本文關(guān)鍵詞：北京油雞和來航雞脾臟差異表達(dá)microRNA的鑒定與分析

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【摘要】：【目的】明確北京油雞和來航雞脾臟重量、組織結(jié)構(gòu)及其mi RNA表達(dá)譜的差異,篩選與兩個(gè)雞種免疫應(yīng)答能力差異相關(guān)的候選基因,為家禽抗病育種研究奠定基礎(chǔ)�！痉椒ā窟x取1日齡同期孵化的北京油雞和來航雞母雛各45只作為試驗(yàn)材料,在相同營養(yǎng)水平和環(huán)境條件下飼養(yǎng),42日齡測量體重和脾臟重。每個(gè)品種隨機(jī)選取3只個(gè)體(體重接近群體均值),取其一半脾臟組織制作石蠟切片,利用H.E.染色,顯微鏡下觀察脾臟組織結(jié)構(gòu)、脾小體的數(shù)量和動(dòng)脈周圍淋巴鞘厚度。提取另一半脾臟組織中的小RNA,等量混合組成2個(gè)RNA池,構(gòu)建c DNA文庫,利用Solexa平臺(tái)進(jìn)行高通量測序。測序結(jié)果與參考基因組數(shù)據(jù)庫比對(duì)獲得表達(dá)基因。利用Mireap軟件預(yù)測新mi RNAs基因。利用RPKM(reads per kb per million reads)方法計(jì)算基因的表達(dá)量,根據(jù)FDR(false discovery rate)0.001和|log2 ratio(T/CK)|≥1的標(biāo)準(zhǔn)篩選差異表達(dá)的基因。利用Target Scan和Pictar軟件預(yù)測差異表達(dá)mi RNA的靶基因,并對(duì)其進(jìn)行GO和KEGG數(shù)據(jù)庫功能注釋。利用DAVID軟件對(duì)靶基因蛋白進(jìn)行富集分析。將預(yù)測靶基因與已知脾臟重和脾臟指數(shù)相關(guān)QTL區(qū)域注解的基因取交集�！窘Y(jié)果】在42日齡,北京油雞的體重和脾臟重均顯著高于來航雞(P0.01)。組織學(xué)觀察顯示,兩個(gè)雞種的脾臟組織結(jié)構(gòu)發(fā)育完整,可見清晰的白髓、紅髓、脾小結(jié)和動(dòng)脈周圍淋巴細(xì)胞鞘。與來航雞相比,北京油雞脾小體的數(shù)量更多、動(dòng)脈周圍淋巴鞘更厚,鞘內(nèi)淋巴細(xì)胞也更為密集。高通量測序在兩組樣本共鑒定出486種已知mi RNA、130個(gè)候選mi RNA和216個(gè)共表達(dá)mi RNA。兩組間顯著差異表達(dá)的mi RNA共計(jì)35種,其中在北京油雞中有8個(gè)表達(dá)上調(diào),27個(gè)表達(dá)下調(diào),它們的變化倍數(shù)在1.002—10.41之間。差異基因表達(dá)豐度在前5位的mi RNA是mi R-2954、mi R-6606-5p、mi R-146b-5p、mi R-21-3p和mi R-21-5p,對(duì)其2 767個(gè)靶基因的生物信息學(xué)分析結(jié)果顯示,它們參與了T和B淋巴細(xì)胞的分化、免疫器官的發(fā)育、蛋白質(zhì)磷酸化和細(xì)胞形態(tài)發(fā)生等生物學(xué)過程,并在泛素介導(dǎo)的蛋白水解、凋亡和磷脂酰肌醇信號(hào)系統(tǒng)等14個(gè)通路中顯著富集。mi R-6606-5p、mi R-146b-5p的共同靶基因BLM和mi R-2954的靶基因IRF8均定位于脾重或脾指數(shù)相關(guān)的QTL區(qū)域�！窘Y(jié)論】(1)42日齡北京油雞和來航雞脾重、組織結(jié)構(gòu)及其mi RNA表達(dá)譜的確存在一些差異。(2)某些重要的差異高豐度表達(dá)mi RNA(如mi R-2954、mi R-6606-5p、mi R-146b-5p、mi R-21-3p和mi R-21-5p)可能通過對(duì)靶基因調(diào)控,來參與調(diào)節(jié)T、B淋巴細(xì)胞分化、增殖、激活等過程,進(jìn)而影響脾臟的重量、組織結(jié)構(gòu)及其免疫應(yīng)答能力。
【作者單位】： 河北科技師范學(xué)院;
【基金】：國家青年科學(xué)基金(31001003) 河北省教育廳優(yōu)秀青年科學(xué)基金(Y2011118) 河北省自然科學(xué)基金(C2012407009) 河北省現(xiàn)代農(nóng)業(yè)公關(guān)計(jì)劃(15226302D) 河北省高等學(xué)校創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)領(lǐng)軍人才培育計(jì)劃(LJRC004) 河北省現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系蛋雞產(chǎn)業(yè)創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)項(xiàng)目
【分類號(hào)】：S831
【正文快照】： Identification and Bioinformatics Analysis of Differential ExpressionMicro RNAs in the Spleen Between Beijing Fatty Chickens andLeghorns ChickensGENG Li-ying,PAN Su-min,CHEN Juan,ZHU Wen-jin,GONG Yuan-fang,LIU Zheng-zhu,PENG Yong-dong,ZHAO Shu-yu,ZHANG C

【參考文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 吳春梅;趙桂蘋;文杰;陳繼蘭;鄭麥青;陳國宏;;中國北京油雞和引進(jìn)白來航蛋雞免疫性狀的比較[J];畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào);2007年12期

【共引文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 肖雄;孔麗娜;吳銀寶;張文武;羅慶斌;;不同季節(jié)對(duì)鵝若干生理和免疫指標(biāo)的影響[J];家畜生態(tài)學(xué)報(bào);2014年07期

2 王存波;常國斌;竇套存;曲亮;雷黎立;周瓊;廖菁;包文斌;陳國宏;;文昌雞免疫性狀與部分生長性能的相關(guān)分析[J];西北農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào);2009年02期

3 包文斌;葉蘭;潘章源;朱t，

本文編號(hào)：1243456