本文關(guān)鍵詞：乙型肝炎病毒Ⅹ蛋白的優(yōu)勢(shì)氨基酸序列與熱點(diǎn)突變位點(diǎn)的生物信息學(xué)分析，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：乙型肝炎病毒X蛋白(hepatitis B virus X protein,HBx)全長(zhǎng)154個(gè)氨基酸,與肝癌發(fā)生密切相關(guān)。為確定HBx的優(yōu)勢(shì)氨基酸序列和熱點(diǎn)突變位點(diǎn),在GenBank中下載所有HBx的氨基酸序列13 950條,剔除插入突變、缺失突變和起始密碼子非甲硫氨酸的序列,最后保留7 126條。通過(guò)分析這7 126條序列,計(jì)算出HBx每個(gè)位點(diǎn)的氨基酸分布情況,出現(xiàn)頻率最高的氨基酸為該位點(diǎn)的優(yōu)勢(shì)氨基酸,其他氨基酸為突變氨基酸。154個(gè)位點(diǎn)的優(yōu)勢(shì)氨基酸組成HBx優(yōu)勢(shì)氨基酸序列。突變率10.0%的熱點(diǎn)突變位點(diǎn)有32個(gè)。其中第36、42、44、87、88和127位氨基酸有4種(突變率1.0%)以上突變形式,具有較高的多態(tài)性。與肝癌密切相關(guān)的K130M/V131I雙突變率為34.7%。通過(guò)7 126條HBx序列與優(yōu)勢(shì)序列的同源性比較,隨機(jī)選出其中50條序列(2條與優(yōu)勢(shì)序列同源性75%,48條同源性為76%~99%),與23條參考序列及優(yōu)勢(shì)序列共同構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹。結(jié)果顯示,HBx優(yōu)勢(shì)氨基酸序列屬于基因型C,這與基因型C為全球主要流行型一致。本研究首次系統(tǒng)性分析了GenBank中HBx的優(yōu)勢(shì)序列,確定了32個(gè)HBx熱點(diǎn)突變位點(diǎn)和6個(gè)多態(tài)性較高的位點(diǎn),為基于HBx突變的基礎(chǔ)和應(yīng)用研究奠定了基礎(chǔ)。
【作者單位】： 復(fù)旦大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院教育部/衛(wèi)生部醫(yī)學(xué)分子病毒學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;太倉(cāng)市第一人民醫(yī)院感染科;上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第九人民醫(yī)院口腔預(yù)防科;
【關(guān)鍵詞】： 乙型肝炎病毒Ⅹ蛋白 熱點(diǎn)突變 優(yōu)勢(shì)序列
【基金】：國(guó)家重點(diǎn)基礎(chǔ)研究發(fā)展計(jì)劃(2012CB519002)
【分類號(hào)】：R373.21
【正文快照】： 乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)感染引起的慢性肝炎、肝硬化(liver cirrhosis,LC)和肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)是全球性的公共衛(wèi)生威脅,給患者尤其是發(fā)展中國(guó)家的患者帶來(lái)沉重負(fù)擔(dān)[1]。HBV X蛋白(HBV X protein,HBx)全長(zhǎng)154個(gè)氨基酸,對(duì)HBV的感染和復(fù)制極為重要

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3 張v，

本文編號(hào)：404784