本文關鍵詞：以大腸埃希菌tolC蛋白為靶標的適配體的篩選及結(jié)構(gòu)分析　出處：《北京大學學報(醫(yī)學版)》2014年05期 　論文類型：期刊論文

  更多相關文章： 適體 核苷酸 tolC蛋白 大腸桿菌 抗藥性

【摘要】：目的:篩選大腸埃希菌外排泵tolC蛋白的核酸適配體。方法:重組表達大腸埃希菌外排泵外膜蛋白tolC,利用指數(shù)富集的配體系統(tǒng)進化技術(stematic evolution of ligand by exponential enrichment,SELEX)從單鏈DNA文庫中篩選出一組能夠特異性與其結(jié)合的核酸適配體。利用FITC熒光素標記技術檢測每輪單鏈DNA文庫與靶蛋白的親和力,直至親和力的上升趨于飽和,將最后一輪篩選產(chǎn)物克隆測序,并用DNAman軟件分析其二級結(jié)構(gòu)。結(jié)果:經(jīng)過12輪篩選,單鏈DNA文庫與靶標蛋白的親和力趨向穩(wěn)定,將第12輪篩選產(chǎn)物克隆測序,對獲得的23個適配體進行分析。一級結(jié)構(gòu)分析顯示23個適配體并無共同的保守序列,但分別有3對和2對適配體序列完全一致。二級結(jié)構(gòu)預測分析表明,莖環(huán)結(jié)構(gòu)為適配體主要的結(jié)構(gòu)形式,提示其可能是適配體與tolC蛋白蛋白特異性結(jié)合的基礎。根據(jù)二級結(jié)構(gòu)特點可將23個適配體分為4個家族,其中20號適配體與靶標蛋白親和力最高。結(jié)論:成功利用SELEX技術篩選獲得了特異結(jié)合tolC的高親和力的核酸適配體,為大腸埃希菌耐藥干預及機制研究奠定了基礎。
[Abstract]:Objective: to screen the nucleic acid aptamer of Escherichia coli efflux pump tolC protein. Methods: recombinant expression of Escherichia coli efflux pump outer membrane protein tolC. Ligand phylogenetic techniques with exponential enrichment (. Stematic evolution of ligand by exponential enrichment. Selex) a group of nucleic acid aptamers that can specifically bind to single strand DNA library were screened. The affinity of each round of single stranded DNA library to target protein was detected by FITC fluorescein labeling technique. Until the affinity increased to saturation, the final screening product was cloned and sequenced, and its secondary structure was analyzed by DNAman software. Results: after 12 rounds of screening. The affinity of the single strand DNA library to the target protein tended to be stable and the 12th screening product was cloned and sequenced. The analysis of the 23 aptamers obtained showed that the 23 aptamers had no conserved sequence, but 3 pairs and 2 pairs of aptamers were identical respectively. The secondary structure prediction analysis showed that there was no conserved sequence in the 23 aptamers. Stem ring structure is the main structural form of aptamer, suggesting that it may be the basis of specific binding between aptamer and tolC protein. According to the secondary structure, 23 aptamers can be divided into 4 families. Among them, the aptamer 20 has the highest affinity to the target protein. Conclusion: high affinity aptamers with specific binding to tolC were successfully screened by SELEX technique. It lays a foundation for drug resistance intervention and mechanism study of Escherichia coli.
【作者單位】： 湖南中醫(yī)藥大學醫(yī)學院;
【基金】：國家自然科學基金(81202451,81000026) 湖南省自然科學基金(12JJ4029) 高等學校博士學科點專項科研基金(20114323120002) 中國博士后基金(2012M511731) 湖南省教育廳科學研究項目重點項目(11A083) 湖南省高�？萍紕�(chuàng)新團隊基金(15) 湖南省重點學科基金(100601)資助~~
【分類號】：R3416
【正文快照】： Province(15),and the Construct Program of the Key Discipline In Hunan Province(100601).△Corresponding author’s e-mail,cmgjw@tom.com大腸埃希菌多重耐藥主要與主動外排系統(tǒng)有關,其外排基因占所有轉(zhuǎn)運蛋白基因的6%~18%[1-3],因此抑制大腸埃希菌的主動外排泵對解決其

