本文關(guān)鍵詞：免疫組庫高通量數(shù)據(jù)分析流程的構(gòu)建與應(yīng)用，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：高通量測序技術(shù)的進(jìn)步使得分析獲得性免疫組庫成為可能。在一個高通量測序?qū)嶒炛?數(shù)百萬個B細(xì)胞和T細(xì)胞受體基因序列可以平行測出。一個嶄新的名叫免疫組庫測序的領(lǐng)域開始出現(xiàn)并且伴隨著在抗體發(fā)掘、疫苗設(shè)計、認(rèn)識免疫系統(tǒng)發(fā)育、感染性疾病治療、自身免疫系統(tǒng)疾病治療以及癌癥的免疫治療等領(lǐng)域有著潛在的應(yīng)用價值。雖然現(xiàn)有一些生物信息學(xué)分析軟件可以分析單個BCR/TCR基因序列,但它們不能分析免疫組庫功能,比如克隆分析、多樣性分析以及系譜結(jié)構(gòu)分析等。免疫組庫測序領(lǐng)域的發(fā)展期待著具有分析“免疫組庫水平”能力的新的生物信息學(xué)分析工具的出現(xiàn)。如何根據(jù)現(xiàn)有數(shù)量的測序序列來預(yù)測免疫組庫的可能大小(包括未測到的序列)?如何評估骨髓造血干細(xì)胞移植后的免疫組庫多樣性大小?如何鑒定自身免疫系統(tǒng)疾病的自身抗體或自身TCR?這些臨床應(yīng)用會遇到的難題期待著可以分析免疫組庫功能的軟件。這里,本文展示一個新的免疫組庫數(shù)據(jù)分析流程,它可以從處理原始數(shù)據(jù)到免疫組庫功能分析。它最創(chuàng)新的功能包括:(1)多樣本之間克隆追蹤;(2)免疫組庫大小預(yù)測;(3)多種免疫組庫多樣性分析;(4)尋找公共克隆;(5)運(yùn)用網(wǎng)絡(luò)方法的系譜結(jié)構(gòu)分析以展現(xiàn)系譜之間突變情況。接下來,本文應(yīng)用該數(shù)據(jù)分析流程研究了人類IGH組庫VDJ基因重排偏好性。VDJ基因重排偏好性指的是基因重排不遵循嚴(yán)格的隨機(jī)。這個現(xiàn)象可能預(yù)示著B細(xì)胞發(fā)育過程并影響著健康免疫組庫的定義。本文從兩篇公開發(fā)表論文中選擇16個樣本數(shù)據(jù)。由于所研究的材料是群體上的免疫組庫水平上的而不是單個個體或單個基因上的,因此該研究具有創(chuàng)新性。本文主要得出以下結(jié)論:(1)在群體免疫組庫水平上證實了VDJ基因偏好性存在,并且不同人之間的這種偏好性具有保守性。(2)在群體免疫組庫水平上證實了有功能序列和無功能序列之間類似,表示這種偏好性不是細(xì)胞選擇壓力所造成。(3)比較不同人之間VDJ基因頻率相關(guān)性可得,不同人之間相關(guān)性很高,但也有例外。
【關(guān)鍵詞】：免疫組庫 重排 VDJ 流程 生物信息學(xué)
【學(xué)位授予單位】：中山大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號】：R392;Q811.4
【目錄】：

• 摘要3-5
• ABSTRACT5-8
• 第一章 前言8-21
• 1.1 免疫系統(tǒng)介紹8-11
• 1.2 高通量測序介紹11-13
• 1.3 免疫組庫研究現(xiàn)狀與挑戰(zhàn)13-19
• 1.4 本研究的目的與意義19-21
• 第二章 免疫組庫高通量數(shù)據(jù)分析流程構(gòu)建21-50
• 2.1 引言21-23
• 2.2 材料和方法23-29
• 2.3 結(jié)果29-48
• 2.4 討論48-50
• 第三章 抗體重鏈VDJ基因重排偏好性的研究50-60
• 3.1 引言50
• 3.2 材料與方法50-52
• 3.3 結(jié)果52-59
• 3.4 討論59-60
• 第四章 總結(jié)與展望60-62
• 4.1 結(jié)論與創(chuàng)新60
• 4.2 討論與展望60-62
• 參考文獻(xiàn)62-67
• 致謝67

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1 盛瑞蘭,夏薇,朱廣榮;聚合酶鏈反應(yīng)IgH及TCRγ基因重排分析對腫大淋巴結(jié)病因的診斷意義[J];中華內(nèi)科雜志;1997年05期

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本文編號：256998