【摘要】：本研究建立了一種基于新型再測(cè)序芯片(Resequencing Pathogen Microarray,RPM)的腹瀉癥候群多病原檢測(cè)方法,能同時(shí)檢測(cè)14種輪狀病毒,7種杯狀病毒,8種星狀病毒,28種腸道病毒,16種少見(jiàn)致瀉病毒。選取已驗(yàn)證的陽(yáng)性病毒樣本為模板來(lái)評(píng)估該方法的特異性。用克隆質(zhì)粒和體外轉(zhuǎn)錄的RNA梯度稀釋液來(lái)檢驗(yàn)RPM的靈敏度,在20~2 000拷貝/μL水平時(shí)RPM仍能檢測(cè)和分辨出相近的病毒亞型。通過(guò)調(diào)整參考品的濃度優(yōu)化了陽(yáng)性判定閾值,并改進(jìn)了腸道病毒的檢測(cè)流程以完成分型。對(duì)10份不明原因腹瀉樣品進(jìn)行了篩查,從中檢出6份腹瀉病毒陽(yáng)性樣本。根據(jù)RPM結(jié)果對(duì)樣品進(jìn)行了單重PCR并且測(cè)序,RPM與測(cè)序結(jié)果一致。本研究建立了一種高通量,高特異性,靈敏度較高的RPM方法,對(duì)于不明原因腹瀉病例的診斷和突發(fā)疫情的處理有巨大的應(yīng)用價(jià)值。
[Abstract]:In this study, a novel multi-pathogen detection method for diarrhea syndrome based on a novel resequencing chip (Resequencing Pathogen Microarray,RPM was developed. It can detect 14 rotaviruses, 7 calix viruses, 8 stellate viruses and 28 enterovirus simultaneously. There are 16 rare diarrhea viruses. The specificity of the method was evaluated by using a validated positive virus sample as a template. The sensitivity of RPM was tested by cloning plasmid and in vitro transcription RNA gradient dilution solution. RPM could still detect and distinguish similar virus subtypes at 20 ~ 2 000 copies / 渭 L level. The positive detection threshold was optimized by adjusting the concentration of reference material, and the detection procedure of enterovirus was improved to complete the typing. Ten unexplained diarrhea samples were screened and 6 diarrhea virus positive samples were detected. The single PCR was sequenced according to the RPM results, and the RPM was consistent with the sequencing results. In this study, a high throughput, high specificity and high sensitivity RPM method was established, which has great application value in the diagnosis of unknown diarrhea cases and the treatment of sudden outbreaks.
【作者單位】： 中國(guó)疾病預(yù)防控制中心病毒病預(yù)防控制所;
【基金】：傳染病重大專項(xiàng)(2013ZX10004-001,2012ZX10004-215,2013ZX10004-202,2013ZX10004804-007)
【分類號(hào)】：R373

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本文編號(hào)：2296886