目的應(yīng)用生物學(xué)軟件預(yù)測結(jié)核分枝桿菌PPE32基因編碼蛋白的結(jié)構(gòu)和功能。方法從NCBI中獲得PPE32基因及其編碼序列,通過ORF Finder、ProtParam、ProtScaleon Expasy、TMHMM Server v.2.0、SignalP 4.1 Server、TargetP 1.1 Server、NetPhos 3.1 Server、BLAST、SOPMA、SWISS-MODEL、ABCpred、SYFPEITHI、STRING等工具預(yù)測分析PPE32蛋白的相關(guān)生物學(xué)信息。結(jié)果 Rv1808基因全長為1 230 bp,有8個開放閱讀框架,其編碼蛋白為PPE32,由409個氨基酸組成,等電點4.35,為親水性蛋白,無跨膜區(qū)域及信號肽;有31個磷酸化位點,1個保守域;蛋白二級結(jié)構(gòu)中α-螺旋占52.81%,β-折疊占8.31%,β-轉(zhuǎn)角占5.62%,無規(guī)則卷曲占33.25%;有38個（得分>0.5）B細(xì)胞抗原表位和12個（得分>15）T細(xì)胞抗原表位。討論 PPE32蛋白為親水性蛋白,具有潛在的T、B細(xì)胞抗原表位,可作為研發(fā)結(jié)核病疫苗的候選蛋白。 

【文章來源】：中國病原生物學(xué)雜志. 2019,14(02)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：6 頁

【部分圖文】：

圖１Ｒｖ１８０８基因開放閱讀框架Ｆｉｇ．１ＯｐｅｎｒｅａｄｉｎｇｆｒａｍｅｏｆＲｖ１８０８ｇｅｎｅ

Ｐｒｏｔｐａｒａｍ預(yù)測，ＰＰＥ３２蛋白的脂肪族指數(shù)為９５．８２，親水性平均值（ＧＲＡＶＹ）為０．５０４，預(yù)測為親水性蛋白。ＰｒｏｔＳｃａｌｅｏｎＥｘｐａｓｙ分析ＰＰＥ３２蛋白為親水性蛋白（圖２），其中第１１９位氨基酸親水性得分最高，為２．１７８；第１７２和１７３位氨基酸最小親水性得分最低，為－１．９４４。圖２ＰＰＥ３２蛋白的親疏水性分析Ｆｉｇ．２ＨｙｄｒｏｐｈｉｌｉｃｉｔｙｏｆＰＰＥ３２ｐｒｏｔｅｉｎ４ＰＰＥ３２蛋白跨膜區(qū)應(yīng)用ＴＭＨＭＭＳｅｒｖｅｒｖ．２．０預(yù)測ＰＰＥ３２蛋白跨膜螺旋數(shù)為０（圖３），跨膜氨基酸數(shù)為１５．５９９２（＞１８表示很可能為跨膜蛋白），可能在胞質(zhì)內(nèi)的概率為０．０７９９６，表明ＰＰＥ３２蛋白可能為非跨膜區(qū)蛋白，且是一個膜外蛋白，與Ｄｅｎｇ等［６］報道的ＰＰＥ３２蛋白是一種細(xì)胞壁相關(guān)蛋白，定位于細(xì)胞壁的結(jié)果相符。圖３ＰＰＥ３２蛋白跨膜區(qū)分析Ｆｉｇ．３ＴｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅａｎａｌｙｓｉｓｏｆＰＰＥ３２ｐｒｏｔｅｉｎ５ＰＰＥ３２蛋白信號肽及亞細(xì)胞定位應(yīng)用ＳｉｇｎａｌＰ４．１Ｓｅｒｖｅｒ預(yù)測ＰＰＥ３２蛋白前１００個氨基酸，結(jié)果顯示無信號肽（圖４）。前１００個氨基酸中最大Ｃ評分在第３６位氨基酸，評分為０．３８０；最大Ｙ評分在第３６位氨基酸，評分為０．３７２；最大Ｓ評分在第２６位氨基酸，評分為０．５１５�？赡艿男盘栯模ㄎ恢脧牡谝粋�氨基酸開始到最大Ｙ評分前的一位）平均Ｓ評分為０．２５

白的親疏水性分析Ｆｉｇ．２ＨｙｄｒｏｐｈｉｌｉｃｉｔｙｏｆＰＰＥ３２ｐｒｏｔｅｉｎ４ＰＰＥ３２蛋白跨膜區(qū)應(yīng)用ＴＭＨＭＭＳｅｒｖｅｒｖ．２．０預(yù)測ＰＰＥ３２蛋白跨膜螺旋數(shù)為０（圖３），跨膜氨基酸數(shù)為１５．５９９２（＞１８表示很可能為跨膜蛋白），可能在胞質(zhì)內(nèi)的概率為０．０７９９６，表明ＰＰＥ３２蛋白可能為非跨膜區(qū)蛋白，且是一個膜外蛋白，與Ｄｅｎｇ等［６］報道的ＰＰＥ３２蛋白是一種細(xì)胞壁相關(guān)蛋白，定位于細(xì)胞壁的結(jié)果相符。圖３ＰＰＥ３２蛋白跨膜區(qū)分析Ｆｉｇ．３ＴｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅａｎａｌｙｓｉｓｏｆＰＰＥ３２ｐｒｏｔｅｉｎ５ＰＰＥ３２蛋白信號肽及亞細(xì)胞定位應(yīng)用ＳｉｇｎａｌＰ４．１Ｓｅｒｖｅｒ預(yù)測ＰＰＥ３２蛋白前１００個氨基酸，結(jié)果顯示無信號肽（圖４）。前１００個氨基酸中最大Ｃ評分在第３６位氨基酸，評分為０．３８０；最大Ｙ評分在第３６位氨基酸，評分為０．３７２；最大Ｓ評分在第２６位氨基酸，評分為０．５１５�？赡艿男盘栯模ㄎ恢脧牡谝粋�氨基酸開始到最大Ｙ評分前的一位）平均Ｓ評分為０．２５２，可能的信號肽Ｄ評分（平均Ｓ評分和最大Ｙ評分的加權(quán)平均值）為０．３２５。ＰＰＥ３２蛋白無信號肽說明其不是分泌蛋白。經(jīng)ＴａｒｇｅｔＰ１．１Ｓｅｒｖｅｒ分析，ＰＰＥ３２蛋白不定位在分泌途徑中。注：Ｃ－ｓｃｏｒｅ：Ｃ評分指原始切割位點評分，表示信號肽裂解位點，最大值為剪切后的第一個氨基酸位置。Ｓ－ｓｃｏｒｅ：Ｓ評分指信號肽

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]結(jié)核分枝桿菌BfrB蛋白的生物信息學(xué)分析[J]. 袁秋露,付玉榮,伊正君.  中國病原生物學(xué)雜志. 2018(02)
[2]結(jié)核分枝桿菌eis基因及其編碼蛋白的生物信息學(xué)分析[J]. 張西燕,付玉榮,伊正君.  中國病原生物學(xué)雜志. 2018(02)



本文編號：3237191