發(fā)布時(shí)間：2017-06-09 14:11

  本文關(guān)鍵詞：長(zhǎng)分子非編碼RNA與疾病關(guān)聯(lián)關(guān)系預(yù)測(cè)，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：生物信息學(xué)(Bioinformatics)是生物學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)與應(yīng)用數(shù)學(xué)等學(xué)科相互交叉而形成的一門新興學(xué)科。它是通過(guò)對(duì)生物學(xué)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)進(jìn)行獲取,加工,采用合適的計(jì)算模型,對(duì)得到的數(shù)據(jù)結(jié)果進(jìn)行存儲(chǔ)、檢索和分析,從而揭示出這些數(shù)據(jù)所蘊(yùn)含的生物學(xué)意義。對(duì)生物信息方面的研究,有助于加速醫(yī)學(xué)發(fā)展的進(jìn)步,為臨床試驗(yàn)提供大量的參考數(shù)據(jù),因此具有十分重要的理論價(jià)值和現(xiàn)實(shí)意義。人類基因組中僅有1%到2%是負(fù)責(zé)蛋白質(zhì)編碼的基因,其余不編碼蛋白質(zhì)的RNA稱之為非編碼RNA(non-coding RNA,nc RNA)。研究發(fā)現(xiàn),長(zhǎng)分子非編碼RNA在人類的生理變化和一些疾病產(chǎn)生中扮演了重要的角色,例如基因組的印記、細(xì)胞分化變異、免疫應(yīng)對(duì)、腫瘤發(fā)生等。因此,開發(fā)出一個(gè)基于這些數(shù)據(jù)集的計(jì)算模型去預(yù)測(cè)長(zhǎng)分子非編碼RNA與疾病之間關(guān)聯(lián)關(guān)系是非常必要的。近年來(lái)越來(lái)越多的計(jì)算模型被成功的應(yīng)用于預(yù)測(cè)與疾病相關(guān)聯(lián)的編碼蛋白質(zhì)的基因或者微RNA中,能夠有效地促進(jìn)人們對(duì)復(fù)雜疾病基礎(chǔ)層面的認(rèn)識(shí),更有助于人們研制出治愈它們的藥物。針對(duì)長(zhǎng)分子非編碼RNA與疾病關(guān)聯(lián)關(guān)系的預(yù)測(cè)研究,本論文對(duì)基于網(wǎng)絡(luò)的隨機(jī)游走算法,及傳統(tǒng)的K近鄰算法進(jìn)行了分析和改進(jìn)并應(yīng)用于lnc RNA-disease關(guān)聯(lián)預(yù)測(cè),主要工作如下:1.提出了基于異構(gòu)網(wǎng)絡(luò)的Lnc RNA-Disease預(yù)測(cè)方法,基于獲取的的長(zhǎng)分子非編碼RNA相似性矩陣、疾病相似性矩陣和長(zhǎng)分子非編碼RNA與疾病的關(guān)聯(lián)關(guān)系矩陣,在改進(jìn)相似性矩陣的基礎(chǔ)上構(gòu)造一個(gè)異構(gòu)網(wǎng)絡(luò),并應(yīng)用隨機(jī)游走算法預(yù)測(cè)lnc RNA-disease關(guān)聯(lián)。留一交叉法實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,AUC值為0.9544,相對(duì)于僅在lnc RNA功能相似性網(wǎng)絡(luò)上隨機(jī)游走的預(yù)測(cè)算法,具有更好的結(jié)果。2.提出了基于二次K近鄰算法的Lnc RNA-Disease預(yù)測(cè)方法,在原有的K近鄰算法基礎(chǔ)上進(jìn)行擴(kuò)展,可以增加已知節(jié)點(diǎn)的冗余度,從而就間接增大了數(shù)據(jù)集中結(jié)點(diǎn)的數(shù)量。在此基礎(chǔ)上,提出了加權(quán)的二次K近鄰算法,并將之應(yīng)用到Lnc RNA-disease關(guān)聯(lián)預(yù)測(cè)中。留一交叉法實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,AUC值為0.8685,與傳統(tǒng)K近鄰算法相對(duì)比,具有更好的結(jié)果。3.設(shè)計(jì)并構(gòu)建了基于B/S架構(gòu)的lnc RNA-disease在線數(shù)據(jù)查詢網(wǎng)站。為了支持網(wǎng)絡(luò)醫(yī)學(xué)的發(fā)展,為lnc RNA-disease關(guān)聯(lián)發(fā)現(xiàn)提供幫助�；贐/S架構(gòu),采用.NET+SQL模式構(gòu)建了一個(gè)在線數(shù)據(jù)查詢網(wǎng)站。該網(wǎng)站主要包括相關(guān)數(shù)據(jù)信息的查詢、下載和在線添加新數(shù)據(jù)三個(gè)主要功能模塊。相關(guān)系統(tǒng)測(cè)試表明,系統(tǒng)具有較好的穩(wěn)定性。
【關(guān)鍵詞】：生物信息學(xué) 長(zhǎng)分子非編碼RNA 疾病 異構(gòu)網(wǎng)絡(luò) 二次K近鄰算法
【學(xué)位授予單位】：河南大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：R3416
【目錄】：

