目的:合體滋養(yǎng)層細胞(syncytiotrophoblast,STB)是一類多核化上皮細胞位于人類胎盤最外層,由單核滋養(yǎng)細胞(cytotrophoblast,CTB)分化、融合而來,肩負妊娠維持關(guān)鍵激素的分泌和母胎間營養(yǎng)交換的重要職責,也是母胎屏障重要組成部分之一。然而,目前關(guān)于胎盤滋養(yǎng)細胞的合體化過程的調(diào)控機制仍不明確。本研究即利用生物信息學的方法篩選并初步驗證潛在調(diào)控絨毛膜癌BeWo細胞合體化調(diào)控的關(guān)鍵基因。方法:從GEO數(shù)據(jù)庫檢索并下載BeWo細胞合體化前后的基因芯片數(shù)據(jù)集,并利用生物信息學分析方法對所有相關(guān)數(shù)據(jù)集進行綜合分析,篩選出差異表達基因并進行GO及KEGG聚類分析,進一步通過PPI蛋白互作網(wǎng)絡(luò)尋找節(jié)點基因,最后利用qRT-PCR驗證候選基因在合體化前后的差異表達。結(jié)果:從2組數(shù)據(jù)中共篩選出137個差異表達基因,其中25個差異基因為2組數(shù)據(jù)集共有,參與細胞遷移、細胞黏附、激素代謝、MAPK信號通路等。進一步借助蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)分析,得到3個候選基因并通過qRT-PCR驗證,結(jié)果與信息分析結(jié)果一致。結(jié)論:本研究為滋養(yǎng)細胞合體化研究提供了潛在靶基因,也為解析其分子調(diào)控機制提供了線索。
【部分圖文】：

鞅澩锘?潁ㄍ?E）。2.3差異基因富集分析將137個差異表達基因進行GO和KEGG功能及通路富集分析。GO富集分析結(jié)果顯示，差異表達基因在生物學過程中聚類于細胞粘附、細胞遷移、干細胞增殖調(diào)控、血管生成以及激素代謝等；細胞組件中聚類于細胞緊密連接、細胞粘附、細胞外基質(zhì)等；分子功能中聚類于激素活動、氨基酸跨膜轉(zhuǎn)運、生長因子活性等（圖3A）。KEGG通路富集分析結(jié)果顯示，差異表達基因聚類于MAPK、FoxO及細胞因子與其受體互作等信號通路（圖3B）。A.GSE66840數(shù)據(jù)集Hclust聚類分析B.GSE100095數(shù)據(jù)集Hclust聚類分析圖1芯片數(shù)據(jù)Hclust聚類分析A.GSE66840芯片數(shù)據(jù)火山圖B.GSE66840芯片數(shù)據(jù)差異表達基因熱圖C.GSE100095芯片數(shù)據(jù)火山圖D.GSE100095芯片數(shù)據(jù)差異表達基因熱圖E.GSE66840和GSE1000952組差異表達基因Venn圖圖2BeWo細胞系合體化前后差異基因篩選cAMP3cAMP1cAMP2BeWo3BeWo1BeWo2403020100706050403020100PKA3PKA2PKA1EPAC1EPAC3EPAC2BeWo3BeWo1BeWo210.07.55.02.50.0-log10P值-202log2foldchangeGSE100095logFCis1.2Thenumberofupgeneis42Thenumberofupgeneis28-log10P值9630-2log2foldchange02changeDOWNNOTUPheatmapGSE1000951210864PKA_3PKA_2PKA_1bewo_6bewo_4bewo_5GSE66840672545GSE100095141210864changeDOWNNOTUPGSE66840logFCis1.2Thenumberofupgeneis76Thenumberofupgeneis16heatmapGSE66840cAMP_3cAMP_1cAMP_2BeWo_3BeWo_2BeWo_1—1044—

及激素代謝等；細胞組件中聚類于細胞緊密連接、細胞粘附、細胞外基質(zhì)等；分子功能中聚類于激素活動、氨基酸跨膜轉(zhuǎn)運、生長因子活性等（圖3A）。KEGG通路富集分析結(jié)果顯示，差異表達基因聚類于MAPK、FoxO及細胞因子與其受體互作等信號通路（圖3B）。A.GSE66840數(shù)據(jù)集Hclust聚類分析B.GSE100095數(shù)據(jù)集Hclust聚類分析圖1芯片數(shù)據(jù)Hclust聚類分析A.GSE66840芯片數(shù)據(jù)火山圖B.GSE66840芯片數(shù)據(jù)差異表達基因熱圖C.GSE100095芯片數(shù)據(jù)火山圖D.GSE100095芯片數(shù)據(jù)差異表達基因熱圖E.GSE66840和GSE1000952組差異表達基因Venn圖圖2BeWo細胞系合體化前后差異基因篩選cAMP3cAMP1cAMP2BeWo3BeWo1BeWo2403020100706050403020100PKA3PKA2PKA1EPAC1EPAC3EPAC2BeWo3BeWo1BeWo210.07.55.02.50.0-log10P值-202log2foldchangeGSE100095logFCis1.2Thenumberofupgeneis42Thenumberofupgeneis28-log10P值9630-2log2foldchange02changeDOWNNOTUPheatmapGSE1000951210864PKA_3PKA_2PKA_1bewo_6bewo_4bewo_5GSE66840672545GSE100095141210864changeDOWNNOTUPGSE66840logFCis1.2Thenumberofupgeneis76Thenumberofupgeneis16heatmapGSE66840cAMP_3cAMP_1cAMP_2BeWo_3BeWo_2BeWo_1—1044—

及激素代謝等；細胞組件中聚類于細胞緊密連接、細胞粘附、細胞外基質(zhì)等；分子功能中聚類于激素活動、氨基酸跨膜轉(zhuǎn)運、生長因子活性等（圖3A）。KEGG通路富集分析結(jié)果顯示，差異表達基因聚類于MAPK、FoxO及細胞因子與其受體互作等信號通路（圖3B）。A.GSE66840數(shù)據(jù)集Hclust聚類分析B.GSE100095數(shù)據(jù)集Hclust聚類分析圖1芯片數(shù)據(jù)Hclust聚類分析A.GSE66840芯片數(shù)據(jù)火山圖B.GSE66840芯片數(shù)據(jù)差異表達基因熱圖C.GSE100095芯片數(shù)據(jù)火山圖D.GSE100095芯片數(shù)據(jù)差異表達基因熱圖E.GSE66840和GSE1000952組差異表達基因Venn圖圖2BeWo細胞系合體化前后差異基因篩選cAMP3cAMP1cAMP2BeWo3BeWo1BeWo2403020100706050403020100PKA3PKA2PKA1EPAC1EPAC3EPAC2BeWo3BeWo1BeWo210.07.55.02.50.0-log10P值-202log2foldchangeGSE100095logFCis1.2Thenumberofupgeneis42Thenumberofupgeneis28-log10P值9630-2log2foldchange02changeDOWNNOTUPheatmapGSE1000951210864PKA_3PKA_2PKA_1bewo_6bewo_4bewo_5GSE66840672545GSE100095141210864changeDOWNNOTUPGSE66840logFCis1.2Thenumberofupgeneis76Thenumberofupgeneis16heatmapGSE66840cAMP_3cAMP_1cAMP_2BeWo_3BeWo_2BeWo_1—1044—
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