發(fā)布時(shí)間：2022-02-12 16:15

　　應(yīng)用轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)（RNA-seq）篩選鼠傷寒沙門菌baeSR和acrB相關(guān)的靶基因,為鼠傷寒沙門菌耐藥機(jī)制的深入研究奠定基礎(chǔ)。采用RNA-seq技術(shù)分析baeSR和acrB基因缺失后表達(dá)量變化的相關(guān)耐藥基因,通過GO富集和KEGG通路探索其主要功能,qRT-PCR驗(yàn)證部分差異基因。以|log2（Fold Change）|> 1且q value <0.005為條件,其中以CR△acrB和CR為比較組,共篩選到1 320個(gè)差異表達(dá)基因,894個(gè)下調(diào),426個(gè)上調(diào);以CR△baeSR△acrB和CR為比較組,共篩選到1 377個(gè)差異表達(dá)基因,972個(gè)下調(diào),405個(gè)上調(diào)。GO富集分類結(jié)果顯示差異基因主要集中在跨膜運(yùn)輸、細(xì)胞黏附、纖毛或鞭毛運(yùn)動(dòng)等功能;KEGG數(shù)據(jù)庫顯示,差異基因主要富集在代謝途徑、ABC轉(zhuǎn)運(yùn)系統(tǒng)、雙組份信號轉(zhuǎn)導(dǎo)系統(tǒng)、鞭毛組裝、β-內(nèi)酰胺抗性等通路。其中,ompR、csgD、fliA、fliG可通過調(diào)節(jié)細(xì)菌生物膜形成能力調(diào)控其對多種抗生素的耐藥性;emrA、mdtC、yejE屬于外排泵相關(guān)基因,可介導(dǎo)細(xì)菌對黏菌素、新生霉素等的耐藥性;STM3031可賦予沙門菌頭孢曲... 

【文章來源】：生物技術(shù)通報(bào). 2019,35(12)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：9 頁

【部分圖文】：

KEGG通路富集

部分差異表達(dá)基因q RT-PCR驗(yàn)證結(jié)果

采用GOseq將差異表達(dá)基因注釋在Gene Ontology中，GO分為分子功能（Molecular function）、生物過程（Biological process）和細(xì)胞組分功能（Cellular component)3個(gè)部分。根據(jù)試驗(yàn)?zāi)康暮Y選差異基因后，富集分析差異基因在Gene Ontology中的分布狀況。以CR△acrB、CR為比較組得到30個(gè)GO功能注釋（圖2-A），其中分子功能類4個(gè)，無顯著富集；生物過程16個(gè)，主要集中在跨膜運(yùn)輸、細(xì)胞定位、細(xì)胞黏附等功能；細(xì)胞組分功能10個(gè)，主要集中在細(xì)胞膜及其相關(guān)組成成分。以CR△baeSR△acrB、CR為比較組得到30個(gè)GO功能注釋（圖2-B），其中分子功能類5個(gè)，無顯著富集；生物過程16個(gè)，主要集中在細(xì)胞運(yùn)動(dòng)、跨膜運(yùn)輸、細(xì)胞黏附、纖毛或鞭毛運(yùn)動(dòng)、細(xì)胞定位等功能；細(xì)胞組分功能9個(gè)，主要集中在細(xì)胞膜及其膜的組成部分。2.4 差異表達(dá)基因的KEGG Pathway富集分析

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]鼠傷寒沙門菌baeSR基因缺失株的構(gòu)建及其對抗生素敏感性分析[J]. 王文靜,徐軍,高海俠,李銳,王瑞,張瑞良,李琳.  微生物學(xué)通報(bào). 2019(11)
[2]基于轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)分析細(xì)菌耐藥機(jī)制的研究進(jìn)展[J]. 裘鵬,郭玉茹,張澤輝,范春玲,張德顯,崔璨璨,劉明春.  中國家禽. 2019(04)
[3]鞭毛素fliC基因的缺失對腸炎沙門氏菌生物膜形成的影響[J]. 朱春紅,董立偉,張江英,謝靜,李芙蓉,陸廣富,朱國強(qiáng).  中國預(yù)防獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2016(04)



本文編號：3622033