黑龍江立克次體是我國學(xué)者首次分離的新立克次體病原體,屬于立克次體屬斑點熱群立克次體,是遠(yuǎn)東斑點熱的病原體。為了獲得黑龍江立克次體全基因組序列,本研究進行了黑龍江立克次體的全基因組測序并進行了比較基因組和泛基因組研究。通過基因組分析發(fā)現(xiàn),黑龍江立克次體基因組是一個全長1,278,471bp的環(huán)狀基因組,沒有質(zhì)粒,基因組G+C含量為32.32%,有1,333個基因,其中編碼蛋白質(zhì)的基因1,297個,編碼tRNA的基因有33個,編碼rRNA的基因3個（5S rRNA、16S rRNA、23S rRNA各有1個）。進一步分析發(fā)現(xiàn),黑龍江立克次體基因組有121個假基因和54個插入序列,還有39個串聯(lián)重復(fù)序列和318個簡單正向和反向重復(fù)序列。黑龍江立克次體基因組包含16個編碼Ⅳ型分泌系統(tǒng)蛋白的基因。通過軟件分析發(fā)現(xiàn)預(yù)測蛋白中有37個蛋白具有β-桶結(jié)構(gòu)域,其中的8個已經(jīng)被之前的實驗證明是外膜蛋白。將預(yù)測蛋白與毒力因子數(shù)據(jù)庫比對發(fā)現(xiàn)黑龍江立克次體有266個潛在的與毒力有關(guān)的蛋白。經(jīng)耐藥基因分析發(fā)現(xiàn),黑龍江立克次體基因組中有7個序列與抗生素抗性基因有較高同源性。黑龍江立克次體基因組上有一個基因組島,由7... 

【文章頁數(shù)】：115 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
目錄
縮略詞表
摘要
Abstract
前言
第一章 黑龍江立克次體基因組研究
    1. 材料
    2. 方法
        2.1 基因組測序樣品制備
        2.2 高通量測序
        2.3 基因組草圖的繪制
        2.4 基因組完成圖繪制
        2.5 基因組注釋
        2.6 基因組基本特征分析
        2.7 比較基因組研究
        2.8 泛基因組分析
    3. 結(jié)果
        3.1 基因組測序樣品質(zhì)量分析
        3.2 基因組草圖
        3.3 基因組完成圖
        3.4 基因組基本特征
        3.5 比較基因組分析結(jié)果
        3.6 泛基因組分析結(jié)果
        3.7 基于泛基因組的立克次體系統(tǒng)進化分析
    4. 討論
    5. 結(jié)論
第二章 黑龍江立克次體感染小鼠脾臟轉(zhuǎn)錄組研究
    1. 材料
        1.1 菌株和小鼠
        1.2 主要試劑和儀器
    2. 方法
        2.1 測序材料準(zhǔn)備
        2.2 病理學(xué)檢查
        2.3 高通量測序
        2.4 mRNA和1ncRNA分析
        2.5 miRNA分析
    3. 結(jié)果
        3.1 RNA質(zhì)量檢測結(jié)果
        3.2 病理學(xué)檢查結(jié)果
        3.3 mRNA和1ncRNA分析
        3.4 miRNA分析
    4. 討論
        4.1 mRNA的轉(zhuǎn)錄差異分析
        4.2 1ncRNA的轉(zhuǎn)錄差異分析
        4.3 miRNA的轉(zhuǎn)錄差異分析
    5. 結(jié)論
參考文獻
附錄
    附表1. 黑龍江立克次體基因組中的假基因
    附表2. 15種立克次體的Ⅳ分泌系統(tǒng)蛋白組成表
    附表3. 黑龍江立克次體含有β-桶結(jié)構(gòu)域的蛋白
    附表4. 原始reads數(shù)目及回貼比例
    附表5. miRNA原始reads數(shù)目及回貼比例
    附圖1. 感染小鼠器官病理分析
綜述
    參考文獻
個人簡歷
致謝



本文編號：3651804