本文關(guān)鍵詞：空腸彎曲菌莢膜多糖遺傳特征及彎曲菌感染的宿主歸因分析

  更多相關(guān)文章： 彎曲菌 全基因組測序 莢膜多糖 血清分型 多位點序列分型 宿主歸因

【摘要】：彎曲菌(Campylobacter)作為重要的食源性病原菌,仍然是包括中國在內(nèi)的許多國家所面臨的公共衛(wèi)生問題,同時,彎曲菌也是引起細(xì)菌性腸炎最常見的原因之一。其中與人類疾病密切相關(guān)的種屬大多為空腸彎曲菌和結(jié)腸彎曲菌。本研究中對28株中國空腸彎曲菌菌株進(jìn)行了全基因組測序,同GenBank數(shù)據(jù)庫中其他國家的10株完成圖的全基因組測序進(jìn)行了聚類。從分析結(jié)果我們觀察到地緣性的隔離并不會影響種群的結(jié)構(gòu)；而相同血清型聚集在同一個分支上,這說明血清型相關(guān)遺傳因子可能對種群有重要影響�？漳c彎曲菌的莢膜多糖是一個重要的毒力因子,與細(xì)胞表面多糖的多樣性共同決定血清型。目前已有34種莢膜多糖基因結(jié)構(gòu)被報道,并且有些也能夠通過多重PCR進(jìn)行檢測。HS1/44c、HS2、HS4c、HS19、HS23/36c和HS41等血清型是引起格林-巴利綜合征(GBS)菌株的標(biāo)志性血清型,空腸彎曲菌的莢膜多糖脂寡糖對GBS的發(fā)病及易感性都有重要的作用。通過對18個CPS合成相關(guān)基因簇的序列分析得知,莢膜多糖基因簇具有明顯的基因多樣性及莢膜多糖基因簇類型之間的拼接性,主要由于基因缺失或獲得以及基因的水平轉(zhuǎn)移引起的；CPS合成相關(guān)基因分析顯示,主要基因組成為糖合成基因、糖基轉(zhuǎn)移酶基因和甲基磷酸酯合成相關(guān)基因,研究發(fā)現(xiàn)在某些血清型的莢膜多糖基因簇中存在一些相對保守的基因(如甲基磷酸酯合成相關(guān)基因和八碳糖合成相關(guān)基因)。本研究建立了多重PCR方法鑒定五種特定血清型及三種GBS相關(guān)血清型。根據(jù)莢膜多糖基因的旁系同源基因或獨特DNA區(qū)域能夠設(shè)計出針對每種莢膜類型的引物。通過對已知血清型的對31株菌株進(jìn)行驗證,該多重PCR方法可以有有效區(qū)分以上八種血清型,并且敏感性和特異性都是100%。目前已有幾個國家和地區(qū)開展多位點序列分型(MLST)在彎曲菌的宿主歸因分析,而在中國還沒有相關(guān)報道。本研究建立宿主歸因的方法得到中國菌株的宿主歸因情況。我們對中國777株彎曲MLST的進(jìn)行分子方差分析(使用Alequin軟件)和歸因模型分析(使用Structure軟件),來對中國彎曲菌的感染進(jìn)行宿主歸因,其中臨床分離株272株,雞來源菌株309株、豬來源菌株119株,牛、鵝和鴨子來源的菌株數(shù)量分別為11株、18株和7株。同時也對中國菌株與外國9個來源的共3695菌株進(jìn)行了比較,分析各種群之間的遺傳距離和宿主歸因的可能性。結(jié)果顯示,中國空腸彎曲菌主要歸因于雞來源菌株,中國結(jié)腸彎曲菌主要歸因于豬來源菌株。與外國的比較結(jié)果顯示,中國空腸彎曲菌歸因于歐美的雞來源的可能性較高,而歸因于新西蘭牛來源菌株的可能性較高；中國結(jié)腸彎曲菌歸因于英國豬來源的可能性比較高,而歸因于美國雞來源的可能性較高。中國各宿主與國外菌株比較顯示,中外宿主種群結(jié)構(gòu)也是有一定差異的。本研究建立了彎曲菌宿主歸因方法,通過對食物鏈從養(yǎng)雞場到零售過程中傳播進(jìn)行疾病預(yù)防干預(yù)有重要意義。
【關(guān)鍵詞】：彎曲菌 全基因組測序 莢膜多糖 血清分型 多位點序列分型 宿主歸因
【學(xué)位授予單位】：中國疾病預(yù)防控制中心
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：R378
【目錄】：

