本文關鍵詞： 谷胱甘肽 長鏈非編碼RNA 轉錄組測序 共表達分析 靶基因　出處：《畜牧獸醫(yī)學報》2017年07期 　論文類型：期刊論文

【摘要】：旨在探究培養(yǎng)液中添加3mmol·L~(-1)谷胱甘肽(Glutathione,GSH)對牛體外受精胚胎中長鏈非編碼RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)表達譜的影響。收集8~16-細胞期和桑椹期的胚胎,構建文庫后測序,篩選差異lncRNAs,共表達分析后,獲得的差異基因進行GO功能注釋和KEGG通路分析;同時對lncRNA進行了順式作用靶基因的預測及其功能分析;通過熒光定量PCR對8個lncRNAs表達水平進行檢測,驗證測序結果的準確性。測序共得到4 273個lncRNAs,通過對其表達量、長度和外顯子個數(shù)分析表明,測序數(shù)據(jù)的可靠性較好。篩選共得到59個差異lncRNAs(其中23個在對照組(不添加GSH)上調,而在處理組(添加3mmol·L-1 GSH)下調;36個在對照組下調,而在處理組上調),在對照組和處理組中,59個lncRNAs分別與754和2 782個蛋白編碼基因共表達,這些基因分別參與47和48個功能分類,且主要富集于5和13條信號通路。對23和36個差異lncRNAs臨近的145和154個蛋白編碼基因進行GO注釋,結果表明,這些基因分別參與35和43個功能分類。14個lncRNAs共表達的差異基因參與谷胱甘肽代謝通路。綜上表明,在培養(yǎng)液中添加GSH能導致胚胎lncRNA表達譜的變化。
[Abstract]:The aim of this study was to investigate the effect of 3mmol 路L ~ (-1) glutathione (Glutathione) on the expression profile of RNA(Long non-coding in bovine embryos in vitro fertilization (IVF). The differentially obtained genes were analyzed by go functional annotation and KEGG pathway analysis, and the cis-acting target genes were predicted and their functions were analyzed. Eight lncRNAs expression levels were detected by fluorescence quantitative PCR. To verify the accuracy of the sequencing results, a total of 4 273 lncRNAss were obtained by sequencing, and the expression, length and number of exons were analyzed. The reliability of sequencing data was good. A total of 59 differences in lncRNAss (23 of which were up-regulated in the control group (no GSH added), but down-regulated in the treatment group (adding 3mmol 路L-1 GSH) and 36 in the control group were obtained. However, in the treatment group, 59 lncRNAs were coexpressed with 754 and 2 782 protein coding genes in the control group and in the treatment group, respectively. These genes were involved in 47 and 48 functional classifications, respectively. It was mainly concentrated in 5 and 13 signal pathways. Go annotation was performed on 145 and 154 protein coding genes adjacent to 23 and 36 differential lncRNAs. These genes were involved in 35 and 43 functional classifications respectively. Fourteen differentially expressed genes of lncRNAs were involved in the glutathione metabolism pathway. It was concluded that the addition of GSH to the culture medium resulted in the change of lncRNA expression profile in embryos.
【作者單位】： 中國農(nóng)業(yè)科學院北京畜牧獸醫(yī)研究所;
【基金】：中國農(nóng)業(yè)科學院科技創(chuàng)新工程“家畜胚胎工程與繁殖創(chuàng)新團隊”(ASTIP-IAS06-2017) 國家科技支撐項目(2012BAD12B01-2)
【分類號】：S823

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本文編號：1542390