本文關(guān)鍵詞：微陣列預(yù)測分析法篩選乙型肝炎肝硬化發(fā)生的風(fēng)險(xiǎn)基因

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【摘要】：目的采用基因芯片技術(shù)篩選預(yù)測乙型肝炎肝硬化發(fā)生的風(fēng)險(xiǎn)基因。方法收集2008年4月-2010年12月于上海交通大學(xué)附屬第一人民醫(yī)院就診的慢性乙型肝炎(CHB)患者40例,建立蕊片篩選風(fēng)險(xiǎn)基因隊(duì)列(分為5組:S0、S1、S2、S3、S4;每組8例),肝活組織病理學(xué)檢查確定肝纖維化分期(以Scheuer病理評分為標(biāo)準(zhǔn)),另留取臨床資料和肝組織樣本。采用人Affymetrix基因芯片技術(shù)檢測CHB患者肝組織的基因表達(dá)譜,微陣列顯著分析(SAM)和微陣列預(yù)測分析(PAM)篩選預(yù)測肝硬化發(fā)生的風(fēng)險(xiǎn)基因組。實(shí)時(shí)定量PCR驗(yàn)證風(fēng)險(xiǎn)基因mRNA在肝組織中的表達(dá)情況。分類資料采用χ2檢驗(yàn)進(jìn)行比較;符合正態(tài)分布的連續(xù)變量比較采用t檢驗(yàn)和單因素方差分析,進(jìn)一步兩兩比較采用SNK-q檢驗(yàn);不滿足正態(tài)分布的采用Mann-Whitney U秩和檢驗(yàn)。結(jié)果Affymetrix基因芯片共篩選出1674個差異表達(dá)基因,差異基因聚類分析顯示肝纖維化分期不同,組間的基因表達(dá)也存在差異,從而提示基因表達(dá)譜與組織纖維化分期存在較好的一致性。以4種不同的分類法分析,SAM篩選出87個顯著基因,進(jìn)而采用PAM篩選出14個"高風(fēng)險(xiǎn)"基因。實(shí)時(shí)定量PCR驗(yàn)證得出6個風(fēng)險(xiǎn)基因(CD24、CXCL6、EHF、ITGBL1、LUM和SOX9)在各組間的(S0、S1~S3和S4)的表達(dá)差異存在統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P0.05),其在S1~S3組和S4組中的表達(dá)較S0組均顯著上調(diào)(P值均0.05)。結(jié)論基因芯片分析方法篩選并驗(yàn)證出的6個高風(fēng)險(xiǎn)基因有助于預(yù)測CHB患者有無肝硬化發(fā)生的可能性,可以作為預(yù)測乙型肝炎肝硬化發(fā)生的診斷基因。
【作者單位】： 上海交通大學(xué)附屬第一人民醫(yī)院消化科;
【關(guān)鍵詞】： 肝炎 乙型 慢性 肝硬化 基因表達(dá) 微陣列分析
【基金】：國家科技部“十二五”重大專項(xiàng)(2013ZX10002004-002-003) 國家自然基金面上項(xiàng)目(81570547) 院優(yōu)秀青年培養(yǎng)計(jì)劃(061405)
【分類號】：R512.62;R575.2
【正文快照】： 據(jù)統(tǒng)計(jì),全球有20億人曾感染HBV,每年有超過50萬人死于HBV感染相關(guān)的肝細(xì)胞癌(HCC)、肝衰竭等終末期肝病[1]。在長期感染HBV的患者中有10%~33%可以進(jìn)展為慢性乙型肝炎(CHB),而其中20%~50%的患者會進(jìn)一步發(fā)展為肝硬化[2]。肝硬化進(jìn)展的臨床高危因素包括:HBV復(fù)制活躍(HBVDNA105~

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本文編號：591339