MERS冠狀病毒主蛋白酶與N3抑制劑復(fù)合物的結(jié)構(gòu)功能研究及SARS冠狀病毒解旋酶的晶體學(xué)研究
發(fā)布時(shí)間:2024-04-20 10:16
自2012年起,一種新型冠狀病毒——中東呼吸綜合征冠狀病毒(Middle East Respiratory Syndrome coronavirus, MERS-CoV)持續(xù)在中東地區(qū)蔓延,已造成上百例感染病例,致死率高達(dá)50%。這是繼2003年爆發(fā)的嚴(yán)重急性呼吸系統(tǒng)綜合征冠狀病毒(Severe Acute Respiratory Syndrome coronavirus, SARS-CoV)、2004年發(fā)現(xiàn)的人類(lèi)冠狀病毒NL63(Human Coronavirus NL63,HCoV-NL63)以及2006年發(fā)現(xiàn)的人類(lèi)冠狀病毒HKU1(Human Coronavirus HKU1, HCoV-HKU1)之后發(fā)現(xiàn)的又一個(gè)人類(lèi)冠狀病毒家族的新成員,這表明冠狀病毒對(duì)人類(lèi)健康的威脅始終存在,然而到目前為止,在世界范圍內(nèi)還沒(méi)有切實(shí)有效的能用于臨床治療MERS-CoV、SARS-CoV等冠狀病毒感染的疫苗或特效藥物。 冠狀病毒作為單股正鏈RNA病毒,編碼約16個(gè)非結(jié)構(gòu)蛋白(non-structural proteins, nsps)介導(dǎo)自身的轉(zhuǎn)錄復(fù)制過(guò)程。這其中,nsp5(即主蛋白酶)參與將冠狀...
【文章頁(yè)數(shù)】:134 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
圖和附表清單
主要符號(hào)對(duì)照表
第一章 引言
第一節(jié) 選題背景及意義
第二節(jié) 冠狀病毒的研究簡(jiǎn)史、分類(lèi)和引發(fā)的疾病
1.2.1 冠狀病毒的研究簡(jiǎn)史
1.2.2 冠狀病毒的分類(lèi)
1.2.4 冠狀病毒引起的疾病
1.2.5 冠狀病毒引起的疾病的防治
第三節(jié) 冠狀病毒的研究概況
1.3.1 冠狀病毒的基因組結(jié)構(gòu)
1.3.2 冠狀病毒的生活周期
1.3.3 冠狀病毒的復(fù)制轉(zhuǎn)錄機(jī)制
1.3.4 冠狀病毒RTC的組成
第四節(jié) MERS-CoV nsp5的研究意義
1.4.1 冠狀病毒nsp5的研究意義
1.4.2 冠狀病毒nsp5的研究現(xiàn)狀
1.4.3 冠狀病毒nsp5抑制劑的研究現(xiàn)狀
1.4.4 冠狀病毒nsp5及其抑制劑研究過(guò)程中的注意點(diǎn)
1.4.5 MERS-CoV nsp5與N3復(fù)合物結(jié)構(gòu)的研究意義
第五節(jié) 本課題的研究?jī)?nèi)容與意義
第六節(jié) 論文結(jié)構(gòu)安排
第二章 MERS-CoV nsp5與抑制劑N3的復(fù)合物晶體制備
第一節(jié) MERS-CoV nsp5的基本信息
2.1.1 MERS-CoV nsp5的基因序列
2.1.2 MERS-CoV nsp5的生物化學(xué)信息
2.1.3 MERS-CoV nsp5折疊情況預(yù)測(cè)
2.1.4 MERS-CoV nsp5的同源蛋白分析
2.1.5 小結(jié)
第二節(jié) MERS-CoV nsp5基因的克隆與表達(dá)載體的優(yōu)化
2.2.1 MERS-CoV nsp5基因的獲取
2.2.2 表達(dá)系統(tǒng)的選擇
2.2.3 表達(dá)載體的選擇
2.2.4 重組質(zhì)粒的構(gòu)建
第三節(jié) MERS-CoV nsp5重組蛋白的表達(dá)與純化
2.3.1 MERS-CoV nsp5重組蛋白的表達(dá)
2.3.2 MERS-CoV nsp5重組蛋白的純化
第四節(jié) MERS-CoV nsp5蛋白的晶體生長(zhǎng)與初步數(shù)據(jù)收集
2.4.1 蛋白質(zhì)結(jié)晶的基本原理
2.4.2 MERS-CoV nsp5結(jié)晶條件的初步篩選和優(yōu)化嘗試
2.4.3 MERS-CoV nsp5與N3復(fù)合物晶體的生長(zhǎng)與優(yōu)化
第三章 MERS-CoV nsp5-N3復(fù)合物的結(jié)構(gòu)功能研究
第一節(jié) 結(jié)構(gòu)解析原理簡(jiǎn)介
3.1.1 相位問(wèn)題的存在
3.1.2 常用結(jié)構(gòu)解析方法簡(jiǎn)介
第二節(jié) MERS-CoV nsp5-N3復(fù)合物的結(jié)構(gòu)解析