【共引文獻】

相關博士學位論文 前1條

1 劉琪;疏風宣肺、解表清里方對流感病毒感染小鼠治療作用及免疫調(diào)控機制的研究[D];北京中醫(yī)藥大學;2014年

【相似文獻】

相關期刊論文 前10條

1 張朝陽;郭磊;李一林;唐吉軍;郭興杰;謝劍煒;;SELEX與適配體在蛋白質(zhì)研究中的應用[J];醫(yī)學分子生物學雜志;2008年01期

2 張春娟;曹槐;;丙肝病毒內(nèi)部核糖體進入位點Ⅲd區(qū)域及其適配體的發(fā)夾結(jié)構(gòu)[J];生命的化學;2005年06期

3 甘龍杰;蘭小鵬;;適配體芯片技術及其應用[J];臨床檢驗雜志;2009年06期

4 梁紅茹;楊松濤;張濤;胡桂秋;夏咸柱;;核酸適配體及其在病原微生物學中的應用[J];生物工程學報;2011年05期

5 季穎;王清清;宋海峰;;毛細管電泳技術在核酸分析中的應用[J];國際藥學研究雜志;2009年02期

6 尤曉光;白玉杰;涂蓉;;MR靶向?qū)Ρ葎┣绑w——VEGF165-適配體與VEGF165體外結(jié)合實驗研究[J];國際醫(yī)學放射學雜志;2011年01期

7 周成林;許化溪;;SELEX技術及Aptamer在小分子中的應用進展[J];中國國境衛(wèi)生檢疫雜志;2011年04期

8 張書芹;王光平;朱平;梁嘉佳;徐雅靜;彭敏源;陳炎;譚三勤;陳方平;;急性髓系白血病CD33~+/CD34~+細胞表面核酸適配體的篩選及結(jié)構(gòu)分析[J];中國實驗血液學雜志;2011年03期

9 江麗;蘭小鵬;曾燕麗;甘龍杰;;用SELEX技術篩選葡萄球菌腸毒素B特異性適配體[J];臨床檢驗雜志;2009年06期

10 歐藝;姚朗;;基于核酸適配體的內(nèi)毒素液相及固-液相檢測方法研究[J];解放軍醫(yī)學雜志;2010年08期

相關會議論文 前10條

1 梁好均;劉偉;;核酸適配體鏈構(gòu)象轉(zhuǎn)變的研究[A];2011年全國高分子學術論文報告會論文摘要集[C];2011年

2 鄒如杏;婁新徽;;基于三段式適配體探針的可卡因的檢測[A];中國化學會第28屆學術年會第9分會場摘要集[C];2012年

3 汪海林;章大鵬;;單核苷水平核酸適配體與蛋白質(zhì)相互作用分析[A];中國化學會第28屆學術年會第9分會場摘要集[C];2012年

4 薛利云;周小明;邢達;;基于核酸適配體探針和酶輔助熒光信號擴增的等溫高靈敏度蛋白檢測方法[A];中國光學學會2011年學術大會摘要集[C];2011年

5 譚蔚泓;;核酸適配體在腫瘤分子分型中的應用[A];中國化學會第28屆學術年會第3分會場摘要集[C];2012年

6 蔡立;陳澤忠;唐宏武;;適配體連接的二氧化硅包裹釕吡啶熒光納米探針用于乳腺癌細胞檢測[A];中國化學會第28屆學術年會第4分會場摘要集[C];2012年

7 唐吉軍;郭磊;申睿;余濤;徐華;劉合珠;馬小溪;謝劍煒;;基于適配體的實時定量PCR檢測尿液中的人促紅細胞生成素[A];中國化學會第27屆學術年會第09分會場摘要集[C];2010年

8 張月俠;宋茂勇;李濤;賽道建;汪海林;;基于ELISA方法的五種蛋白適配體的篩選[A];中國化學會第26屆學術年會環(huán)境化學分會場論文集[C];2008年

9 張娟;王麗華;宋世平;樊春海;;基于納米金自組裝探針的凝血酶分析[A];中國化學會第十四屆有機分析及生物分析學術研討會會議論文摘要集[C];2007年

10 孫潔芳;郭磊;唐吉軍;謝劍煒;;CdTe量子點偶聯(lián)寡核苷酸適配體的方法研究及其傳感應用[A];中國化學會第27屆學術年會第09分會場摘要集[C];2010年

相關重要報紙文章 前3條

1 潘文;核酸適配體在醫(yī)藥領域應用前景廣闊[N];中國醫(yī)藥報;2010年

2 記者 連雅婕　通訊員 于柏林 于洋;長春應化所 檢測蛋白質(zhì)有了新方法[N];長春日報;2010年

3 于洋　田野;蛋白質(zhì)檢測有了新方法[N];吉林日報;2011年

相關博士學位論文 前10條

1 胡獻剛;新興適配體在高效凈化/診斷環(huán)境與生物體內(nèi)污染物的特點及其機理[D];南開大學;2012年

2 段諾;食源性致病菌適配體的篩選及分析應用研究[D];江南大學;2013年

3 鄧昆;非標記型電化學適配體傳感器的構(gòu)建及其在蛋白質(zhì)檢測中的應用[D];第三軍醫(yī)大學;2013年

4 黎泓波;基于信號放大核酸適配體和G-四鏈體探針的生化分析新方法[D];湖南大學;2013年

5 申睿;基于功能寡核苷酸分子的蛋白質(zhì)檢測新方法研究[D];中國人民解放軍軍事醫(yī)學科學院;2010年

6 倪Y羆，

本文編號：1393799