• 摘要4-6
• ABSTRACT6-10
• 1 緒論10-20
• 1.1 研究背景10-13
• 1.1.1 DNA與基因11-12
• 1.1.2 RNA12
• 1.1.3 微RNA12-13
• 1.1.4 長(zhǎng)分子非編碼RNA13
• 1.2 國(guó)內(nèi)外研究現(xiàn)狀13-16
• 1.2.1 相關(guān)生物數(shù)據(jù)庫(kù)13-14
• 1.2.2 預(yù)測(cè)算法介紹14-16
• 1.3 研究?jī)?nèi)容及意義16-17
• 1.4 論文中的性能指標(biāo)評(píng)價(jià)方法17-18
• 1.5 章節(jié)安排18-20
• 2 基于異構(gòu)網(wǎng)絡(luò)的lncRNA-疾病預(yù)測(cè)20-32
• 2.1 引言20
• 2.2 數(shù)據(jù)獲取20-21
• 2.2.1 lncRNA-疾病關(guān)聯(lián)關(guān)系矩陣20
• 2.2.2 疾病功能相似性20-21
• 2.3 數(shù)據(jù)處理21-22
• 2.3.1 lncRNA功能相似性矩陣構(gòu)建21-22
• 2.3.2 疾病功能相似性矩陣構(gòu)建22
• 2.4 算法描述22-28
• 2.4.1 隨機(jī)游走模型22-24
• 2.4.2 基于lncRNA功能相似性網(wǎng)絡(luò)隨機(jī)游走算法介紹24
• 2.4.3 改進(jìn)算法思想24-26
• 2.4.4 具體實(shí)現(xiàn)過(guò)程26-28
• 2.5 實(shí)驗(yàn)分析28-31
• 2.5.1 評(píng)價(jià)指標(biāo)28-29
• 2.5.2 結(jié)果分析29-31
• 2.6 本章小結(jié)31-32
• 3 基于二次K近鄰的lncRNA-疾病預(yù)測(cè)32-40
• 3.1 引言32-33
• 3.1.1 算法描述32-33
• 3.1.2 算法分析33
• 3.2 數(shù)據(jù)獲取33-34
• 3.3 基于二次K近鄰的預(yù)測(cè)算法34-36
• 3.3.1 未加權(quán)的二次K近鄰算法34-35
• 3.3.2 加權(quán)的二次K近鄰算法35-36
• 3.4 實(shí)驗(yàn)分析36-39
• 3.4.1 實(shí)驗(yàn)結(jié)果驗(yàn)證及分析36-38
• 3.4.2 預(yù)測(cè)結(jié)果38-39
• 3.5 本章小結(jié)39-40
• 4 lncRNA-疾病關(guān)聯(lián)關(guān)系查詢網(wǎng)站的設(shè)計(jì)與實(shí)現(xiàn)40-50
• 4.1 系統(tǒng)體系結(jié)構(gòu)40-41
• 4.2 系統(tǒng)總體功能結(jié)構(gòu)41
• 4.3 數(shù)據(jù)庫(kù)設(shè)計(jì)41-42
• 4.3.1.邏輯結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì)41-42
• 4.3.2.數(shù)據(jù)物理結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì)42
• 4.4 具體功能及頁(yè)面展示42-45
• 4.4.1 搜索頁(yè)面展示42-44
• 4.4.2 下載現(xiàn)有數(shù)據(jù)集頁(yè)面展示44-45
• 4.4.3 添加新數(shù)據(jù)頁(yè)面展示45
• 4.5 系統(tǒng)測(cè)試45-48
• 4.5.1 測(cè)試環(huán)境45-46
• 4.5.2 主要功能測(cè)試46-47
• 4.5.3 系統(tǒng)壓力測(cè)試47-48
• 4.5.4 運(yùn)行與維護(hù)48
• 4.6 本章小結(jié)48-50
• 5 總結(jié)與展望50-52
• 5.1 總結(jié)50-51
• 5.2 展望51-52
• 參考文獻(xiàn)52-54
• 致謝54-55

【相似文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 魯慧英;Detection of hepatitis C virus RNA sequences in cholangiocarcinomas in Chinese and American patients[J];Chinese Medical Journal;2000年12期

