感染是指病毒、細(xì)菌、真菌或寄生蟲等病原體侵入宿主所引起的局部組織或全身性炎癥反應(yīng)。臨床上不同類型的病原體感染可以針對性的采用不同的治療策略,如細(xì)菌感染可以給予抗生素治療、真菌感染可以給予抗真菌藥物治療等。因此,準(zhǔn)確的病原體感染類型的判別對于感染性疾病的臨床治療具有重要意義。盡管傳統(tǒng)的基于形態(tài)學(xué)、免疫學(xué)、分子生物學(xué)等的病原體檢測方法已經(jīng)在臨床感染類型的判別方面得到廣泛應(yīng)用,近年來基于宿主基因表達(dá)譜并利用機(jī)器學(xué)習(xí)方法發(fā)現(xiàn)區(qū)分不同類型病原體感染的生物標(biāo)記物從而區(qū)分感染類型的研究成為一個新興的發(fā)展方向。這類基于生物信息學(xué)的間接診斷方法可以為傳統(tǒng)的直接檢測手段提供輔助和補充。防御素是有助于宿主防御細(xì)菌、真菌和病毒感染的內(nèi)源性抗微生物多肽。不同的防御素已被證實在先天免疫中對宿主抵御細(xì)菌或病毒的感染發(fā)揮著重要作用。因此,本研究嘗試通過分析防御素及其相關(guān)基因在感染過程中的表達(dá)來區(qū)分病毒感染和細(xì)菌感染。首先,我們在國際基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫(GEO)中篩選含有一種以上的感染類型的表達(dá)譜樣本,并進(jìn)一步從中選定了 4個涉及防御素及相關(guān)基因表達(dá)譜的數(shù)據(jù)集。其中,我們選取防御素表達(dá)值最多、質(zhì)量最好的數(shù)據(jù)集作為訓(xùn)練數(shù)據(jù)集...

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【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
英文縮略詞表
第一章 引言
    1.1 感染與其診斷方法
    1.2 機(jī)器學(xué)習(xí)與感染類型的判別
    1.3 防御素與感染
    1.4 GEO數(shù)據(jù)庫
    1.5 研究內(nèi)容
第二章 數(shù)據(jù)的整合和預(yù)處理
    2.1 本實驗的目的
    2.2 實驗方法
        2.2.1 R語言
        2.2.2 GEO數(shù)據(jù)集的選擇和下載
        2.2.3 數(shù)據(jù)的整合
        2.2.4 數(shù)據(jù)的預(yù)處理
        2.2.5 防御素基因表達(dá)值的提取
    2.3 實驗結(jié)果與討論
    2.4 小結(jié)
第三章 利用機(jī)器學(xué)習(xí)的方法判別感染類型
    3.1 本實驗的目的
    3.2 實驗方法
        3.2.1 差異基因表達(dá)分析
        3.2.2 定義分類函數(shù)
        3.2.3 參數(shù)選擇與分類模型評價
        3.2.4 數(shù)據(jù)驗證與結(jié)果比較
    3.3 實驗結(jié)果與討論
    3.4 小結(jié)
第四章 討論
參考文獻(xiàn)
致謝



本文編號：3772858