3.2.1 數(shù)據(jù)收集和處理
3.2.2 結(jié)構(gòu)解析過(guò)程
第三節(jié) MERS-CoV nsp5與N3復(fù)合物的結(jié)構(gòu)分析
3.3.1 MERS-CoV nsp5與N3的總體結(jié)構(gòu)
3.3.2 MERS-CoV nsp5與N3的結(jié)合情況分析
第四節(jié) N3分子抑制MERS-CoV nsp5的酶活驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)
3.4.1 MERS-CoV nsp5的活性檢測(cè)原理
3.4.2 MERS-CoV nsp5的酶活實(shí)驗(yàn)方法
3.4.3 N3對(duì)MERS-CoV nsp5的抑制活性
3.4.4 小結(jié)
第四章 SARS-CoV nsp13的晶體學(xué)研究
第一節(jié) SARS-CoV nsp13的研究進(jìn)展及意義
4.1.1 SARS-CoV nsp13的功能研究進(jìn)展
4.1.2 SARS-CoV nsp13結(jié)構(gòu)生物學(xué)研究的意義
第二節(jié) SARS-CoV nsp13重組質(zhì)粒的構(gòu)建
4.2.1 SARS-CoV nsp13基本信息分析
4.2.2 SARS-CoV nsp13表達(dá)載體的選擇
4.2.3 SARS-CoV nsp13表達(dá)載體的構(gòu)建
第三節(jié) pGEX-6p-1-nsp13克隆的蛋白表達(dá)、純化與結(jié)晶嘗試
4.3.1 pGEX-6p-1-nsp13克隆的蛋白表達(dá)與純化
4.3.2 pGEX-6p-1-nsp13野生型和突變體蛋白結(jié)晶嘗試
第四節(jié) pET-28a-nsp13克隆的蛋白表達(dá)、純化與結(jié)晶
4.4.1 pET-28a-nsp13克隆的蛋白表達(dá)與純化
4.4.2 pET-28a-nsp13蛋白的結(jié)晶
第五節(jié) pET-28a'-nsp13克隆的蛋白表達(dá)、純化與結(jié)晶
4.5.1 pET-28a'-nsp13克隆的蛋白表達(dá)與純化
4.5.2 pET-28a'-nsp13蛋白的結(jié)晶
第六節(jié) pET-28a-6×His-nsp13克隆的蛋白晶體制備與數(shù)據(jù)收集
4.6.1 pET-28a-6×His-nsp13克隆的蛋白表達(dá)與純化
4.6.2 pET-28a-6×His-nsp13蛋白的結(jié)晶
4.6.3 pET-28a-6×His-nsp13蛋白質(zhì)晶體的數(shù)據(jù)收集和處理
第五章 結(jié)論
附錄A MERS-CoV nsp5的編碼堿基與氨基酸序列
附錄B SARS-CoV nsp13的編碼堿基與氨基酸序列
參考文獻(xiàn)
致謝
個(gè)人簡(jiǎn)歷、在學(xué)期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文與研究成果
本文編號(hào):3959266
【文章頁(yè)數(shù)】:134 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
圖和附表清單
主要符號(hào)對(duì)照表
第一章 引言
第一節(jié) 選題背景及意義
第二節(jié) 冠狀病毒的研究簡(jiǎn)史、分類(lèi)和引發(fā)的疾病
1.2.1 冠狀病毒的研究簡(jiǎn)史
1.2.2 冠狀病毒的分類(lèi)
1.2.4 冠狀病毒引起的疾病
1.2.5 冠狀病毒引起的疾病的防治
第三節(jié) 冠狀病毒的研究概況
1.3.1 冠狀病毒的基因組結(jié)構(gòu)
1.3.2 冠狀病毒的生活周期
1.3.3 冠狀病毒的復(fù)制轉(zhuǎn)錄機(jī)制
1.3.4 冠狀病毒RTC的組成
第四節(jié) MERS-CoV nsp5的研究意義
1.4.1 冠狀病毒nsp5的研究意義
1.4.2 冠狀病毒nsp5的研究現(xiàn)狀
1.4.3 冠狀病毒nsp5抑制劑的研究現(xiàn)狀
1.4.4 冠狀病毒nsp5及其抑制劑研究過(guò)程中的注意點(diǎn)
1.4.5 MERS-CoV nsp5與N3復(fù)合物結(jié)構(gòu)的研究意義
第五節(jié) 本課題的研究?jī)?nèi)容與意義
第六節(jié) 論文結(jié)構(gòu)安排
第二章 MERS-CoV nsp5與抑制劑N3的復(fù)合物晶體制備
第一節(jié) MERS-CoV nsp5的基本信息
2.1.1 MERS-CoV nsp5的基因序列
2.1.2 MERS-CoV nsp5的生物化學(xué)信息