• 縮略詞7-9
• 論文摘要9-11
• Abstract11-13
• 第一部分 空腸彎曲菌莢膜多糖遺傳特異性分析及其PCR檢測方法的建立13-46
• 1 前言13-15
• 2 材料與方法15-27
• 2.1 材料15-18
• 2.1.1 實驗菌株15-16
• 2.1.2 主要儀器耗材16-17
• 2.1.3 主要試劑及溶液17-18
• 2.2 方法18-27
• 2.2.1 試劑盒提取彎曲菌基因組DNA18-19
• 2.2.2 試劑盒法血清型鑒定實驗步驟19
• 2.2.3 全基因組測序流程19-21
• 2.2.4 基于核心基因組的SNP的NJ樹構(gòu)建21
• 2.2.5 全基因組測序及CPS位點序列的獲得21-24
• 2.2.6 CPS合成相關(guān)基因簇聚類建24
• 2.2.7 直系同源分配24
• 2.2.8 CPS相關(guān)序列比對和PCR的開發(fā)24-26
• 2.2.9 多重PCR檢測驗證26-27
• 3 結(jié)果27-40
• 3.1 全基因組NJ樹27
• 3.2 CPS的系統(tǒng)發(fā)育和遺傳多樣性27-33
• 3.2.1 CPS合成相關(guān)基因簇的NJ樹構(gòu)建29-30
• 3.2.2 CPS遺傳多樣性30-33
• 3.3 CPS同源基因的多樣性33-35
• 3.4 GBS相關(guān)血清型CPS合成相關(guān)基因簇序列特征及特異序列35
• 3.5 多重PCR方法驗證血清型建立35-40
• 4 討論40-45
• 5 小結(jié)45-46
• 第二部分 彎曲菌多位點序列分型及宿主歸因分析46-65
• 1 前言46-48
• 2 材料與方法48-55
• 2.1. 材料48-51
• 2.1.1 實驗菌株48-50
• 2.1.2 主要儀器、耗材50
• 2.1.3 主要試劑及溶劑50-51
• 2.2 方法51-55
• 2.2.1 MLST PCR擴增基因以及引物序列51-52
• 2.2.2 MLST分析用基因測序引物序列52-53
• 2.2.3 PCR體系配制53-54
• 2.2.4 PCR擴增程序54
• 2.2.5 PCR產(chǎn)物電泳驗證和純化54
• 2.2.6 ST(Sequence Type)型別確定54
• 2.2.7 基于MLST結(jié)果的種群遺傳距離分析和宿主歸因分析54-55
• 3 結(jié)果55-62
• 3.1 中國菌株ST型分布頻數(shù)55-56
• 3.2 空腸彎曲菌歸因分析結(jié)果56-59
• 3.2.1 中國菌株分子方差分析結(jié)果56-57
• 3.2.2 中國臨床分離株宿主歸因57
• 3.2.3 不同國家地區(qū)C.jejuni臨床株分子方差分析57-58
• 3.2.4 中國臨床分離株與國外來源菌株歸因分析58-59
• 3.3 結(jié)腸彎曲菌歸因分析結(jié)果59-61
• 3.3.1 中國菌株分子方差分析結(jié)果59
• 3.3.2 中國臨床分離株宿主歸因59-60
• 3.3.3 不同國家地區(qū)C.coli臨床株分子方差分析60
• 3.2.4 中國臨床分離株與國外來源菌株歸因分析60-61
• 3.4 中國主要宿主菌株與國外菌株菌株種群遺傳距離61-62
• 4 討論62-64
• 5 小結(jié)64-65
• 參考文獻(xiàn)65-70
• 綜述70-76
• 參考文獻(xiàn)74-76
• 附錄76-95
• 碩士研究生期間主要成果95-96
• 致謝96

