【摘要】:短串聯(lián)重復(fù)序列(short tandem repeats,STR)是廣泛存在于人類(lèi)基因組的一類(lèi)具有長(zhǎng)度多態(tài)性的DNA序列。一般由2~6個(gè)堿基構(gòu)成一個(gè)核心序列,核心序列在長(zhǎng)度上呈串聯(lián)重復(fù)排列,重復(fù)次數(shù)通常在15~30次,核心序列拷貝數(shù)目的變化可產(chǎn)生長(zhǎng)度多態(tài)性。一般認(rèn)為,人類(lèi)基因組平均每6~10kb就有一個(gè)STR基因座,并具有分布廣泛,信息量大,有高度多態(tài)性并遵循孟德?tīng)柟诧@性遺傳等優(yōu)點(diǎn),因此成為基因組物理圖譜繪制、遺傳連鎖分析、腫瘤生化研究、法醫(yī)學(xué)個(gè)體識(shí)別、親權(quán)鑒定、組織移植評(píng)價(jià)的理想標(biāo)記。 STR的變異提供了大量的遺傳標(biāo)記,可以用來(lái)描述一個(gè)群體的遺傳結(jié)構(gòu),在人類(lèi)學(xué)的研究中有著廣泛的用途。河南地處中原,人口眾多,漢族群體的遺傳學(xué)特征對(duì)中國(guó)北方漢族人群有較好的代表性。本實(shí)驗(yàn)通過(guò)對(duì)河南漢族群體15個(gè)STR基因座進(jìn)行復(fù)合PCR擴(kuò)增,以期獲得河南漢族群體這些基因座的群體遺傳學(xué)數(shù)據(jù)。 材料方法:對(duì)進(jìn)行親子鑒定并無(wú)血緣關(guān)系的242名河南漢族個(gè)體血樣經(jīng)SDS—蛋白酶K—酚—氯仿抽提法提取基因組DNA,用STR復(fù)合位點(diǎn)擴(kuò)增法對(duì)CSF1PO、TPOX、THO1、F13A01、FESFPS、vWA、 鄭州大學(xué)2003研究生畢業(yè)論文 河南漢族短串聯(lián)重復(fù)序列的遺傳多態(tài)性研究 D165539、D75820、D135317、D125391、D55818、D18551、PAHI3、 D851179、D351358巧個(gè)基因座進(jìn)行擴(kuò)增,制備6%變性聚丙烯酞 胺凝膠,將PCR產(chǎn)物與等位基因分型標(biāo)準(zhǔn)物同步高壓電泳,凝膠經(jīng)過(guò) 固定、染色、顯色三步處理至帶型清晰,通過(guò)STR各基因座擴(kuò)增條帶 與對(duì)照等位基因分型標(biāo)準(zhǔn)物的比對(duì),判讀各檢測(cè)個(gè)體的基因型。用才 檢驗(yàn)判斷各STR位點(diǎn)的基因型分布是否符合Hardy一Weinberg平衡定 律,Power Stats software軟件計(jì)算各基因座觀察雜合度(H)、期 望雜合度(He)、個(gè)體識(shí)別率(DP)、多態(tài)性信息含量(P工C)、非父 排除率(PE)及匹配概率(PM),并計(jì)算15個(gè)位點(diǎn)累積DP、PIC、PM 等統(tǒng)計(jì)量。 結(jié)果:河南漢族人群CSFIPO基因座共有8個(gè)等位基因,30種基 因型;TPOX基因座存在7個(gè)等位基因,18種基因型;THOI基因座 存在7個(gè)等位基因,巧種基因型;F13A01存在6個(gè)等位基因,14種 基因型;FESFPS基因座存在7個(gè)等位基因,18種基因型;v從人存在 8個(gè)等位基因,30種基因型;D165539基因座存在9個(gè)等位基因,28 種基因型;D7S82O存在9個(gè)等位基因,26種基因型;D135317基因 座存在6個(gè)等位基因,14種基因型;D125391基因座存在9個(gè)等位基 因,26種基因型;D55818基因座存在8個(gè)等位基因,22種基因型; D18S51基因座存在n個(gè)等位基因,47種基因型;PAH13基因座存在 7個(gè)等位基因,20種基因型;D851179基因座存在9個(gè)等位基因,33 種基因型;D351358基因座存在7個(gè)等位基因,16種基因型;巧個(gè) 位點(diǎn)基因座個(gè)體識(shí)別率分別為0.88、0.824、0.824、0.842、0.863、 