本文關(guān)鍵詞：hsa-miR-138的生物信息學(xué)分析及分子調(diào)控通路預(yù)測

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【摘要】：目的對hsa-miR-138進(jìn)行靶基因、功能富集分析(GO分析)、信號通路富集分析及轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測等生物信息學(xué)分析,為后續(xù)深入研究hsa-miR-138功能提供實驗驗證的理論基礎(chǔ)。方法通過UCSC基因組瀏覽器、Target Scan、starbase、DAVID及KEGG公共數(shù)據(jù)庫、Chipbase等在線工具分析hsa-miR-138序列,預(yù)測hsa-miR-138-1的靶基因,對預(yù)測的靶基因進(jìn)行GO分析和信號通路富集分析,預(yù)測hsa-miR-138的可能轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子。結(jié)果 hsa-miR-138序列在各物種間具有高度保守性。通過對目前文獻(xiàn)的檢索,發(fā)現(xiàn)hsa-miR-138-1的靶基因中既有抑癌基因,也有癌基因。GO分析發(fā)現(xiàn)hsa-miR-138-1靶基因主要富集在轉(zhuǎn)錄調(diào)控、轉(zhuǎn)錄、RNA代謝過程的調(diào)節(jié)、基因表達(dá)、生物大分子的合成等方面(P0.01),KEGG通路分析提示相關(guān)信號通路主要涉及癌癥通路、軸突導(dǎo)向、細(xì)胞內(nèi)噬作用、Wnt信號轉(zhuǎn)導(dǎo)、神經(jīng)營養(yǎng)因子信號轉(zhuǎn)導(dǎo)等重要生理病理過程。應(yīng)用Chipbase預(yù)測出hsamiR-138的19個調(diào)控轉(zhuǎn)錄因子。結(jié)論 hsa-miR-138可能參與多種重要的生物學(xué)過程,并作為雙向調(diào)節(jié)因子調(diào)控腫瘤的生物學(xué)行為。
【作者單位】： 中國醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院泌尿外科;中國醫(yī)科大學(xué)實驗動物部;
【關(guān)鍵詞】： hsa-miR- 生物信息學(xué) 靶基因 信號通路
【基金】：國家自然科學(xué)基金(81272834,81472404,81472403)
【分類號】：R3416
【正文快照】： 微小RNA(micro RNA,mi RNA)是廣泛存在于動植物體內(nèi)的一類長度約為20~24個核苷酸的具有調(diào)控功能的非編碼單鏈小RNA,其種子序列與靶基因 的3′UTR結(jié)合后,可降解靶m RNA或抑制靶m RNA的翻譯,從而負(fù)調(diào)控靶基因,參與基因轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)控。mi RNA廣泛參與器官發(fā)育、細(xì)胞增殖分化、

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本文編號：840689