長非編碼RNA是指長度超過200nt的非編碼RNA分子,多項研究表明它可以參與細胞內(nèi)的多種生物過程的調(diào)控,對各類疾病的發(fā)生和發(fā)展起至關(guān)重要的作用,因此研究長非編碼RNA與疾病的關(guān)系對人類的健康有深遠的意義。然而由于長非編碼RNA種類繁多,結(jié)構(gòu)復雜,且作用機制尚未明確,目前對長非編碼RNA的研究仍停留在初級階段。關(guān)于長非編碼RNA與疾病的關(guān)系這一課題,比較常見的研究是預測單一長非編碼RNA與疾病的關(guān)系。不同于大多數(shù)單一長非編碼RNA的研究,我們的目的是找到相似的疾病類和與其有密切關(guān)系的長非編碼RNA類,通過對各類中的長非編碼RNAs進行功能分析,可以得到各類中的長非編碼RNAs的共性,而這種共性很有可能就是這類疾病發(fā)生發(fā)展的重要因素。本文采用了LncRNADisease數(shù)據(jù)庫上經(jīng)過生物實驗驗證的1102條數(shù)據(jù)。通過簡單的數(shù)據(jù)處理,我們將所有樣本數(shù)據(jù)保存為一個0-1矩陣。為了獲取具有生物意義的聚類,我們提出了如下方案:將樣本數(shù)據(jù)投影到高維空間,根據(jù)疾病本身具有的層次結(jié)構(gòu)特點采用層次聚類,并根據(jù)fisher判別函數(shù)判斷聚類類數(shù)。本文應用的投影方法包括基于推薦系統(tǒng)的矩陣分解算法和基于模式表示的... 

【文章來源】：西安電子科技大學陜西省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：63 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

研究流程圖

圖 2.1 矩陣分解示意圖法的聚類規(guī)則是： W 矩陣中第 i 行第 q 列的元素Wiq在第 i 行的所有元素中最大，則第本屬于 q 類。 H 矩陣中第 q 行第 j 列的元素Hqj在第 j 列的所有元素中最大，則第本屬于 q 類。以上規(guī)則可知，矩陣分解的維數(shù) r 就是聚類的類數(shù)。該算法有幾個缺是該算法可能收斂到局部極小，不能找到真正的最小點。第二個問題需人為的選擇。第三個問題是算法的解可能并不唯一。第四個問題是法太過粗糙，不能重新定義聚類數(shù)，并且每個樣本只能聚類到一個類生物學家的研究發(fā)現(xiàn)，長非編碼 RNA 有時可以調(diào)控多個疾病的生物 基于推薦系統(tǒng)的矩陣分解網(wǎng)的發(fā)展和廣泛普及給廣大網(wǎng)絡(luò)用戶帶來了大量的信息，但與此同時載的問題。用戶對信息的需求得到滿足的同時，也無法從海量的信息

別的數(shù)據(jù)樣本間的距離（相似度）也有很多計算方法，本類別的數(shù)據(jù)樣本間的距離。以下是歐式距離的計算公式。 2 2 21 1 2 2 i iD x y x y x y,…, 是 X 向量的第 i 個坐標， 1, 2,…, 是 Y 向量的第 i 個量的歐式距離。之間的相似度有以下三種方法，分別是最小距離（Single mplete Linkage）和平均值距離（Average Linkage）。將兩個的兩個數(shù)據(jù)樣本間的距離作為這兩個類數(shù)據(jù)樣本的距離，叫最小距離，如圖 2.2 所示，然而，這樣的距離比較容易兩個本來并不是很相似的類可能會因為其中的某個極端的認為很相似。

【參考文獻】：
期刊論文
[1]長鏈非編碼RNA與其他表觀遺傳修飾的相互調(diào)控及其在自身免疫性疾病中的研究進展[J]. 陳旭,劉瑩,楊安鋼,王濤.  細胞與分子免疫學雜志. 2015(11)
[2]長非編碼RNA研究進展[J]. 陳曉敏,張棟棟,駱健俊,陳潤生.  生物化學與生物物理進展. 2014(10)
[3]長鏈非編碼RNA生物學功能及其意義研究進展[J]. 王俊青,張彥潔,任建敏,許春娣,劉炳亞,朱正綱,周同.  生命科學. 2012(06)



本文編號：3422306