【摘要】：目的利用生物信息學(xué)方法分析Sao蛋白結(jié)構(gòu)并預(yù)測(cè)B細(xì)胞抗原表位,篩選可用于疫苗設(shè)計(jì)的序列。方法以Sao蛋白的氨基酸序列為基礎(chǔ),利用Protparam工具分析蛋白基本理化性質(zhì),TMHMM預(yù)測(cè)跨膜區(qū),PredictProtein在線分析蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu),SWISS-MODEL軟件模擬三級(jí)空間構(gòu)象,DNASTAR分析親(疏)水性、可塑性和表面可及性,綜合使用在線ABCPred和BepiPred工具預(yù)測(cè)B細(xì)胞抗原表位,篩選能用于構(gòu)建基因工程疫苗的蛋白序列。結(jié)果 Sao蛋白羧基端存在7個(gè)高度一致的重復(fù)序列以及1個(gè)LPVTG保守膜錨定基序,二級(jí)結(jié)構(gòu)組分中無規(guī)卷曲比例高達(dá)74.21%,三級(jí)空間構(gòu)象模擬結(jié)果與二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)一致。蛋白的親水區(qū)域、可塑性區(qū)域、表面可及性區(qū)域比例分別為76.21%、64.06%和75.04%。Sao存在多個(gè)線性抗原表位,經(jīng)篩選得到兩個(gè)可用于疫苗設(shè)計(jì)的蛋白序列,BLAST顯示這兩個(gè)序列為豬鏈球菌所特有,存在于2型豬鏈球菌9種不同的分離菌株中,同時(shí)也存在于豬鏈球菌致病性血清型1、2、1/2、3、7、9、14型中。結(jié)論 Sao蛋白為不穩(wěn)定蛋白,親水性強(qiáng),篩選得到的兩個(gè)蛋白序列抗原性強(qiáng)且高度保守,為豬鏈球菌特有序列,能夠用于基因工程疫苗的構(gòu)建。
[Abstract]:Aim to analyze the structure of Sao protein and predict the epitope of B cell antigen by bioinformatics method, so as to screen the sequence which can be used in vaccine design. Methods based on the amino acid sequence of the Sao protein, the basic physical and chemical properties of the protein were analyzed by Protparam, the transmembrane region was predicted by TMHMM, the secondary structure of the protein was analyzed by PredictProtein on-line, the three-stage conformation was simulated by SWISS-MODEL software, and the hydrophilicity (hydrophobicity) was analyzed by DNASTAR. The on-line ABCPred and BepiPred tools were used to predict B-cell epitopes and to screen the protein sequences which could be used to construct genetically engineered vaccines. Results there were 7 highly consistent repeat sequences and 1 LPVTG conservative membrane anchoring motif in the carboxyl terminal of Sao protein. The random crimping ratio of the secondary structural components was 74.21%. The results of tertiary spatial conformation simulation were consistent with the secondary structure prediction. The proportion of hydrophilic region, plastic region and surface accessible region of the protein were 76.21%, 64.06% and 75.04%.Sao respectively, and there were several linear epitopes. Two protein sequences which could be used in vaccine design were obtained by screening. BLAST showed that the two sequences were specific to Streptococcus suis. They were found in 9 different isolates of Streptococcus suis type 2 and in serotypes 1, 2, 1, 2, 3, 7, 9 and 14 of Streptococcus suis serotype 1, 2, 1, 2, 3, 7, 9, 14, respectively. Conclusion the Sao protein is an unstable protein with strong hydrophilicity. The two sequences are highly conserved and antigenicity. They are unique sequences of Streptococcus suis and can be used in the construction of genetic engineering vaccine.
【作者單位】： 南京軍區(qū)軍事醫(yī)學(xué)研究所;溫州醫(yī)科大學(xué)檢驗(yàn)醫(yī)學(xué)院生命科學(xué)學(xué)院;
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(No.81172794,81071317,31170124,81171527) 南京軍區(qū)醫(yī)學(xué)科技創(chuàng)新課題(ZX39) 江蘇省自然科學(xué)基金項(xiàng)目(No.BK2011098,BK2011097) 浙江省大學(xué)生科技創(chuàng)新活動(dòng)計(jì)劃(新苗人才計(jì)劃)資助項(xiàng)目(No.2013R413039)
【分類號(hào)】：R392.1

【參考文獻(xiàn)】

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相關(guān)碩士學(xué)位論文 前4條

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2 梁晚?xiàng)?牛瑟氏泰勒蟲Hsp-p33與Hsp-p33油佐劑基因工程疫苗應(yīng)用性實(shí)驗(yàn)研究[D];延邊大學(xué);2006年

3 金香蘭;O型口蹄疫病毒VP1蛋白的比較與牛O型表位肽基因工程疫苗的研制[D];吉林大學(xué);2007年

4 劉長(zhǎng)梅;雞新城疫基因工程亞單位疫苗的研究[D];山東師范大學(xué);2001年

本文編號(hào)：2439582