2 ;Detection the HCV RNA by PCR-microplate hybridization method from clinical specimens[J];中國(guó)輸血雜志;2001年S1期

3 付漢江,鄭曉飛;類mRNA RNA研究進(jìn)展[J];國(guó)外醫(yī)學(xué)(分子生物學(xué)分冊(cè));2002年04期

4 Verheyden B ,徐其武;口服脊髓灰質(zhì)炎疫苗核殼和RNA的穩(wěn)定性[J];國(guó)外醫(yī)學(xué).預(yù)防.診斷.治療用生物制品分冊(cè);2002年01期

5 CMBE譯文組;探索小RNA的功能[J];現(xiàn)代臨床醫(yī)學(xué)生物工程學(xué)雜志;2004年03期

6 沈維干;RNA interference and its current application in mammals[J];Chinese Medical Journal;2004年07期

7 ;Potent and specific inhibition of SARS-CoV antigen expression by RNA interference[J];Chinese Medical Journal;2005年09期

8 孫娣;汪洋;張麗娟;閆玉清;;一種簡(jiǎn)捷提取植物總RNA的方法[J];黑龍江醫(yī)藥;2005年06期

9 熊慧華;于世英;胡廣原;莊亮;;Effects of Survivin Expression Suppressed by Short Hairpin RNA on MCF-7 Cells[J];華中科技大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)英德文版);2006年03期

10 楊益超;;RNA干擾及其在醫(yī)學(xué)中的應(yīng)用[J];廣西醫(yī)學(xué);2007年10期

中國(guó)重要會(huì)議論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 金由辛;;面向21世紀(jì)的RNA研究[A];面向21世紀(jì)的科技進(jìn)步與社會(huì)經(jīng)濟(jì)發(fā)展（下冊(cè)）[C];1999年

2 ;第四屆RNA全國(guó)研討會(huì)大會(huì)報(bào)告日程安排[A];第四屆全國(guó)RNA進(jìn)展研討會(huì)論文集[C];2005年

3 ;Function of Transfer RNA Modifications in Plant Development[A];植物分子生物學(xué)與現(xiàn)代農(nóng)業(yè)——全國(guó)植物生物學(xué)研討會(huì)論文摘要集[C];2010年

4 王峰;張秋平;陳金湘;;棉花總RNA的快速提取方法[A];中國(guó)棉花學(xué)會(huì)2011年年會(huì)論文匯編[C];2011年

5 關(guān)力;陳本iY;iJ云虹;郭培芝;魏重琴;邱蘇吾;苗健;;關(guān)于動(dòng)物}D~T中RNAn,定方法的研究[A];中國(guó)生理科學(xué)會(huì)學(xué)術(shù)會(huì)議論文摘要匯編（生物化學(xué)）[C];1964年

6 夏海濱;;小RNA在免疫學(xué)領(lǐng)域中的應(yīng)用研究進(jìn)展[A];中國(guó)免疫學(xué)會(huì)第五屆全國(guó)代表大會(huì)暨學(xué)術(shù)會(huì)議論文摘要[C];2006年

7 ;The stability of hepatitis C virus RNA in various handling and storage conditions[A];中國(guó)輸血協(xié)會(huì)第四屆輸血大會(huì)論文集[C];2006年

8 郭德銀;;RNA干擾在病毒研究和控制中的應(yīng)用[A];2006中國(guó)微生物學(xué)會(huì)第九次全國(guó)會(huì)員代表大會(huì)暨學(xué)術(shù)年會(huì)論文摘要集[C];2006年

9 甘儀梅;楊業(yè)華;王學(xué)奎;曹燕;楊特武;;棉花總RNA快速提取[A];中國(guó)棉花學(xué)會(huì)2007年年會(huì)論文匯編[C];2007年

10 ;Identification and characterization of novel interactive partner proteins for PCBP1 that is a RNA-binding protein[A];中國(guó)優(yōu)生優(yōu)育協(xié)會(huì)第四屆全國(guó)學(xué)術(shù)論文報(bào)告會(huì)暨基因科學(xué)高峰論壇論文專輯[C];2008年

中國(guó)重要報(bào)紙全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 記者 馮衛(wèi)東;研究人員發(fā)現(xiàn)可破壞腫瘤抑制基因的小RNA[N];科技日?qǐng)?bào);2009年

2 記者 儲(chǔ)笑抒 通訊員 盛偉;人體微小RNA有望提前發(fā)出癌癥預(yù)警[N];南京日?qǐng)?bào);2011年

3 瀘州醫(yī)學(xué)院副教授、科普作家 周志遠(yuǎn);“大頭兒子”與環(huán)狀RNA[N];第一財(cái)經(jīng)日?qǐng)?bào);2014年

