本文關(guān)鍵詞：整合素黏附體信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路預(yù)測(cè)研究

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【摘要】：目的運(yùn)用生物信息學(xué)方法預(yù)測(cè)整合素黏附體信號(hào)蛋白間的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路,為以實(shí)驗(yàn)方法研究整合素相關(guān)信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路的機(jī)制提供參考。方法把相互作用的整合素黏附體信號(hào)分子對(duì)搭建成相互作用網(wǎng)絡(luò);利用相互作用的置信概率構(gòu)建邊權(quán);然后,采用動(dòng)態(tài)規(guī)劃算法計(jì)算出最小權(quán)重的線性通路,再把這些線性通路組裝成通路網(wǎng)絡(luò)。結(jié)果從147個(gè)整合素黏附體蛋白所組成的736對(duì)相互作用中預(yù)測(cè)出7個(gè)信號(hào)通路網(wǎng)絡(luò),并計(jì)算出各個(gè)通路網(wǎng)絡(luò)中基因本體論注釋蛋白的占有率。結(jié)論對(duì)信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路的研究能夠在分子水平上探索疾病的發(fā)病機(jī)制。預(yù)測(cè)出可能的信號(hào)通路網(wǎng)絡(luò),不僅為基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究疾病機(jī)制提供有用信息,也為探索包括力學(xué)、化學(xué)等外界信號(hào)刺激下的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路提供有益參考信息。
【作者單位】： 太原理工大學(xué)力學(xué)學(xué)院應(yīng)用力學(xué)與生物醫(yī)學(xué)工程研究所;
【關(guān)鍵詞】： 整合素黏附體 信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路 動(dòng)態(tài)規(guī)劃算法
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(31070828,31300770) 博士后科學(xué)基金項(xiàng)目(2012T50247,20100471587) 山西省自然科學(xué)基金項(xiàng)目(2009021018-2,2013021003-2)
【分類號(hào)】：R3416
【正文快照】： 整合素作為一種極其重要的細(xì)胞黏附分子,屬于跨膜蛋白,對(duì)信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)有著至關(guān)重要的作用[1]。它通過(guò)各種復(fù)雜的途徑來(lái)轉(zhuǎn)導(dǎo)外界的力化學(xué)信號(hào),包括細(xì)胞遷移、生長(zhǎng)、分化、凋亡和侵入等在內(nèi)的大多數(shù)細(xì)胞表型都由整合素介導(dǎo)調(diào)節(jié)。因此,預(yù)測(cè)整合素黏附信號(hào)分子之間的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路對(duì)探

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