【摘要】：對存于中國疾病控制預(yù)防控制中心病毒病預(yù)防控制所病毒性腹瀉室的一例盧龍G3型仔豬GARV LLZ212的主要基因片段VP7、VP4、VP6、VP2和NSP2-5進(jìn)行擴(kuò)增,確定其基因型,并探討其與當(dāng)?shù)厝薌3型GARV的進(jìn)化關(guān)系。采用逆轉(zhuǎn)錄-聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(Reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR),對LLZ212標(biāo)本及6例當(dāng)?shù)貎和疓3型GARV陽性標(biāo)本的VP7、VP4、VP6、VP2和NSP2-5進(jìn)行擴(kuò)增,并進(jìn)行序列測定。應(yīng)用A組輪狀病毒自動分型工具(RotaC v2.0)對各個片段進(jìn)行分型。應(yīng)用DNAStar和MEGA5.0軟件包與GenBank上的參考株進(jìn)行同源性和系統(tǒng)進(jìn)化分析。盧龍豬LLZ212基因型為G3-P[8]-I5-C1-N1-T1-E1-H1,6株人GARV基因型均為G3-P[8]-I1-C1-N1-T1-E1-H1。LLZ212基因片段VP7、VP4、NSP4和NSP5分別與人GARV E885、CMH014/07、Wa和RMC321株同源性最高,且進(jìn)化樹在同一亞枝內(nèi);LLZ212基因片段VP6、NSP2和NSP3均與豬GARV PRG921株同源性最高,基因片段VP2與豬GARV OSU株同源性最高,且進(jìn)化樹在同一亞枝內(nèi)。確定一株罕見G3-P[8]-I5-C1-N1-T1-E1-H1型豬GARV,可能為人-豬重配株,LLZ212基因片段VP7、VP4、NSP4和NSP5與人GARV同源性最高,LLZ212基因片段VP6、VP2、NSP2和NSP3豬GARV同源性最高。
[Abstract]:The main gene fragments VP7,VP4,VP6,VP2 and NSP2-5 of GARV LLZ212 of Lulong G3 piglets were amplified and their genotypes were determined by amplification of VP7,VP4,VP6,VP2 and NSP2-5 in the virus diarrhea laboratory of the Central Center for Disease Control and Prevention of China. The evolutionary relationship between G3 GARV and local people was also discussed. Reverse transcription-polymerase chain reaction (Reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR) was used to amplify VP7,VP4,VP6,VP2 and NSP2-5 from LLZ212 samples and G3 GARV positive samples from 6 local children. Group A rotavirus automatic typing tool (RotaC v2.0) was used to type each fragment. The homology and phylogenetic analysis of reference strains on GenBank were carried out by using DNAStar and MEGA5.0 software packages. The LLZ212 genotypes of Lulong pigs were G3-P [8] -I5-C1-N1-T1-E1-H1G, all of which were G3-P [8]-I1-C1-N1-T1-E1-H1.LLZ212 gene fragment VP7,VP4,NSP4 and NSP5, respectively. Wa and RMC321 have the highest homology, and the evolutionary tree is in the same sub-branch. The VP6,NSP2 and NSP3 fragments of LLZ212 gene were most homologous to GARV PRG921 strain, and VP2 gene fragment was the most homologous to GARV OSU strain, and the phylogenetic tree was in the same subbranch. It was confirmed that a rare G3-P [8]-I5-C1-N1-T1-E1-H1 porcine GARV, might be a human-to-pig rematch strain. The LLZ212 gene fragments VP7,VP4,NSP4 and NSP5 share the highest homology with human GARV, and LLZ212 gene fragment VP6,VP2,. NSP2 and NSP3 porcine GARV have the highest homology.
【作者單位】： 中國疾病控制預(yù)防控制中心病毒病預(yù)防控制所病毒性腹瀉室;蘭州大學(xué)第一臨床醫(yī)學(xué)院兒科;寧夏醫(yī)科大學(xué)檢驗學(xué)院;
【分類號】：R373

【共引文獻(xiàn)】

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本文編號：2348899