【相似文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 張建中;;空腸彎曲菌病[J];傳染病信息;2005年02期

2 高正琴;張強;邢進(jìn);王春玲;賀爭鳴;邢瑞昌;;空腸彎曲菌套式PCR快速檢測方法的建立與初步應(yīng)用[J];中國比較醫(yī)學(xué)雜志;2006年12期

3 袁寶君;吳高林;喬昕;戴建華;;多重PCR與傳統(tǒng)方法檢測空腸彎曲菌的比較研究[J];衛(wèi)生研究;2007年01期

4 欒軍;祝長青;蔣原;金偉青;;空腸彎曲菌保存方法的比較[J];口岸衛(wèi)生控制;2007年04期

5 張茂俊;張建中;;空腸彎曲菌耐藥現(xiàn)狀[J];疾病監(jiān)測;2007年12期

6 拜世英;;淺述空腸彎曲菌誘發(fā)格林-巴利綜合征的機制和防控[J];醫(yī)學(xué)與哲學(xué)(臨床決策論壇版);2010年03期

7 邢叢叢;李震中;白欣立;徐飛;付金生;馬海陽;李文倩;盧小衛(wèi);;空腸彎曲菌Penner O:19 galE基因真核表達(dá)質(zhì)粒的構(gòu)建[J];腦與神經(jīng)疾病雜志;2012年02期

8 陸磊;焦新安;黃金林;;空腸彎曲菌細(xì)胞致死性腫脹毒素研究進(jìn)展[J];中國人獸共患病學(xué)報;2012年10期

9 邢麗萍;薛永春;楊月清;;空腸彎曲菌分型技術(shù)的研究進(jìn)展[J];公共衛(wèi)生與預(yù)防醫(yī)學(xué);2012年06期

10 劉孝波;蔣棟能;蒲曉允;;利用環(huán)介導(dǎo)恒溫擴增法快速檢測空腸彎曲菌[J];醫(yī)學(xué)研究雜志;2013年08期

中國重要會議論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 張弓;黃金林;焦新安;;空腸彎曲菌“活的非可培養(yǎng)狀態(tài)”研究進(jìn)展[A];中國畜牧獸醫(yī)學(xué)會2009學(xué)術(shù)年會論文集（下冊）[C];2009年

2 韓茜倩;師以康;王鳳山;;在空腸彎曲菌表達(dá)N型糖蛋白的研究進(jìn)展[A];山東省藥學(xué)會2010年生化與生物技術(shù)藥物學(xué)術(shù)研討會論文集[C];2010年

3 高正琴;張強;邢進(jìn);王春玲;賀爭鳴;邢瑞昌;;空腸彎曲菌套式PCR快速檢測方法的建立及初步應(yīng)用[A];中國實驗動物學(xué)會第七屆學(xué)術(shù)年會論文集[C];2006年

4 劉光明;蔡慧農(nóng);曹敏杰;蘇文金;;一種檢測活的非可培養(yǎng)狀態(tài)空腸彎曲菌的新型方法[A];提高全民科學(xué)素質(zhì)、建設(shè)創(chuàng)新型國家——2006中國科協(xié)年會論文集[C];2006年

5 薛峰;徐飛;陳穎;李震中;張睿;張常印;蔣原;李懷林;陸承平;;2006-2008年華東地區(qū)空腸彎曲菌動物源分離株分子分型研究[A];動物檢疫學(xué)分會2010年學(xué)術(shù)年會論文集[C];2010年

6 黃金林;許海燕;包廣宇;張弓;劉佩紅;姜峰;潘志明;劉秀梵;焦新安;;不同來源空腸彎曲菌分子流行病學(xué)分析[A];中國畜牧獸醫(yī)學(xué)會2009學(xué)術(shù)年會論文集（上冊）[C];2009年

