本文關(guān)鍵詞：H1N1流感病毒的HA、NA蛋白序列進化樹

  更多相關(guān)文章： HN病毒 HA蛋白序列 NA蛋白序列 模糊鄰近關(guān)系 結(jié)構(gòu)聚類 進化樹

【摘要】：為了從本質(zhì)上揭示H1N1病毒分子的變異、流感流行等關(guān)系,提出一種構(gòu)建H1N1型流感病毒進化樹的新方法。在1902—2013年全球22 455條H1N1型流感病毒HA蛋白序列和16444條NA蛋白序列數(shù)據(jù)的基礎(chǔ)上,利用其特征向量構(gòu)建基于內(nèi)積的蛋白序列相似度;采用基于相似度的完全聚類圖的方法進行數(shù)據(jù)系統(tǒng)粗粒化的相似信息提取;最后,利用基于模糊鄰近關(guān)系的結(jié)構(gòu)聚類方法構(gòu)建H1N1型禽流感病毒HA、NA蛋白序列的進化樹及算法研究。試驗結(jié)果表明:H1N1病毒的變異不僅與爆發(fā)時間密切相關(guān),還與所分布地域及地域間的距離有很大關(guān)系,且分布地域間的距離越近,爆發(fā)的病毒進化的相似程度越高。因此這種基于大數(shù)據(jù)處理的新方法能有效揭示流感病毒的進化關(guān)系,為進一步研究流感病毒的變異、進化與預測奠定了基礎(chǔ)。
【作者單位】： 江南大學理學院;
【關(guān)鍵詞】： HN病毒 HA蛋白序列 NA蛋白序列 模糊鄰近關(guān)系 結(jié)構(gòu)聚類 進化樹
【基金】：國家自然科學基金項目(11371174) 中央高校基本科研業(yè)務費專項(JUSRP51317B)
【分類號】：R373.13
【正文快照】： 自2009年全球出現(xiàn)了可以直接感染人的流感病毒H1N1后,流感對人類的威脅已經(jīng)不可忽視[1]。流感病毒是一種單負鏈的RNA病毒,有8個負鏈的RNA單鏈片段組成。這8個片段共編碼10種病毒蛋白質(zhì),即結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)(HA、NA、NP、M1、M2、PBl、PB2、PA)和非結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)(NSl、NS2)。依據(jù)位于病毒

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