4 麥迪信;小分子RNA可能有大作用[N];醫(yī)藥經(jīng)濟(jì)報(bào);2003年

5 董映璧;美發(fā)現(xiàn)基因調(diào)控可回應(yīng)“RNA世界”[N];科技日?qǐng)?bào);2006年

6 張忠霞;特制RNA輕推一下,就能“喚醒”基因[N];新華每日電訊;2007年

7 聶翠蓉;RNA：縱是配角也精彩[N];科技日?qǐng)?bào);2009年

8 馮衛(wèi)東;RNA干擾機(jī)制首次在人體中獲得證實(shí)[N];科技日?qǐng)?bào);2010年

9 馮衛(wèi)東　王小龍;英在地球早期環(huán)境模擬條件下合成類RNA[N];科技日?qǐng)?bào);2009年

10 記者 常麗君;新技術(shù)讓研究進(jìn)入單細(xì)胞內(nèi)RNA的世界[N];科技日?qǐng)?bào);2011年

中國(guó)博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 王趙瑋;昆蟲RNA病毒復(fù)制及昆蟲抗病毒天然免疫機(jī)制研究[D];武漢大學(xué);2014年

2 包純;一類新非編碼RNA的發(fā)現(xiàn)以及產(chǎn)生和功能的初探[D];華中師范大學(xué);2015年

3 李語(yǔ)麗;基于MeRIP-seq的水稻RNA m6A甲基化修飾的研究[D];中國(guó)科學(xué)院北京基因組研究所;2015年

4 熊瑜琳;miR-122靶位基因STAT3調(diào)控長(zhǎng)鏈非編碼 RNA Lethe促進(jìn)HCV復(fù)制的機(jī)制研究[D];第三軍醫(yī)大學(xué);2015年

5 范春節(jié);高通量測(cè)序鑒定毛竹小RNA及其功能分析[D];中國(guó)林業(yè)科學(xué)研究院;2012年

6 王加強(qiáng);小鼠著床前胚胎特異ERV相關(guān)長(zhǎng)非編碼RNA的定向篩選及功能研究[D];東北農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

7 王業(yè)偉;非編碼RNA SPIU的結(jié)構(gòu)和功能研究和p19INK4D在APL發(fā)病中的作用[D];上海交通大學(xué);2013年

8 鄒艷芬;子癇前期中非編碼RNA對(duì)滋養(yǎng)細(xì)胞功能的調(diào)控及機(jī)制探索[D];南京醫(yī)科大學(xué);2015年

9 朱喬;miR-10b在人肝細(xì)胞肝癌發(fā)生中的作用及其機(jī)制的初步探索[D];第四軍醫(yī)大學(xué);2015年

10 蔣俊鋒;長(zhǎng)鏈非編碼RNA BACE1-AS促進(jìn)Aβ聚集及其調(diào)節(jié)BACE1和SERF1a的ceRNA機(jī)制研究[D];第二軍醫(yī)大學(xué);2015年

中國(guó)碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 陸聰兒;條紋斑竹鯊再生肝臟中差異RNA的研究[D];浙江理工大學(xué);2015年

2 張曉輝;小鼠幾種長(zhǎng)鏈非編碼RNA基因功能的初步研究[D];昆明理工大學(xué);2015年

3 全弘揚(yáng);長(zhǎng)鏈非編碼RNA在細(xì)胞內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激反應(yīng)中的相關(guān)作用及機(jī)制研究[D];北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院;2015年

4 胡亮;DDX19A識(shí)別PRRSV基因組RNA并激活NLRP3炎癥小體[D];中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院;2015年

5 張帥兵;應(yīng)用RNA干擾技術(shù)對(duì)旋毛蟲Nudix水解酶基因功能的研究[D];鄭州大學(xué);2015年

6 鄭芳芳;肺癌RNA-Seq數(shù)據(jù)中RNA編輯事件的識(shí)別算法和系統(tǒng)分析[D];蘇州大學(xué);2015年

7 陳瑞東;長(zhǎng)鏈非編碼RNA MEG3在胰腺癌發(fā)生發(fā)展中作用的實(shí)驗(yàn)研究[D];蘇州大學(xué);2015年

8 劉駿武;線蟲和水稻中環(huán)狀RNA的預(yù)測(cè)及分析[D];華中農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

9 李猷;利用RNA干擾技術(shù)提高番茄抗TMV侵染能力的研究[D];牡丹江師范學(xué)院;2015年

10 吳術(shù)盛;SVCV感染EPC細(xì)胞microRNA表達(dá)譜的初步研究[D];華中農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

  本文關(guān)鍵詞：長(zhǎng)分子非編碼RNA與疾病關(guān)聯(lián)關(guān)系預(yù)測(cè)，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號(hào)：435685