0 .933、0.944、0.926、0.936、0.934、0.911、0.955、0.869、0.952、 鄭州大學(xué)2003研究生畢業(yè)論文 河南漢族短串聯(lián)重復(fù)序列的遺傳多態(tài)性研究 0.856,PIC分別為0.71、0.59、0.60、0.62、0.65、0.79、0.80、 0 .76、0.78、0.79、0.74、0.83、0.68、0.82、0.66,15個(gè)STR基 因座的累積個(gè)體識(shí)別率為0.9999999999999997,,累積非父排除率為 0.999915,累積個(gè)體偶合率3.422 x 10一‘6。 對(duì)河南漢族、成都漢族、美國(guó)黑人、高加索人、西班牙人D7S82O 各等位基因基因頻率分布的才檢驗(yàn)表明,除了河南漢族與成都漢族外, 其它主要人種間全部存在顯著性差異。 分析304例親子鑒定案件,聯(lián)合排除父權(quán)的有29例(均有4個(gè)以 上STR位點(diǎn)不符),僅一例案件23個(gè)位點(diǎn)擴(kuò)增中出現(xiàn)孩子與父親單位 點(diǎn)不符,推測(cè)可能為單位點(diǎn)突變。提示STR應(yīng)用于法醫(yī)親子鑒定時(shí), 任何情況下都不能根據(jù)單一的STR遺傳標(biāo)記不符而排除父權(quán)。 結(jié)論:1.對(duì)巧個(gè)STR遺傳多態(tài)性分析揭示這9個(gè)基因座均具有 較好的多態(tài)性,尤其是vWA、D165539、D7S82O、D135317、D125391、 D55818、D18551、D851179基因座的DP均大于0.9,P工C均大于0.7, 為高度多態(tài)性基因座,在法醫(yī)學(xué)和人類(lèi)遺傳學(xué)應(yīng)用方面具有較高的價(jià) 值。2.統(tǒng)計(jì)分析了河南漢族人群巧個(gè)基因座的基因頻率與基因型頻 率,得出15個(gè)STR位點(diǎn)累積個(gè)體識(shí)別率為0.9999999999999997,累積 非父排除率為0.999915,累積個(gè)體偶合率3.422 x 10一‘6,即每2.92x 10‘5個(gè)人中會(huì)有兩個(gè)個(gè)體的基因型完全相同,為利用sTR進(jìn)行基因定 位、遺傳病連鎖分析、基因診斷等工作提供了群體遺傳學(xué)數(shù)據(jù)。3. D7S82O基因座在河南漢族、成都漢族、美國(guó)黑人、高加索人、西班牙 人的xZ檢驗(yàn)表明,除了河南漢族與成都漢族外,各主要人種間全部 鄭州大學(xué)20仍研究生畢業(yè)論文 河南漢族短串聯(lián)重復(fù)序列的遺傳多態(tài)性研究 存在顯著性差異。4.分析n個(gè)基因座在參與聯(lián)合父權(quán)排除的貢獻(xiàn)度 可見(jiàn),D125391、vWA、D7S82O參與父權(quán)排除率均在50%以上(D125391 65%),這些基因座可作為親子鑒定的首選基因座。在304例案件中 僅出現(xiàn)一例單位點(diǎn)突變,而排除父權(quán)的案例中STR位點(diǎn)均出現(xiàn)4個(gè)以 上的不符位點(diǎn)。提示1個(gè)位點(diǎn)不符不能作為排除父權(quán)的依據(jù)。5.建立 了D55818一D125391、D18551一PAH一D851179一D351358基因座復(fù)合位點(diǎn)的 擴(kuò)增方法,既節(jié)省了實(shí)
【學(xué)位授予單位】:鄭州大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2003
【分類(lèi)號(hào)】:R394
【相似文獻(xiàn)】
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10 孟慶麗;于衛(wèi)建;葉萍;王e
本文編號(hào):2631715
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