本文關(guān)鍵詞： HIV-1 垂直傳播 性傳播 準(zhǔn)種 構(gòu)象敏感性凝膠電泳　出處：《第三軍醫(yī)大學(xué)》2005年碩士論文　論文類型：學(xué)位論文

【摘要】：研究背景和目的 準(zhǔn)種(quasispecies)是由Eigen首先提出的用于描述同種生物遺傳異質(zhì)性的概念。在病毒學(xué)研究領(lǐng)域,準(zhǔn)種被用于描述感染個體內(nèi)同種病毒的遺傳異質(zhì)性(genetic heterogeneity)。準(zhǔn)種特性已經(jīng)被證實是RNA病毒具有的一種普遍的生物學(xué)特性。HIV-1是一種變異活躍的逆轉(zhuǎn)錄病毒,其逆轉(zhuǎn)錄酶在病毒基因組反向轉(zhuǎn)錄和正向轉(zhuǎn)錄過程中均缺乏自身校正功能,導(dǎo)致同亞型或不同亞型病毒株間基因片段重組、缺失、重復(fù)或倒置,并且隨流行時間的延長,變異程度不斷增大。 構(gòu)象敏感性凝膠電泳(conformation sensitive gel electrophoresis, CSGE)是一種很好的基因多態(tài)性分析的方法,其實質(zhì)上是異源雙鏈分析(heteroduplex analysis, HDA)的改進方法。在本研究中,將以往的CSGE的方法做了如下改進:①在聚丙烯酰胺凝膠中加入15%尿素;②甲酰胺濃度從15%提高至20%,乙二醇濃度從10%提高至15%;③通過一次預(yù)電泳優(yōu)選驅(qū)動子序列。加入尿素可使條帶更狹窄和更清晰,適當(dāng)增加甲酰胺和乙二醇的濃度,提高了CSGE檢測的敏感性,通過一次預(yù)電泳優(yōu)選出的驅(qū)動子序列,可以使電泳條帶間距離更大,更容易判讀電泳結(jié)果。因為使用的PCR產(chǎn)物未作純化,其中的非特異擴增產(chǎn)物對同源和異源雙鏈的形成都有較大的影響,直接造成電泳條帶模糊不清,因此我們對PCR作了嚴(yán)格的優(yōu)化,最大限度地減少了非特異產(chǎn)物的干擾。 性傳播和垂直傳播是HIV-1重要的傳播方式,HIV-1通過這2種方式更換宿主。盡管從理論上講新宿主體內(nèi)的HIV-1應(yīng)與傳染源體內(nèi)的HIV-1完全相同,但是已經(jīng)有越來越多的實驗證實事實并非如此。 我利用CSGE的手段對不同傳播方式即垂直傳播和性傳播感染者體內(nèi)HIV-1準(zhǔn)種進行差異性研究,了解HIV-1在傳播過程中以及在新宿主體內(nèi)免疫壓力下準(zhǔn)種變化,進而揭示HIV-1準(zhǔn)種的進化規(guī)律,同時為闡明HIV-1母嬰垂直傳播和性傳播的發(fā)生機制提供理論依據(jù)。 材料和方法 1. 研究對象:母嬰傳播和性傳播HIV-1感染者的血漿。 2. 主要試劑:QIAamp Viral RNA mini kit(Qiagen,美國);QIAGEN OneStep RT-PCR
[Abstract]:Background and purpose of the study Quasispeciesis a concept first proposed by Eigen to describe genetic heterogeneity of the same species in the field of virology. Quasispecies are used to describe genetic heterogeneity of homoviruses in infected individuals. Quasispecies characteristics have been proved to be a universal biological characteristic of RNA. HIV-1 is an active mutated retrovirus. The reverse transcriptase lacks self-correcting function in the reverse transcription and forward transcription of the virus genome, which results in the recombination, deletion, repetition or inversion of the gene fragments between the same subtype or different subtype virus strains. And with the extension of epidemic time, the degree of variation increased. Conformational sensitive gel electrophoresis conformation sensitive gel electrophoresis. CSGE is a good method for gene polymorphism analysis, which is essentially heteroduplex analysis. In this study, the previous CSGE method was modified as follows: 1 adding 15% urea to polyacrylamide gel; (2) the concentration of formamide increased from 15% to 20 and the concentration of ethylene glycol increased from 10% to 15. 3The driver sequence was selected by one pre-electrophoresis. Adding urea can make the band narrower and clearer, increase the concentration of formamide and ethylene glycol appropriately, and improve the sensitivity of CSGE detection. Through a pre-electrophoresis of the selected driver sequence, the electrophoresis bands can make the distance between the larger, easier to interpret the results of electrophoresis, because the PCR products used are not purified. The non-specific amplification products have great influence on the formation of homologous and heterogenous double strands, which directly lead to the blurring of electrophoresis bands, so we have made strict optimization of PCR. The interference of non-specific products is minimized. Sexual transmission and vertical transmission are important modes of HIV-1 transmission. HIV-1 changes the host in these two ways, although in theory the HIV-1 in the new host should be exactly the same as the HIV-1 in the source of infection. But more and more experiments have confirmed that this is not the case. I use the means of CSGE to study the difference of HIV-1 quasispecies in different transmission modes that is vertical transmission and sexually transmitted infection. To understand the changes of HIV-1 quasispecies during transmission and in vivo immune pressure of new hosts, and to reveal the evolution of HIV-1 quasispecies. At the same time, it provides theoretical basis for clarifying the mechanism of vertical transmission and sexual transmission of HIV-1. Materials and methods 1. Study subjects: plasma levels of HIV-1 infected with mother-to-child and sexually transmitted infections. 2. Main reagent: QIAamp Viral RNA mini kit, QIAGEN OneStep RT-PCR
【學(xué)位授予單位】：第三軍醫(yī)大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2005
【分類號】：R373

【共引文獻】

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本文編號：1448497