7 劉光明;蔡慧農(nóng);曹敏杰;蘇文金;;一種檢測活的非可培養(yǎng)狀態(tài)空腸彎曲菌的新方法[A];中國食品科學(xué)技術(shù)學(xué)會第五屆年會暨第四屆東西方食品業(yè)高層論壇論文摘要集[C];2007年

8 王君;劉秀梅;郭云昌;;雞肉空腸彎曲菌標(biāo)準(zhǔn)制定過程中風(fēng)險評估的應(yīng)用[A];達(dá)能營養(yǎng)中心青年科學(xué)工作者論壇優(yōu)秀論文集2010年第5期[C];2010年

9 祝令偉;郭學(xué)軍;馮書章;;空腸彎曲菌蛋白質(zhì)組學(xué)研究概述[A];中國畜牧獸醫(yī)學(xué)會生物制品學(xué)分會中國微生物學(xué)會獸醫(yī)微生物學(xué)專業(yè)委員會2010年學(xué)術(shù)年會（第三屆中國獸藥大會學(xué)術(shù)論壇）論文集[C];2010年

10 孫新婷;沈?qū)氥?侯鳳琴;于巖巖;;北京地區(qū)空腸彎曲菌的臨床分析[A];中華醫(yī)學(xué)會全國第九次感染病學(xué)學(xué)術(shù)會議論文匯編[C];2006年

中國重要報紙全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 曾繁玉;格林-巴利綜合征分子研究有重大突破[N];中國醫(yī)藥報;2002年

中國博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前5條

1 張茂俊;格林—巴利綜合征相關(guān)空腸彎曲菌遺傳特征分析[D];中國疾病預(yù)防控制中心;2008年

2 田新英;吉蘭-巴雷綜合征相關(guān)空腸彎曲菌的蛋白質(zhì)譜特征分析[D];河北醫(yī)科大學(xué);2004年

3 馮永嘉;空腸彎曲菌粘附蛋白基因工程疫苗的實驗研究[D];重慶醫(yī)科大學(xué);2003年

4 黃金林;我國部分地區(qū)雞源空腸彎曲菌流行病學(xué)及運送flaA基因的殼聚糖納米DNA疫苗免疫生物學(xué)特性研究[D];揚州大學(xué);2008年

5 束曉梅;空腸彎曲菌galE基因變異株的臨床意義研究[D];重慶醫(yī)科大學(xué);2004年

中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 楊靜;空腸彎曲菌致豚鼠不同時間段周圍神經(jīng)病理損傷的研究[D];河北醫(yī)科大學(xué);2015年

2 張華威;空腸彎曲菌膜融合蛋白CmeA、外膜蛋白CmeC的表達(dá)、純化與結(jié)晶篩選[D];復(fù)旦大學(xué);2012年

3 梁昊;空腸彎曲菌莢膜多糖遺傳特征及彎曲菌感染的宿主歸因分析[D];中國疾病預(yù)防控制中心;2016年

4 王傳文;表達(dá)空腸彎曲菌保護性抗原cfrA、cjaA基因的重組乳酸菌的構(gòu)建及口服免疫研究[D];山東農(nóng)業(yè)大學(xué);2016年

5 吳高林;空腸彎曲菌快速檢測方法建立和應(yīng)用的研究[D];南京醫(yī)科大學(xué);2007年

6 楊靜;空腸彎曲菌體外非理想條件下性狀變化評估[D];河北醫(yī)科大學(xué);2013年

7 尹衍新;基于CjaA蛋白檢測雞空腸彎曲菌抗體的間接ELISA方法建立及其單克隆抗體研制[D];揚州大學(xué);2010年

8 高愛民;空腸彎曲菌鐵相關(guān)受體基因序列的分析研究[D];河北醫(yī)科大學(xué);2011年

9 林世永;實時定量PCR檢測人類腹瀉糞便中空腸彎曲菌的研究與評價[D];南方醫(yī)科大學(xué);2008年

10 李文倩;C.jejuni在不同條件下的形態(tài)學(xué)變化及C.jejuni的分離[D];河北醫(yī)科大學(xué);2012年

，

本文編號：528433