選大白豬皮下和肌內(nèi)脂肪組織差異表達基因

發(fā)布時間:2018-03-02 23:37

  本文選題:肌內(nèi)脂肪 切入點:皮下脂肪 出處:《遺傳》2017年06期  論文類型:期刊論文


【摘要】:為了比較分析大白豬皮下和肌內(nèi)脂肪組織的全轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),探究調(diào)控脂肪沉積的分子機制,本文采用RNA-seq技術(shù)和生物信息學方法鑒定大白豬皮下和肌內(nèi)脂肪組織基因表達譜,對差異表達基因進行GO(Gene Ontology)分析、信號通路富集分析以及蛋白互作網(wǎng)絡分析。大白豬皮下和肌內(nèi)脂肪組織中有180個基因差異表達,上調(diào)基因主要參與細胞增殖、脂質(zhì)激酶活性和磷脂代謝等與脂質(zhì)代謝相關(guān)的生物學過程正調(diào)控,下調(diào)基因顯著富集于脂肪細胞分化中起重要調(diào)控作用的MAPK信號轉(zhuǎn)導通路。差異表達基因主要通過參與脂質(zhì)代謝及通過MAPK信號轉(zhuǎn)導通路調(diào)控脂肪細胞成脂分化,進而影響大白豬皮下和肌內(nèi)脂肪的沉積。
[Abstract]:In order to compare and analyze the total transcriptional data of subcutaneous and intramuscular adipose tissue of white pig and to explore the molecular mechanism of regulating fat deposition, RNA-seq technique and bioinformatics were used to identify the gene expression profiles of subcutaneous and intramuscular adipose tissue in white pig. The differentially expressed genes were analyzed by GO(Gene Ontology analysis, signal pathway enrichment analysis and protein interaction network analysis. 180 genes were differentially expressed in subcutaneous and intramuscular adipose tissues of white pigs, and up-regulated genes were mainly involved in cell proliferation. The biological processes related to lipid metabolism, such as lipid kinase activity and phospholipid metabolism, are positively regulated. The down-regulated genes are significantly enriched in the MAPK signal transduction pathway, which plays an important role in adipocyte differentiation. The differentially expressed genes are mainly involved in lipid metabolism and adipocyte adipogenic differentiation through MAPK signal transduction pathway. In turn, it affects the deposition of subcutaneous and intramuscular fat in white pigs.
【作者單位】: 中國農(nóng)業(yè)科學院北京畜牧獸醫(yī)研究所;
【基金】:中央級公益性科研院所基本科研業(yè)務費專項資金項目(編號:2013ywf-yb-5,2013ywf-zd-2) 中國農(nóng)業(yè)科學院農(nóng)業(yè)科技創(chuàng)新項目(編號:ASTIP-IAS05);中國農(nóng)業(yè)科學院創(chuàng)新基金項目(2004-院-1) 國家高技術(shù)研究發(fā)展計劃項目(“863”計劃)(編號:2008AA10Z140) 國家重點基礎(chǔ)研究發(fā)展計劃項目(“973”計劃)(編號:2015CB943100)資助~~
【分類號】:S828

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本文編號:1558636

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