目的預(yù)測潛在的γ-和β-珠蛋白表達(dá)調(diào)控因子,為珠蛋白基因表達(dá)調(diào)控研究提供新的思路。方法從GEO數(shù)據(jù)庫中下載γ-和β-珠蛋白基因差異表達(dá)相關(guān)的兩組RNA-seq數(shù)據(jù),利用分化各時(shí)期共同存在的不同組織來源細(xì)胞間的差異表達(dá)基因及其預(yù)測出的上游調(diào)控因子,通過STRING數(shù)據(jù)庫、Centiscape軟件進(jìn)行潛在調(diào)控因子的預(yù)測。結(jié)果除預(yù)測到BCL11A、NF-E2、YY1和GATA1等已知的γ-和β-珠蛋白基因表達(dá)調(diào)控因子外,從兩組數(shù)據(jù)共同預(yù)測出14個(gè)潛在調(diào)控因子。結(jié)論分析預(yù)測出的包括MAPK1、TNF和IFNG等潛在的調(diào)控因子可能調(diào)控γ-和β-珠蛋白基因表達(dá),需要近一步的分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)證實(shí)。

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圖1外周血與胎肝來源間差異表達(dá)基因及上游調(diào)控因子間的蛋白質(zhì)間相互作用網(wǎng)絡(luò)圖Fig1Protein-proteininteractionnetworkofdifferentiallyexpressedgenesandupstreamregulatorsderivedfromperipheralbloodandfetalliver

基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)與臨床Basic＆ClinicalMedicine2018.38(11)行上游調(diào)控因子的預(yù)測，共預(yù)測出30個(gè)，如表2所示前20個(gè)。2.3γ-和β-珠蛋白基因表達(dá)調(diào)控因子的預(yù)測過STＲING數(shù)據(jù)庫和Cytoscape對外周血與胎肝來源間不同分化時(shí)期共有的635個(gè)差異表達(dá)基因....

圖２胎肝期Ｙ－珠蛋白向成年型ｐ－珠蛋白基因表達(dá)轉(zhuǎn)換的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)示意圖??眾多轉(zhuǎn)錄因子和輔助因子參與到了胎肝期７－珠蛋白向Ｐ－珠蛋白基因表達(dá)轉(zhuǎn)換過程中

使ＬＣＲ與ｙ－珠蛋白基因啟動(dòng)子相互靠近；在成年期紅細(xì)胞中，ＬＣＲ會(huì)與Ｐ－珠??蛋白基因啟動(dòng)子相互靠近［２２］。??如圖２所示，眾多調(diào)控Ｙ－和（３－珠蛋白基因表達(dá)的轉(zhuǎn)錄因子并不是獨(dú)立地調(diào)控??珠蛋白基因表達(dá)，而是各因子間相互協(xié)調(diào)，在多層次的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中發(fā)揮調(diào)控功??能。??Ｉ??丄?....

圖３本研究實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)的技術(shù)路線圖??

圖３本研究實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)的技術(shù)路線圖??

圖６紅系分化第１１天和第１４天外周血與胎肝來源細(xì)胞間差異表達(dá)基因的篩選和聚類分析??（Ａ）分化第〗１天，外周血與胎肝來源相比有４０９個(gè)基因表達(dá)上調(diào)，３１７個(gè)基因表達(dá)下??調(diào)；分化第１１天，外周血與胎肝來源相比有７１８個(gè)基因表達(dá)上調(diào)，７９８個(gè)基因表達(dá)下調(diào)??（Ｂ）?（Ｃ）利用紅系分化第１１天和第１４天的外周血與胎肝來源間的差異表達(dá)基因繪制??熱圖和韋?

圖６紅系分化第１１天和第１４天外周血與胎肝來源細(xì)胞間差異表達(dá)基因的篩選和聚類分析??（Ａ）分化第〗１天，外周血與胎肝來源相比有４０９個(gè)基因表達(dá)上調(diào)，３１７個(gè)基因表達(dá)下??調(diào)；分化第１１天，外周血與胎肝來源相比有７１８個(gè)基因表達(dá)上調(diào)，７９８個(gè)基因表達(dá)下調(diào)??（Ｂ）?（Ｃ）利用紅系分....

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