2.1.3 MERS-CoV nsp5折疊情況預(yù)測(cè)
2.1.4 MERS-CoV nsp5的同源蛋白分析
2.1.5 小結(jié)
第二節(jié) MERS-CoV nsp5基因的克隆與表達(dá)載體的優(yōu)化
2.2.1 MERS-CoV nsp5基因的獲取
2.2.2 表達(dá)系統(tǒng)的選擇
2.2.3 表達(dá)載體的選擇
2.2.4 重組質(zhì)粒的構(gòu)建
第三節(jié) MERS-CoV nsp5重組蛋白的表達(dá)與純化
2.3.1 MERS-CoV nsp5重組蛋白的表達(dá)
2.3.2 MERS-CoV nsp5重組蛋白的純化
第四節(jié) MERS-CoV nsp5蛋白的晶體生長(zhǎng)與初步數(shù)據(jù)收集
2.4.1 蛋白質(zhì)結(jié)晶的基本原理
2.4.2 MERS-CoV nsp5結(jié)晶條件的初步篩選和優(yōu)化嘗試
2.4.3 MERS-CoV nsp5與N3復(fù)合物晶體的生長(zhǎng)與優(yōu)化
第三章 MERS-CoV nsp5-N3復(fù)合物的結(jié)構(gòu)功能研究
第一節(jié) 結(jié)構(gòu)解析原理簡(jiǎn)介
3.1.1 相位問(wèn)題的存在
3.1.2 常用結(jié)構(gòu)解析方法簡(jiǎn)介
第二節(jié) MERS-CoV nsp5-N3復(fù)合物的結(jié)構(gòu)解析
3.2.1 數(shù)據(jù)收集和處理
3.2.2 結(jié)構(gòu)解析過(guò)程
第三節(jié) MERS-CoV nsp5與N3復(fù)合物的結(jié)構(gòu)分析
3.3.1 MERS-CoV nsp5與N3的總體結(jié)構(gòu)
3.3.2 MERS-CoV nsp5與N3的結(jié)合情況分析
第四節(jié) N3分子抑制MERS-CoV nsp5的酶活驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)
3.4.1 MERS-CoV nsp5的活性檢測(cè)原理
3.4.2 MERS-CoV nsp5的酶活實(shí)驗(yàn)方法
3.4.3 N3對(duì)MERS-CoV nsp5的抑制活性
3.4.4 小結(jié)
第四章 SARS-CoV nsp13的晶體學(xué)研究
第一節(jié) SARS-CoV nsp13的研究進(jìn)展及意義
4.1.1 SARS-CoV nsp13的功能研究進(jìn)展
4.1.2 SARS-CoV nsp13結(jié)構(gòu)生物學(xué)研究的意義
第二節(jié) SARS-CoV nsp13重組質(zhì)粒的構(gòu)建
4.2.1 SARS-CoV nsp13基本信息分析
4.2.2 SARS-CoV nsp13表達(dá)載體的選擇
4.2.3 SARS-CoV nsp13表達(dá)載體的構(gòu)建
第三節(jié) pGEX-6p-1-nsp13克隆的蛋白表達(dá)、純化與結(jié)晶嘗試
4.3.1 pGEX-6p-1-nsp13克隆的蛋白表達(dá)與純化
4.3.2 pGEX-6p-1-nsp13野生型和突變體蛋白結(jié)晶嘗試
第四節(jié) pET-28a-nsp13克隆的蛋白表達(dá)、純化與結(jié)晶
4.4.1 pET-28a-nsp13克隆的蛋白表達(dá)與純化
4.4.2 pET-28a-nsp13蛋白的結(jié)晶
第五節(jié) pET-28a'-nsp13克隆的蛋白表達(dá)、純化與結(jié)晶
4.5.1 pET-28a'-nsp13克隆的蛋白表達(dá)與純化
4.5.2 pET-28a'-nsp13蛋白的結(jié)晶
第六節(jié) pET-28a-6×His-nsp13克隆的蛋白晶體制備與數(shù)據(jù)收集
4.6.1 pET-28a-6×His-nsp13克隆的蛋白表達(dá)與純化
4.6.2 pET-28a-6×His-nsp13蛋白的結(jié)晶
4.6.3 pET-28a-6×His-nsp13蛋白質(zhì)晶體的數(shù)據(jù)收集和處理
第五章 結(jié)論
附錄A MERS-CoV nsp5的編碼堿基與氨基酸序列
附錄B SARS-CoV nsp13的編碼堿基與氨基酸序列
參考文獻(xiàn)
致謝
個(gè)人簡(jiǎn)歷、在學(xué)期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文與研究成果
本文編號(hào):3959266
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