本文關(guān)鍵詞： 林麝 菌群結(jié)構(gòu) OTU稀釋曲線 共享菌群　出處：《中國農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報》2016年02期 　論文類型：期刊論文

【摘要】：為研究林麝糞便細(xì)菌的結(jié)構(gòu)與組成,選取6只2~3歲的圈養(yǎng)條件相同且健康的公林麝,飼喂精粗比為2∶8的飼糧,收集其新鮮糞便,提取其總DNA,然后用16SrRNA細(xì)菌通用引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增,并用Illumina Miseq250PE測序平臺,對擴(kuò)增子進(jìn)行Miseq雙端測序。結(jié)果顯示:1)借助Illumina Miseq250PE測序平臺對樣品進(jìn)行測序,共獲得85 091條有效序列,5 133個有效OTU。2)所得OTU經(jīng)物種注釋被歸類為23個門,其中厚壁菌門(Firmicutes)(51.1%±19.9%)、擬桿菌門(Bacteroidetes)(35.6%±15.5%)、變形菌門(Proteobacteria)(5.2%±5.6%)和未分類菌門(*Unassigned)(2.2%±1.0%)為優(yōu)勢菌門,其總和達(dá)到菌群相對含量的94.1%;將其進(jìn)一步分為240個菌屬,其中18個為共享菌屬,擬桿菌目(*Bacteroidales)(16.5%±10.2%)、瘤胃菌科(*Ruminococcaceae)(14.7%±13.8%)和梭菌目(*Clostridiales)(13.7%±3.9%)含量相對較高。3)OTUs稀釋曲線均未達(dá)到平臺期,說明測序深度不足以覆蓋所有的菌群。4)非加權(quán)聚類圖(PUGMA)顯示樣品B和E、C和F的菌群多樣性相似度較高,而樣品A和其他樣品的相似度相對較低。由此可見,在正常狀態(tài)下,健康林麝糞便分布有23個門類細(xì)菌群落,以Firmicutes、Bacteroidetes和Proteobacteria為優(yōu)勢菌群,進(jìn)一步將林麝糞便細(xì)菌群落細(xì)分為240個屬且發(fā)現(xiàn)林麝個體間菌群差異性較小且與其他草食動物優(yōu)勢菌群結(jié)構(gòu)相似。
[Abstract]:In order to study the structure and composition of faecal bacteria of musk deer, six male musk deer aged 2 to 3 years old in captivity were selected and fed with a diet of 2: 8. The fresh feces were collected and the total DNA was extracted. Then 16s rRNA bacterial universal primers were used for PCR amplification and Illumina Miseq250PE sequencing platform. Miseq biterminal sequencing of the Amplifier was carried out. The results showed that the sample was sequenced by using Illumina Miseq250PE sequencing platform. A total of 85 091 valid sequences of 5 133 valid OTU. 2 were obtained. The OTU was classified as 23 by species annotation. Among them, 51.1% 鹵19.9% of the phylum Firmicutesus and 35.6% 鹵15.5% of Bacteroides sp.). Proteobacteria amurensis (5.2% 鹵5.6%) and Unassignedae (2.2% 鹵1.0%) were the dominant phylum. The sum of them reached 94.1% of the relative content of the flora. It was further divided into 240 genera, 18 of which were shared genera. Bacteroidalesus was 16.5% 鹵10.2%. (Ruminococcaceaeae 14.7% 鹵13.8.) and Clostridial (13.7% 鹵3.9%). The dilution curve of OTUs with relatively high content did not reach the plateau stage. The results indicated that the sequencing depth was not enough to cover all the bacteria. 4) the unweighted cluster map (PUGMA) showed that samples B, EPC and F had higher similarity of flora diversity. The similarity between sample A and other samples was relatively low. It can be seen that under normal condition there are 23 species of bacteria communities in the feces of healthy forest musk deer with Firmicutes. Bacteroidetes and Proteobacteria were the dominant flora. The faecal bacterial community was further subdivided into 240 genera, and it was found that there was little difference among individuals and similar to the dominant flora structure of other herbivorous animals.
【作者單位】： 四川農(nóng)業(yè)大學(xué)動物營養(yǎng)研究所/動物抗病營養(yǎng)教育部重點實驗室;四川省養(yǎng)麝研究所;
【基金】：四川省科技廳國際合作項目(2013HH0043)
【分類號】：S858.94
【正文快照】： 林麝(Moschus berezovskii),又名香獐、林獐、麝獐等,是重要的東亞特產(chǎn)動物,隸屬麝科麝屬[1],主要分布于中國西南部,是我國一級重點野生保護(hù)動物[2]。林麝所產(chǎn)麝香,具有很高的藥用價值,被譽為“軟黃金”[3],從20世紀(jì)60年代起我國便開始進(jìn)行人工林麝養(yǎng)殖。但到目前為止,林麝的

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號：1455636