本文關(guān)鍵詞：eSNPdb,人類增強(qiáng)子區(qū)域單核酸多態(tài)性數(shù)據(jù)庫

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【摘要】：增強(qiáng)子控制著多能性相關(guān)基因的轉(zhuǎn)錄,在細(xì)胞分化中起重要作用。數(shù)以千計(jì)的GWAS研究結(jié)果表明,一定數(shù)量疾病相關(guān)的SNP位于增強(qiáng)子區(qū)域,且近來的研究發(fā)現(xiàn)SNP通過影響增強(qiáng)子的功能引起對(duì)疾病的易感性,因此有必要對(duì)增強(qiáng)子區(qū)域的SNP進(jìn)行整合和分析。我們建立了e SNPdb數(shù)據(jù)庫,收集了增強(qiáng)子注釋、SNP以及相關(guān)GWAS數(shù)據(jù),將疾病與增強(qiáng)子建立聯(lián)系。數(shù)據(jù)庫收集了67 268個(gè)增強(qiáng)子,在這些區(qū)域上有826 350個(gè)SNP,其中8 521個(gè)與疾病相關(guān)。數(shù)據(jù)庫還收集了位于增強(qiáng)子區(qū)域的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)信息,以便預(yù)測(cè)SNP對(duì)增強(qiáng)子區(qū)域轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合親和性的影響。作為目前唯一收集增強(qiáng)子區(qū)域SNP信息的數(shù)據(jù)庫,e SNPdb將會(huì)是研究增強(qiáng)子在人類疾病中的作用與機(jī)制重要的數(shù)據(jù)資源。
【作者單位】： 上海交通大學(xué)系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)研究院;上海交通大學(xué)生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)院;
【關(guān)鍵詞】： 增強(qiáng)子 單核酸多態(tài)性 GWAS 轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn) 疾病
【基金】：國家自然科學(xué)基金(31501054)資助
【分類號(hào)】：Q811.4;R394
【正文快照】： e SNPdb,a Database of SNPs in Human Enhancer RegionsZhang Ningbo1Cheng Ming2Bai Ling2Kang Yani2Li Hua2*1 Shanghai Center for Systems Biomedicine,Shanghai Jiao Tong University,Shanghai,200240;2 School of Biomedical Engineering,Shanghai JiaoTong University

【相似文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前2條

1 辛忠濤,李君文,王新為,劉瑋,初廣運(yùn);氯對(duì)甲型肝炎病毒抗原性及核酸多態(tài)性影響的研究[J];衛(wèi)生研究;2002年01期

2 ;[J];;年期

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本文編號(hào)：864211